More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4835 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4835  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 275 aa  556  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0490207 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  88.35 
 
 		 343 aa  451  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  60.63 
 
 		 350 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  58.59 
 
 		 354 aa  280  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  60.5 
 
 		 349 aa  274  9e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  51.55 
 
 		 350 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  54.58 
 
 		 346 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  45.53 
 
 		 336 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  39.55 
 
 		 845 aa  196  4.0000000000000005e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  45.49 
 
 		 644 aa  185  6e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  42.32 
 
 		 834 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  44.3 
 
 		 651 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  45.28 
 
 		 343 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  43.37 
 
 		 856 aa  167  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  41.8 
 
 		 840 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  41.53 
 
 		 833 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  42.22 
 
 		 343 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  38.26 
 
 		 833 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  38.38 
 
 		 833 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2161  ATP dependent DNA ligase  44.02 
 
 		 313 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379865  normal  0.199532 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2316  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  44.02 
 
 		 313 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  40.16 
 
 		 847 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  39.92 
 
 		 832 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  44.35 
 
 		 936 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  44.35 
 
 		 936 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  41.7 
 
 		 837 aa  159  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  41.2 
 
 		 817 aa  158  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  36.93 
 
 		 864 aa  158  8e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  42.92 
 
 		 927 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  39.08 
 
 		 865 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  41.18 
 
 		 1001 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  40.24 
 
 		 847 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  38.14 
 
 		 930 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  37.69 
 
 		 851 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  38.28 
 
 		 863 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  39.48 
 
 		 881 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  36.67 
 
 		 658 aa  155  9e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  43.06 
 
 		 901 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  38.13 
 
 		 867 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  36.44 
 
 		 895 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  37.4 
 
 		 883 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  45.37 
 
 		 927 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  37.5 
 
 		 843 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  36.86 
 
 		 911 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  42.68 
 
 		 845 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  39.41 
 
 		 914 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  38.17 
 
 		 939 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  37.8 
 
 		 914 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  37.7 
 
 		 866 aa  152  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  34.89 
 
 		 815 aa  150  2e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  41.1 
 
 		 825 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  41.44 
 
 		 882 aa  149  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  41.07 
 
 		 954 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  41.78 
 
 		 651 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  40.09 
 
 		 918 aa  149  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  36.02 
 
 		 882 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  38.6 
 
 		 853 aa  149  6e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  37.76 
 
 		 534 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  42.17 
 
 		 932 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  40 
 
 		 871 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  38.82 
 
 		 848 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  37.84 
 
 		 940 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  42.17 
 
 		 949 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  38.79 
 
 		 902 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  38.94 
 
 		 658 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  37.13 
 
 		 900 aa  146  3e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  41.13 
 
 		 837 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3852  ATP dependent DNA ligase  38.63 
 
 		 315 aa  145  5e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  38.5 
 
 		 684 aa  145  6e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  34.65 
 
 		 896 aa  145  6e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  38.59 
 
 		 871 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  37 
 
 		 608 aa  144  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  38.08 
 
 		 825 aa  145  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  41.7 
 
 		 846 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  36.29 
 
 		 893 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  39.41 
 
 		 603 aa  142  5e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  40.6 
 
 		 896 aa  142  7e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  38.37 
 
 		 886 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  37.45 
 
 		 888 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  38.89 
 
 		 872 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  38.86 
 
 		 656 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  36.82 
 
 		 877 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  38.56 
 
 		 866 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  35.2 
 
 		 813 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  36.89 
 
 		 822 aa  137  2e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  33.87 
 
 		 657 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  40.77 
 
 		 846 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  36.68 
 
 		 818 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  42.67 
 
 		 1163 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  37.71 
 
 		 913 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  40.95 
 
 		 847 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  38.5 
 
 		 683 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  42.22 
 
 		 980 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  42.22 
 
 		 1157 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  37.65 
 
 		 868 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  38.63 
 
 		 837 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  36.44 
 
 		 868 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  34.47 
 
 		 320 aa  122  7e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  32.79 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  36.68 
 
 		 646 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>