181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0847 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 173 aa  350  7e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  49.4 
 
 		 182 aa  123  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  36.97 
 
 		 186 aa  96.7  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  40.96 
 
 		 188 aa  96.3  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  36.99 
 
 		 174 aa  92.8  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  36.47 
 
 		 180 aa  88.2  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  38.4 
 
 		 177 aa  87.4  8e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  35.54 
 
 		 183 aa  85.1  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  38.93 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  38.93 
 
 		 191 aa  82.8  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  38.93 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  36.81 
 
 		 190 aa  80.1  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  34.5 
 
 		 177 aa  80.1  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  29.76 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  34.86 
 
 		 176 aa  79  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  30.36 
 
 		 176 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  33.7 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  36.92 
 
 		 176 aa  77.4  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  36.92 
 
 		 176 aa  77.4  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  36.92 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1161  2'-5' RNA ligase  39.61 
 
 		 174 aa  77.4  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.274053  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  36.92 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  36.92 
 
 		 176 aa  76.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  36.92 
 
 		 176 aa  75.5  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  36.92 
 
 		 176 aa  75.5  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  34.16 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  36.15 
 
 		 176 aa  74.3  0.0000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  36.15 
 
 		 176 aa  73.9  0.0000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  36.15 
 
 		 176 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  36.15 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  36.15 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  36.15 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  36.15 
 
 		 176 aa  73.2  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  33.71 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  37.8 
 
 		 184 aa  72  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  27.65 
 
 		 176 aa  72  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  38.46 
 
 		 186 aa  71.2  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  31.3 
 
 		 175 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  33.09 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  35.92 
 
 		 217 aa  67.8  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  31.71 
 
 		 176 aa  67  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  33.86 
 
 		 193 aa  65.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  28.12 
 
 		 174 aa  65.5  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  35.82 
 
 		 183 aa  64.3  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  34.27 
 
 		 177 aa  64.7  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  26.14 
 
 		 173 aa  63.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  38.24 
 
 		 184 aa  62.4  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  32.06 
 
 		 184 aa  62.4  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  32.89 
 
 		 182 aa  61.6  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  31.3 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  36.76 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  33.86 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  31.14 
 
 		 179 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  36.03 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  29.49 
 
 		 186 aa  58.5  0.00000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  36.15 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  30.22 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1029  2'-5' RNA ligase  29.35 
 
 		 197 aa  57  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  32.7 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  30.22 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  33.1 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  32.86 
 
 		 181 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  25.73 
 
 		 173 aa  57  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  33.83 
 
 		 189 aa  56.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  37.78 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  31.62 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2137  2',5' RNA ligase  31.58 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  36 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  31.06 
 
 		 189 aa  54.3  0.0000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0760  2'-5' RNA ligase  34.3 
 
 		 182 aa  53.9  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  35.77 
 
 		 214 aa  53.9  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 190 aa  53.9  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  35.16 
 
 		 179 aa  53.5  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  32.05 
 
 		 181 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  32.69 
 
 		 181 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  30.11 
 
 		 194 aa  52.4  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  27.61 
 
 		 180 aa  52.4  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  33.66 
 
 		 190 aa  52  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 182 aa  52  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  33.66 
 
 		 190 aa  51.6  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  28.47 
 
 		 177 aa  50.8  0.000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  36.3 
 
 		 200 aa  50.8  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  39.62 
 
 		 179 aa  50.4  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  33.9 
 
 		 180 aa  50.8  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  32.61 
 
 		 195 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  29.69 
 
 		 185 aa  49.7  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  28.36 
 
 		 182 aa  49.7  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  28.68 
 
 		 181 aa  50.1  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2337  Phosphoesterase HXTX  28.22 
 
 		 201 aa  49.7  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  29.1 
 
 		 195 aa  49.7  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  26.24 
 
 		 202 aa  49.3  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  24.26 
 
 		 189 aa  49.3  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  34.45 
 
 		 178 aa  49.3  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  34.69 
 
 		 177 aa  49.3  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  30.23 
 
 		 188 aa  49.3  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  32.65 
 
 		 184 aa  49.3  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  32.88 
 
 		 201 aa  49.3  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>