More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0144 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0144  membrane associated GGDEF protein  100 
 
 		 481 aa  991    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  42.76 
 
 		 482 aa  390  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  35.89 
 
 		 487 aa  298  1e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 1037 aa  138  2e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 532 aa  133  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 318 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 408 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  44.57 
 
 		 722 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  38.43 
 
 		 435 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 457 aa  127  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 		 512 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  36.13 
 
 		 596 aa  126  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.99 
 
 		 769 aa  125  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0346  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 570 aa  125  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 220 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 405 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 659 aa  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 710 aa  125  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 628 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 		 772 aa  124  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 388 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 384 aa  124  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 651 aa  124  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  27.47 
 
 		 502 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  27.47 
 
 		 502 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 492 aa  124  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  40.2 
 
 		 476 aa  124  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  27.47 
 
 		 502 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40 
 
 		 373 aa  124  5e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 778 aa  123  8e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 575 aa  123  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  28.44 
 
 		 493 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.46 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.99 
 
 		 1078 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 493 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2203  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.13 
 
 		 434 aa  122  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 485 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 577 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 459 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  30.11 
 
 		 493 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 342 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 259 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 575 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 726 aa  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 300 aa  121  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000548579  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 388 aa  121  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 612 aa  121  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 202 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 581 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  26.48 
 
 		 506 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 575 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 581 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 381 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 581 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 378 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 583 aa  120  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 581 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  28.11 
 
 		 522 aa  120  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  39.41 
 
 		 320 aa  120  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 388 aa  120  6e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 411 aa  120  6e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 485 aa  120  7e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 417 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 485 aa  119  9e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.39 
 
 		 531 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  34.05 
 
 		 758 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.42 
 
 		 610 aa  119  9.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  36.9 
 
 		 458 aa  119  9.999999999999999e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 753 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  25.9 
 
 		 506 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 486 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.32 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 486 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.92 
 
 		 901 aa  118  1.9999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.54 
 
 		 444 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.62 
 
 		 796 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  28.42 
 
 		 507 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 369 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 316 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 486 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 486 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.27 
 
 		 609 aa  118  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 457 aa  118  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 486 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  38.41 
 
 		 414 aa  117  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 457 aa  118  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  35.03 
 
 		 455 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 646 aa  118  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 646 aa  118  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  39.2 
 
 		 280 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 494 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  36.53 
 
 		 458 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  29.68 
 
 		 492 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>