More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1356 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_1356  diguanylate cyclase  100 
 
 		 380 aa  763    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  30.97 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  26.25 
 
 		 357 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 368 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3762  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 368 aa  146  6e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.742847  normal  0.824996 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  27.3 
 
 		 370 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  43.28 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  44.23 
 
 		 493 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  45.5 
 
 		 342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  27.03 
 
 		 353 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 493 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 493 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 385 aa  126  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  29.03 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 370 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  27.1 
 
 		 266 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  42.58 
 
 		 508 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 495 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 572 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 388 aa  123  5e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 548 aa  123  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 476 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  36.67 
 
 		 375 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 388 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 563 aa  121  3e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 375 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 532 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  31.59 
 
 		 363 aa  119  9e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 523 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  35.48 
 
 		 422 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  37.14 
 
 		 375 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 544 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 357 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 523 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  38.05 
 
 		 461 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 253 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  37.85 
 
 		 489 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 489 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 866 aa  116  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 523 aa  116  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3603  GGDEF domain-containing protein  36.19 
 
 		 641 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2124  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 315 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0045948  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 480 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.6 
 
 		 754 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  39.36 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 527 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 460 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 536 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  34.81 
 
 		 413 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 569 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  41.14 
 
 		 448 aa  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 347 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2119  response regulatory protein  27.38 
 
 		 371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 356 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 526 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 526 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 386 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 532 aa  113  5e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01479  predicted diguanylate cyclase  29.54 
 
 		 315 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  33.06 
 
 		 754 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01490  hypothetical protein  29.54 
 
 		 315 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  40 
 
 		 393 aa  113  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.47 
 
 		 557 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  31.64 
 
 		 469 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 243 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 249 aa  112  7.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 516 aa  112  8.000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4451  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 368 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1722  diguanylate cyclase  30 
 
 		 472 aa  112  9e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.396894  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 738 aa  112  9e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.65 
 
 		 754 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  36.32 
 
 		 413 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  30.8 
 
 		 467 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 		 754 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 532 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  34.01 
 
 		 385 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.87 
 
 		 599 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1604  diguanylate cyclase  29.03 
 
 		 279 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.608459  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 469 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 336 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2135  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  29.64 
 
 		 472 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  29.13 
 
 		 368 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.24 
 
 		 696 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  33 
 
 		 466 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.24 
 
 		 696 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1650  diguanylate cyclase  29.54 
 
 		 472 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  38.37 
 
 		 689 aa  110  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 385 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  31.02 
 
 		 402 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 469 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 485 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 354 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 385 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>