113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2225 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2225  DNA ligase  100 
 
 		 213 aa  438  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  69.08 
 
 		 888 aa  295  3e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  68.6 
 
 		 900 aa  282  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  66.51 
 
 		 911 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  69 
 
 		 895 aa  279  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  66.03 
 
 		 930 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  67.16 
 
 		 881 aa  275  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  66.83 
 
 		 882 aa  274  7e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  66.83 
 
 		 883 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  66.5 
 
 		 914 aa  272  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  64.11 
 
 		 914 aa  271  6e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  65.2 
 
 		 913 aa  268  5.9999999999999995e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  65.35 
 
 		 893 aa  264  8e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  66.17 
 
 		 886 aa  262  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  60.19 
 
 		 918 aa  256  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  65.88 
 
 		 866 aa  230  1e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  55.56 
 
 		 865 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  56.4 
 
 		 863 aa  215  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  56.72 
 
 		 867 aa  213  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  59.39 
 
 		 856 aa  208  5e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  53.81 
 
 		 868 aa  202  3e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  53.81 
 
 		 868 aa  202  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  56.35 
 
 		 845 aa  200  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  52.82 
 
 		 544 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  59.64 
 
 		 815 aa  198  6e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  58.82 
 
 		 866 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  56.99 
 
 		 882 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  52.79 
 
 		 843 aa  195  3e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  52.58 
 
 		 846 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  53.85 
 
 		 851 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  54.45 
 
 		 834 aa  193  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  55 
 
 		 901 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  56.52 
 
 		 837 aa  191  7e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  55.26 
 
 		 837 aa  190  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  51.52 
 
 		 817 aa  189  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  51.89 
 
 		 813 aa  189  2e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  53.68 
 
 		 855 aa  187  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  52.24 
 
 		 832 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  56.15 
 
 		 840 aa  185  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  49.75 
 
 		 871 aa  185  6e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  49.76 
 
 		 833 aa  184  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  52.17 
 
 		 853 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  55.32 
 
 		 847 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  50.98 
 
 		 872 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  52.82 
 
 		 608 aa  182  3e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  49.76 
 
 		 833 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  51.5 
 
 		 833 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  49.54 
 
 		 848 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  57.83 
 
 		 864 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  54.36 
 
 		 940 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  51.78 
 
 		 877 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  53.55 
 
 		 845 aa  181  5.0000000000000004e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  55.25 
 
 		 954 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2179  hypothetical protein  51.27 
 
 		 197 aa  181  6e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.930875  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  47.89 
 
 		 896 aa  180  1e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  52.15 
 
 		 927 aa  178  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  56.11 
 
 		 846 aa  178  5.999999999999999e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  56.32 
 
 		 837 aa  177  8e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  55.08 
 
 		 1001 aa  177  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  51.06 
 
 		 818 aa  177  9e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  57.49 
 
 		 939 aa  176  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  49.51 
 
 		 822 aa  176  2e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  49.76 
 
 		 871 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  49.29 
 
 		 932 aa  175  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  54.01 
 
 		 847 aa  175  6e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  52.5 
 
 		 534 aa  174  7e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  49.76 
 
 		 825 aa  174  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  49.29 
 
 		 949 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  54.91 
 
 		 847 aa  172  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  52.58 
 
 		 603 aa  171  5.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  50.77 
 
 		 789 aa  171  9e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  49.02 
 
 		 936 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  49.02 
 
 		 936 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0850  hypothetical protein  49.74 
 
 		 183 aa  169  2e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000581551  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  49.27 
 
 		 927 aa  169  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  49.49 
 
 		 737 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  50.8 
 
 		 726 aa  168  6e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  49.01 
 
 		 1157 aa  167  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  50.59 
 
 		 861 aa  167  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  46.8 
 
 		 902 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  49.75 
 
 		 896 aa  166  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  61.43 
 
 		 1163 aa  165  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0769  hypothetical protein  46.11 
 
 		 184 aa  161  7e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_754  hypothetical protein  47.37 
 
 		 184 aa  159  4e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.903751  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  55.63 
 
 		 825 aa  155  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  49.19 
 
 		 522 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  45.83 
 
 		 527 aa  154  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2115  hypothetical protein  47.17 
 
 		 151 aa  135  4e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0221889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0647  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  47.5 
 
 		 146 aa  135  5e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0128093  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  47.67 
 
 		 797 aa  129  4.0000000000000003e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3638  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  51.45 
 
 		 252 aa  128  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0783731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1336  ATP-dependent DNA ligase  70.13 
 
 		 152 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  54.78 
 
 		 845 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  42.42 
 
 		 763 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  42.42 
 
 		 766 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  51.2 
 
 		 852 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.41 
 
 		 778 aa  119  3e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  43.98 
 
 		 831 aa  117  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  50.83 
 
 		 815 aa  115  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  42.33 
 
 		 816 aa  115  6e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>