220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7647 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 544 aa  1110    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  48.99 
 
 		 837 aa  290  4e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.82 
 
 		 522 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  46.43 
 
 		 865 aa  279  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  31.73 
 
 		 527 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  44.85 
 
 		 658 aa  267  4e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  43.32 
 
 		 845 aa  261  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  43.96 
 
 		 843 aa  254  3e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  46.92 
 
 		 301 aa  254  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  42.72 
 
 		 846 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  38.87 
 
 		 813 aa  250  6e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  44.95 
 
 		 868 aa  243  6e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  44.25 
 
 		 868 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  42.55 
 
 		 825 aa  234  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  39.12 
 
 		 818 aa  231  3e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4186  hypothetical protein  45.45 
 
 		 330 aa  229  7e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0264097  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  43.88 
 
 		 845 aa  228  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  41.83 
 
 		 822 aa  228  2e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  36.66 
 
 		 815 aa  225  1e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  56.99 
 
 		 911 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  57.07 
 
 		 888 aa  220  5e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  39.17 
 
 		 881 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  53.89 
 
 		 893 aa  216  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  54.97 
 
 		 856 aa  215  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  49.17 
 
 		 867 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  38.73 
 
 		 914 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  42.18 
 
 		 656 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  54.97 
 
 		 914 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  36.97 
 
 		 930 aa  213  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  56.91 
 
 		 863 aa  213  9e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  39.62 
 
 		 882 aa  212  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  56.61 
 
 		 913 aa  212  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  55.79 
 
 		 882 aa  211  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  53.85 
 
 		 883 aa  210  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  56.08 
 
 		 900 aa  210  5e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  38.56 
 
 		 886 aa  209  8e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  37.81 
 
 		 383 aa  209  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  54.46 
 
 		 918 aa  208  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  47.9 
 
 		 834 aa  208  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  39.85 
 
 		 1157 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  40.54 
 
 		 644 aa  207  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  39.85 
 
 		 1163 aa  207  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  39.85 
 
 		 980 aa  206  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  54.21 
 
 		 895 aa  206  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  47.6 
 
 		 901 aa  205  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  52.22 
 
 		 608 aa  204  4e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  39.62 
 
 		 936 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  39.62 
 
 		 936 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  39.62 
 
 		 927 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  35.21 
 
 		 927 aa  200  7e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2225  DNA ligase  52.82 
 
 		 213 aa  199  9e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  37.04 
 
 		 837 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  37.77 
 
 		 940 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  40.38 
 
 		 299 aa  199  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  35.24 
 
 		 866 aa  197  3e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  37.59 
 
 		 1001 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  34.67 
 
 		 954 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  38.54 
 
 		 866 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.49 
 
 		 603 aa  195  1e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  48.54 
 
 		 851 aa  194  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  45.06 
 
 		 833 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.3 
 
 		 297 aa  193  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  44.49 
 
 		 833 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  38.11 
 
 		 949 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  55.49 
 
 		 840 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.53 
 
 		 292 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  45.09 
 
 		 864 aa  192  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  48.99 
 
 		 855 aa  192  1e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  44.49 
 
 		 833 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.16 
 
 		 658 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2179  hypothetical protein  49.48 
 
 		 197 aa  192  2e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.930875  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  54.4 
 
 		 847 aa  192  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  46.67 
 
 		 817 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  35.19 
 
 		 848 aa  191  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  34.29 
 
 		 651 aa  190  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  49.19 
 
 		 832 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  36.16 
 
 		 932 aa  189  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.37 
 
 		 684 aa  188  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  39.37 
 
 		 683 aa  187  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  34.94 
 
 		 651 aa  187  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  54.49 
 
 		 846 aa  187  6e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  36.03 
 
 		 837 aa  186  7e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  50.26 
 
 		 789 aa  185  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  52.87 
 
 		 853 aa  184  3e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  56.96 
 
 		 825 aa  184  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  50.26 
 
 		 737 aa  183  6e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  53.66 
 
 		 871 aa  182  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  55.69 
 
 		 939 aa  181  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  53.42 
 
 		 847 aa  180  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0850  hypothetical protein  51.1 
 
 		 183 aa  180  8e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000581551  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  46.49 
 
 		 847 aa  179  8e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  48.4 
 
 		 861 aa  179  8e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  51.1 
 
 		 726 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0769  hypothetical protein  47.83 
 
 		 184 aa  178  3e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_754  hypothetical protein  50 
 
 		 184 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.903751  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  42.41 
 
 		 877 aa  173  6.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  28.9 
 
 		 902 aa  172  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  36.65 
 
 		 303 aa  172  1e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  38.17 
 
 		 896 aa  172  2e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  48.19 
 
 		 896 aa  172  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>