More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mkms_5930 on replicon NC_008704
Organism: Mycobacterium sp. KMS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  100 
 
 		 329 aa  666    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  100 
 
 		 329 aa  666    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  57.62 
 
 		 328 aa  311  7.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  40.18 
 
 		 495 aa  213  3.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  43.27 
 
 		 321 aa  209  7e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  38.29 
 
 		 376 aa  194  1e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  38.76 
 
 		 758 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  38.76 
 
 		 758 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  38.76 
 
 		 758 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  39.41 
 
 		 759 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.17 
 
 		 316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  37.99 
 
 		 766 aa  172  5e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.23 
 
 		 436 aa  170  4e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  36.89 
 
 		 763 aa  169  9e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  36.99 
 
 		 477 aa  167  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  35.29 
 
 		 316 aa  162  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.19 
 
 		 350 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  35.52 
 
 		 608 aa  160  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  37.7 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  43.15 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  38.19 
 
 		 658 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  37.76 
 
 		 831 aa  156  4e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  39.53 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  33.96 
 
 		 851 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  37.74 
 
 		 684 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  37.03 
 
 		 834 aa  152  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  37.46 
 
 		 871 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.22 
 
 		 861 aa  152  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  34.09 
 
 		 840 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  39.02 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  35.74 
 
 		 320 aa  151  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  34.9 
 
 		 864 aa  150  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  35.39 
 
 		 848 aa  149  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  36.77 
 
 		 815 aa  148  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  37.3 
 
 		 656 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  33.44 
 
 		 847 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  33.13 
 
 		 865 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.07 
 
 		 354 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  37.8 
 
 		 828 aa  143  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  37.42 
 
 		 683 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.6 
 
 		 346 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.86 
 
 		 336 aa  142  6e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.42 
 
 		 858 aa  142  6e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  33.99 
 
 		 866 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  35.37 
 
 		 918 aa  142  8e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  34.33 
 
 		 358 aa  142  8e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  37.54 
 
 		 852 aa  142  8e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  34.25 
 
 		 603 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.27 
 
 		 349 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  35.74 
 
 		 843 aa  140  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  33.92 
 
 		 882 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.36 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  34.89 
 
 		 644 aa  140  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  35.28 
 
 		 825 aa  138  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  34.3 
 
 		 863 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.08 
 
 		 350 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  32.27 
 
 		 646 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  33.65 
 
 		 657 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  33.44 
 
 		 343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  34.08 
 
 		 911 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  37.38 
 
 		 856 aa  136  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  33.44 
 
 		 845 aa  136  5e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  34.55 
 
 		 816 aa  136  6.0000000000000005e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.18 
 
 		 797 aa  135  7.000000000000001e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  32.26 
 
 		 822 aa  135  7.000000000000001e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  34.31 
 
 		 846 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  33.66 
 
 		 853 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.07 
 
 		 871 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  30.32 
 
 		 855 aa  134  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  33.66 
 
 		 867 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 		 832 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 		 837 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  32.68 
 
 		 343 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  30.23 
 
 		 896 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  34.74 
 
 		 837 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  33.85 
 
 		 658 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  31 
 
 		 813 aa  130  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  32.14 
 
 		 833 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 		 930 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  34.09 
 
 		 883 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  34.18 
 
 		 845 aa  129  7.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  34.34 
 
 		 866 aa  129  8.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  30.6 
 
 		 902 aa  129  9.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  31.49 
 
 		 833 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  32.14 
 
 		 833 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.3 
 
 		 778 aa  128  1.0000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  34.05 
 
 		 847 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  33.55 
 
 		 351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  32.59 
 
 		 914 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.55 
 
 		 582 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  32.79 
 
 		 534 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  34.01 
 
 		 913 aa  127  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3852  ATP dependent DNA ligase  32.9 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  33.65 
 
 		 940 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  33.02 
 
 		 872 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  32.81 
 
 		 881 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  37.25 
 
 		 847 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2161  ATP dependent DNA ligase  36.45 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379865  normal  0.199532 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2316  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.45 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  30.41 
 
 		 847 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>