More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3852 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3852  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 315 aa  644    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2161  ATP dependent DNA ligase  49.67 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379865  normal  0.199532 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2316  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  49.67 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  41.61 
 
 		 834 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  42.62 
 
 		 865 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  45.42 
 
 		 845 aa  218  8.999999999999998e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  38.26 
 
 		 881 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  41.06 
 
 		 336 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  37.91 
 
 		 883 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  36.27 
 
 		 882 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  40.73 
 
 		 895 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  40.62 
 
 		 914 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  38.94 
 
 		 900 aa  206  5e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  38.03 
 
 		 644 aa  205  7e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  39.93 
 
 		 856 aa  204  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  40.8 
 
 		 354 aa  202  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  36.42 
 
 		 845 aa  200  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  40.8 
 
 		 350 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  38.57 
 
 		 886 aa  200  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  40.73 
 
 		 684 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  40.6 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.33 
 
 		 658 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  39.06 
 
 		 930 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  37.84 
 
 		 888 aa  195  7e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  38.74 
 
 		 911 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  39.13 
 
 		 656 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  40.82 
 
 		 818 aa  194  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 918 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  40.07 
 
 		 683 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  39.26 
 
 		 866 aa  192  8e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  36.53 
 
 		 843 aa  192  9e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  40.84 
 
 		 914 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  35.81 
 
 		 893 aa  190  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.79 
 
 		 349 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.54 
 
 		 350 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  38.77 
 
 		 817 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  39.67 
 
 		 658 aa  185  8e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  38.18 
 
 		 913 aa  181  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.08 
 
 		 346 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  36.6 
 
 		 815 aa  181  2e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  36.51 
 
 		 832 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  39.41 
 
 		 825 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  34.87 
 
 		 864 aa  176  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  36.7 
 
 		 822 aa  176  6e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  35.56 
 
 		 833 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  35.67 
 
 		 848 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  36.12 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  36.58 
 
 		 896 aa  172  5e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  35.91 
 
 		 813 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  38.63 
 
 		 837 aa  171  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  37.29 
 
 		 846 aa  170  3e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  33.23 
 
 		 863 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  36.08 
 
 		 1001 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  38.21 
 
 		 847 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  38.33 
 
 		 868 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  36.58 
 
 		 866 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  35.78 
 
 		 343 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.41 
 
 		 871 aa  166  4e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  35.6 
 
 		 651 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  38.08 
 
 		 868 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  36.63 
 
 		 837 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  35.69 
 
 		 840 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  34.56 
 
 		 837 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  34.78 
 
 		 851 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  36.16 
 
 		 940 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  33.87 
 
 		 833 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  32.5 
 
 		 867 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  33.23 
 
 		 902 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  35.67 
 
 		 872 aa  162  9e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  34.93 
 
 		 901 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  35.31 
 
 		 954 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  35.71 
 
 		 847 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  35.12 
 
 		 882 aa  159  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  35.97 
 
 		 871 aa  159  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  33.55 
 
 		 825 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  32.7 
 
 		 877 aa  157  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 		 833 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  38.39 
 
 		 846 aa  156  6e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  33.55 
 
 		 853 aa  154  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  34.52 
 
 		 847 aa  153  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  34.92 
 
 		 855 aa  153  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  34.11 
 
 		 646 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  33.53 
 
 		 927 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  33.02 
 
 		 936 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  33.02 
 
 		 936 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 534 aa  146  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  33.56 
 
 		 657 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  34.81 
 
 		 651 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  33.75 
 
 		 932 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  32.88 
 
 		 861 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  33.33 
 
 		 603 aa  144  3e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  33.75 
 
 		 949 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  33.33 
 
 		 927 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  33.13 
 
 		 608 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  32.46 
 
 		 896 aa  139  8.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  32.48 
 
 		 351 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  32.42 
 
 		 939 aa  132  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  31.68 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4835  ATP dependent DNA ligase  38.63 
 
 		 275 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0490207 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  34.01 
 
 		 759 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>