203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1237 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 304 aa  620  1e-176  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  53.36 
 
 		 303 aa  308  5.9999999999999995e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  54.05 
 
 		 302 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.99 
 
 		 303 aa  288  8e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  52.7 
 
 		 293 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.68 
 
 		 292 aa  279  5e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  53 
 
 		 858 aa  278  1e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.03 
 
 		 302 aa  277  2e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  52.63 
 
 		 758 aa  275  5e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  52.63 
 
 		 758 aa  275  5e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  52.63 
 
 		 758 aa  273  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.46 
 
 		 778 aa  272  5.000000000000001e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  48.64 
 
 		 766 aa  268  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  50.17 
 
 		 847 aa  268  1e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.42 
 
 		 797 aa  266  2.9999999999999995e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  50.86 
 
 		 763 aa  263  3e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  51.74 
 
 		 759 aa  262  4e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  46.6 
 
 		 305 aa  261  6.999999999999999e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  48.8 
 
 		 852 aa  261  1e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  50.33 
 
 		 878 aa  258  1e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  49.49 
 
 		 816 aa  254  2.0000000000000002e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  45.33 
 
 		 352 aa  251  1e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  48.33 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  45.79 
 
 		 845 aa  249  4e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  46.58 
 
 		 831 aa  245  8e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  45.55 
 
 		 828 aa  241  1e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  46.18 
 
 		 815 aa  236  4e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  44.14 
 
 		 306 aa  229  4e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2121  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.54 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368093  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  45.58 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  46.98 
 
 		 313 aa  222  7e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.98 
 
 		 313 aa  221  8e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.98 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  45.7 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1584  DNA polymerase LigD polymerase subunit  44.71 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0991666  normal  0.0697444 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34.9 
 
 		 872 aa  177  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.9 
 
 		 871 aa  176  4e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.3 
 
 		 896 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  33.22 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  34.68 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.42 
 
 		 646 aa  166  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  32.09 
 
 		 902 aa  165  9e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  35.96 
 
 		 314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  30.48 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  35.03 
 
 		 847 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.39 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  30.54 
 
 		 861 aa  157  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  34.6 
 
 		 312 aa  155  7e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  30.21 
 
 		 855 aa  154  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  35.23 
 
 		 865 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  31.54 
 
 		 877 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  32.42 
 
 		 527 aa  150  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  27.74 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  27.6 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  29.76 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.69 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  33.45 
 
 		 341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  31.7 
 
 		 301 aa  145  8.000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.36 
 
 		 544 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.61 
 
 		 846 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  34.02 
 
 		 412 aa  144  3e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  36.76 
 
 		 656 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.91 
 
 		 354 aa  142  6e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  36.06 
 
 		 825 aa  142  9e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  33.6 
 
 		 843 aa  141  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  33.45 
 
 		 414 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  33.21 
 
 		 408 aa  140  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  34.78 
 
 		 434 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  34.78 
 
 		 434 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33.22 
 
 		 341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  33.44 
 
 		 323 aa  139  4.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  33.56 
 
 		 397 aa  139  6e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  32.79 
 
 		 360 aa  139  7.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.46 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  33.56 
 
 		 412 aa  138  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.46 
 
 		 371 aa  138  1e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  33.56 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  31.67 
 
 		 822 aa  137  2e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  32.58 
 
 		 813 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  34.46 
 
 		 358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  34.42 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.42 
 
 		 414 aa  136  4e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.59 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  32.02 
 
 		 845 aa  136  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0258  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.33 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.863775  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.85 
 
 		 357 aa  135  9e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  34.11 
 
 		 427 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  34.93 
 
 		 380 aa  135  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5228  hypothetical protein  35.94 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5316  hypothetical protein  35.94 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  32.01 
 
 		 455 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  31.42 
 
 		 522 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.89 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  33.22 
 
 		 326 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  33.95 
 
 		 868 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  32.86 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  31.65 
 
 		 361 aa  130  3e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.66 
 
 		 329 aa  130  3e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  31.9 
 
 		 896 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5608  DNA primase, small subunit  35.55 
 
 		 319 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.613871  normal  0.440344 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>