160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1109 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1109  type IV pilus biogenesis protein, putative  100 
 
 		 170 aa  355  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0934  type IV pilus biogenesis protein, putative  78.82 
 
 		 170 aa  293  1e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.153774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1205  type IV pilus biogenesis protein, putative  62.72 
 
 		 169 aa  236  1e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1302  type IV pilus biogenesis protein, putative  57.99 
 
 		 169 aa  223  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.391633 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3520  type IV pilus biogenesis protein, putative  60.84 
 
 		 170 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1132  type IV pilus biogenesis protein, putative  59.88 
 
 		 170 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1167  type IV pilus biogenesis protein, putative  59.88 
 
 		 170 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.350797 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3224  type IV pilus biogenesis protein, putative  59.88 
 
 		 170 aa  218  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1070  methylation site containing protein  56.02 
 
 		 170 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3125  methylation site containing protein  56.44 
 
 		 170 aa  207  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2946  methylation site containing protein  55.49 
 
 		 170 aa  203  9e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.105075  normal  0.412318 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3028  methylation site containing protein  55.49 
 
 		 170 aa  203  9e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2880  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  53.94 
 
 		 173 aa  197  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1094  type IV pilus biogenesis protein, putative  54.12 
 
 		 170 aa  197  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2712  type IV pilus biogenesis protein, putative  53.89 
 
 		 170 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000750453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1068  type IV pilus biogenesis protein, putative  58.78 
 
 		 151 aa  166  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.537139  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1301  type IV pilus biogenesis protein, putative  46.34 
 
 		 177 aa  164  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1093  type IV pilus biogenesis protein, putative  46.99 
 
 		 178 aa  154  4e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2713  type IV pilus biogenesis protein, putative  41.67 
 
 		 172 aa  140  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000625919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2881  methylation site containing protein  38.6 
 
 		 170 aa  128  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1069  methylation site containing protein  43.27 
 
 		 161 aa  121  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3521  type IV pilus biogenesis protein, putative  39.52 
 
 		 164 aa  115  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1108  methylation site containing protein  40.12 
 
 		 163 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.105316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3225  type IV pilus biogenesis protein, putative  40.76 
 
 		 164 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1064  type IV pilus biogenesis protein, putative  40.76 
 
 		 164 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1131  type IV pilus biogenesis protein, putative  40.76 
 
 		 164 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1166  type IV pilus biogenesis protein, putative  40.13 
 
 		 164 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.334361 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3919  putative type IV pilus biogenesis protein  40.36 
 
 		 208 aa  111  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159309  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0933  methylation site containing protein  38.92 
 
 		 163 aa  110  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.133709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2947  methylation site containing protein  34.59 
 
 		 160 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0992621  normal  0.405183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3126  methylation site containing protein  34.59 
 
 		 160 aa  100  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3029  methylation site containing protein  38.41 
 
 		 155 aa  97.4  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.305905 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1204  methylation site containing protein  38.46 
 
 		 162 aa  96.3  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1895  type 4 fimbrial biogenesis protein  30.3 
 
 		 195 aa  81.3  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1834  fimbrial biogenesis protein  30.3 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.723988  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1219  putative type IV pilus biogenesis protein  28.85 
 
 		 180 aa  79.7  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03016  putative type IV pilus biogenesis protein  28.83 
 
 		 200 aa  76.6  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.155595  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0873  Tfp pilus assembly protein FimT  27.11 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2159  Tfp pilus assembly protein FimT  32.56 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3182  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  27.32 
 
 		 194 aa  69.7  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5187  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  29.55 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05337  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  29.76 
 
 		 181 aa  67.8  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.693608 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  26.67 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0007  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  32.52 
 
 		 173 aa  64.7  0.0000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24859  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2876  methylation  29.21 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0021  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  31.61 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0866  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.49 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.197322  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0091  hypothetical protein  28.24 
 
 		 182 aa  62  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.152728  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0810  type IV pilus biogenesis protein  29.27 
 
 		 166 aa  62  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11820  type IV pilus biogenesis protein, FimT  28.07 
 
 		 171 aa  61.2  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0686  hypothetical protein  30.71 
 
 		 192 aa  61.2  0.000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0714  type IV pilus biogenesis protein  29.09 
 
 		 166 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0215  hypothetical protein  26.59 
 
 		 174 aa  60.8  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0562308 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0669  hypothetical protein  30.71 
 
 		 192 aa  60.8  0.000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1378  putative type IV pilus assembly protein FimT  28.99 
 
 		 171 aa  60.5  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0715  pillin, putative  30.91 
 
 		 157 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3169  prepilin-type cleavage/methylation  27.33 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0722  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  32.86 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.905296 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1384  fimbrial biogenesis protein  30.87 
 
 		 164 aa  58.5  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.168846  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0811  pillin, putative  35.8 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2535  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  27.84 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1821  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  31.52 
 
 		 195 aa  58.2  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.071899  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0214  pre-pilin like leader sequence  36.36 
 
 		 172 aa  58.2  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0250023 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3230  fimbrial pilin related signal peptide protein  27.43 
 
 		 171 aa  58.5  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.591415  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0019  pre-pilin like leader sequence  28.49 
 
 		 191 aa  57.8  0.00000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.808404  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0685  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  31.25 
 
 		 186 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60280  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  30.69 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000431898 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0378  hypothetical protein  27.16 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000913387  hitchhiker  0.000267093 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0713  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  34.38 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.687986 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4847  hypothetical protein  36.26 
 
 		 157 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3181  N-terminal methylation site  28.87 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4848  general secretion pathway protein H  29.24 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0015  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  36.26 
 
 		 192 aa  53.9  0.0000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0767  hypothetical protein  30 
 
 		 186 aa  53.9  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.130879 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3912  hypothetical protein  30.36 
 
 		 186 aa  53.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.580591  normal  0.0873326 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3549  Tfp pilus assembly protein FimT  28.16 
 
 		 201 aa  53.9  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0670  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  33.33 
 
 		 214 aa  53.9  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.648692  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2909  pilus assembly protein  31.78 
 
 		 188 aa  53.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256003  normal  0.0433853 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0702  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  31.48 
 
 		 186 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.686484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5193  N-terminal methylation site-containing protein  35.53 
 
 		 188 aa  53.1  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2877  methylation  25.99 
 
 		 192 aa  52.8  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169243  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0253  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  30.84 
 
 		 168 aa  52.8  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1381  hypothetical protein  27.72 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.722593  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2579  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  36.62 
 
 		 187 aa  49.7  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5190  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  31.4 
 
 		 168 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.875037  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0489  methylation  26.86 
 
 		 175 aa  49.3  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0562  putative fimT protein  25.68 
 
 		 178 aa  49.3  0.00003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000705405  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0864  methylation site containing protein  39.68 
 
 		 145 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0188  pilus assembly protein  29.77 
 
 		 222 aa  48.5  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.323266 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2447  hypothetical protein  30.21 
 
 		 186 aa  48.1  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  39.44 
 
 		 140 aa  48.1  0.00006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0829  methylation site containing protein  39.68 
 
 		 145 aa  47.4  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0023  pre-pilin like leader sequence  27.27 
 
 		 167 aa  47.4  0.00009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2665  methylation  32.98 
 
 		 189 aa  47  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0709  methylation site containing protein  31.73 
 
 		 144 aa  47  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3313  methylation site containing protein  31.73 
 
 		 144 aa  47  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.936741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0852  methylation site containing protein  39.68 
 
 		 145 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.992733 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2965  Tfp pilus assembly protein FimT  22.94 
 
 		 181 aa  47  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.108298 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0486  pilin assembly protein  24.55 
 
 		 167 aa  47  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00295768  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1621  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  26.79 
 
 		 186 aa  46.6  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000506995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>