More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3464 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  54.42 
 
 		 833 aa  922    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  100 
 
 		 851 aa  1737    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  85.57 
 
 		 866 aa  1490    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  46.13 
 
 		 825 aa  729    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  49.71 
 
 		 901 aa  804    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  50.54 
 
 		 940 aa  882    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  50.99 
 
 		 846 aa  816    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  48.01 
 
 		 847 aa  774    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  55.49 
 
 		 848 aa  953    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  49.3 
 
 		 853 aa  827    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  71.68 
 
 		 837 aa  1214    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  51.36 
 
 		 882 aa  838    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  50.38 
 
 		 927 aa  842    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  48.65 
 
 		 936 aa  806    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  56.57 
 
 		 847 aa  927    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  58.11 
 
 		 867 aa  995    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  55.42 
 
 		 832 aa  931    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  43.38 
 
 		 845 aa  654    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  49.09 
 
 		 932 aa  808    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  56 
 
 		 840 aa  913    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  49.12 
 
 		 871 aa  805    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  48.65 
 
 		 936 aa  807    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  49.32 
 
 		 954 aa  853    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  57.9 
 
 		 863 aa  984    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  48.3 
 
 		 949 aa  805    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  49.67 
 
 		 927 aa  800    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  42.13 
 
 		 815 aa  642    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  45.8 
 
 		 939 aa  753    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  49.36 
 
 		 837 aa  805    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  47.74 
 
 		 864 aa  793    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  54.77 
 
 		 833 aa  927    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  42.69 
 
 		 845 aa  643    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  54.42 
 
 		 833 aa  910    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  43.18 
 
 		 834 aa  657    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  42.61 
 
 		 856 aa  629  1e-179  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  41.29 
 
 		 865 aa  605  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  40.67 
 
 		 886 aa  594  1e-168  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  39.86 
 
 		 883 aa  590  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  44.98 
 
 		 651 aa  585  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  38.93 
 
 		 813 aa  580  1e-164  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  39.06 
 
 		 882 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  38.5 
 
 		 914 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  40.43 
 
 		 843 aa  577  1.0000000000000001e-163  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  39.62 
 
 		 911 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  40.09 
 
 		 837 aa  576  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  38.62 
 
 		 895 aa  573  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  39.56 
 
 		 913 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  38.6 
 
 		 930 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  38.37 
 
 		 900 aa  574  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  38.98 
 
 		 881 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  38.25 
 
 		 818 aa  570  1e-161  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  38.55 
 
 		 822 aa  568  1e-160  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  39.86 
 
 		 888 aa  566  1e-160  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  40.26 
 
 		 825 aa  568  1e-160  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  39.42 
 
 		 868 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  39.95 
 
 		 893 aa  561  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  39.93 
 
 		 866 aa  557  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  38.95 
 
 		 868 aa  556  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  40.85 
 
 		 846 aa  555  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  39.61 
 
 		 914 aa  554  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  38.62 
 
 		 918 aa  555  1e-156  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  44.85 
 
 		 651 aa  552  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  40.02 
 
 		 847 aa  528  1e-148  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  37.89 
 
 		 871 aa  524  1e-147  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  37.13 
 
 		 896 aa  514  1e-144  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  36.15 
 
 		 861 aa  510  1e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  38.57 
 
 		 872 aa  510  1e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  37.01 
 
 		 902 aa  510  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  37.65 
 
 		 817 aa  510  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  37.43 
 
 		 877 aa  508  9.999999999999999e-143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  36.14 
 
 		 855 aa  501  1e-140  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  36.63 
 
 		 896 aa  488  1e-136  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.13 
 
 		 658 aa  478  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  43.47 
 
 		 1001 aa  475  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  41.61 
 
 		 644 aa  463  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.15 
 
 		 684 aa  457  1e-127  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  38.85 
 
 		 656 aa  454  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  39.53 
 
 		 683 aa  452  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  38.67 
 
 		 658 aa  417  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  33.49 
 
 		 815 aa  376  1e-102  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  60 
 
 		 980 aa  365  3e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  60 
 
 		 1157 aa  365  3e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  59.66 
 
 		 1163 aa  362  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  40.37 
 
 		 534 aa  350  5e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  32.64 
 
 		 646 aa  326  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.35 
 
 		 298 aa  297  6e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  35.83 
 
 		 759 aa  280  6e-74  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.26 
 
 		 797 aa  278  3e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.06 
 
 		 495 aa  271  2.9999999999999997e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  36.14 
 
 		 852 aa  270  5.9999999999999995e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  36.31 
 
 		 816 aa  269  1e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  35.37 
 
 		 831 aa  262  3e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  41.67 
 
 		 343 aa  260  9e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  36.35 
 
 		 766 aa  259  2e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  34.71 
 
 		 763 aa  258  3e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  36.18 
 
 		 758 aa  256  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  36.18 
 
 		 758 aa  255  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  36.18 
 
 		 758 aa  255  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.94 
 
 		 858 aa  253  8.000000000000001e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.16 
 
 		 603 aa  253  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>