93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1106 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3228  type IV pilin biogenesis protein, putative  49.19 
 
 		 1168 aa  1095    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2950  type IV pilin biogenesis protein, putative  72.53 
 
 		 1177 aa  1803    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.103323  normal  0.178047 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1087  type IV pilin biogenesis protein, putative  40.32 
 
 		 1223 aa  830    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1153  type IV pilin biogenesis protein, putative  40.24 
 
 		 1223 aa  831    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.591357 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3032  type IV pilin biogenesis protein, putative  39.59 
 
 		 1216 aa  762    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.765671  normal  0.129147 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2883  type IV pilin biogenesis protein, putative  39.27 
 
 		 1204 aa  739    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2716  type IV pilin biogenesis protein, putative  42.88 
 
 		 1190 aa  901    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1087  undecaprenol kinase., rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  40.13 
 
 		 1223 aa  824    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3129  type IV pilin biogenesis protein, putative  48.55 
 
 		 1168 aa  1078    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.527009 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0931  type IV pilin biogenesis protein, putative  42.07 
 
 		 1201 aa  865    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1009  type IV pilin biogenesis protein, putative  40.9 
 
 		 1148 aa  820    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1367  undecaprenol kinase, rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  39.84 
 
 		 1212 aa  792    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1298  type IV pilin biogenesis protein, putative  48.58 
 
 		 1186 aa  1111    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.991628 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1090  type IV pilin biogenesis protein, putative  42.41 
 
 		 1194 aa  884    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1179  type IV pilin biogenesis protein, putative  39.64 
 
 		 1204 aa  810    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1106  type IV pilin biogenesis protein, putative  100 
 
 		 1182 aa  2424    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.332365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1061  type IV pilin biogenesis protein, putative  49.19 
 
 		 1168 aa  1094    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3525  type IV pilin biogenesis protein, putative  49.44 
 
 		 1168 aa  1107    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1066  type IV pilin biogenesis protein, putative  70.36 
 
 		 1165 aa  1697    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1128  type IV pilin biogenesis protein, putative  48.75 
 
 		 1169 aa  1093    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1201  type IV pilin biogenesis protein, putative  74.06 
 
 		 1191 aa  1785    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.113052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1163  type IV pilin biogenesis protein, putative  48.79 
 
 		 1168 aa  1088    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.61986  normal  0.837948 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1216  hypothetical protein  33.23 
 
 		 1255 aa  553  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3477  pilin biogenesis protein-related protein  45.69 
 
 		 596 aa  485  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3479  hypothetical protein  36.26 
 
 		 596 aa  320  7e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0871  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like  27.93 
 
 		 1056 aa  303  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03023  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  28.42 
 
 		 1355 aa  292  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3171  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like  28.57 
 
 		 1364 aa  291  6e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.495041  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0967  type IV pilin biogenesis protein, putative  26.73 
 
 		 1030 aa  241  8e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0087  hypothetical protein  34.3 
 
 		 1132 aa  239  3e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2878  putative type 4 fimbrial biogenesis PilY1-related protein signal peptide  25.49 
 
 		 1025 aa  183  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421399  normal  0.561571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2835  putative type 4 fimbrial biogenesis PilY1-related protein signal peptide  25.13 
 
 		 1041 aa  175  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.341777  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11870  type IV pilus assembly protein, PilY1-like protein  23.58 
 
 		 1036 aa  174  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2675  putative type 4 fimbrial biogenesis PILY1-related protein signal peptide  27.18 
 
 		 1070 aa  172  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2911  putative type 4 fimbrial biogenesis PilY1-related protein signal peptide  26.73 
 
 		 1078 aa  172  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0404  putative type 4 fimbrial biogenesis pily1-related protein signal peptide  30.39 
 
 		 1093 aa  171  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1066  hypothetical protein  25.36 
 
 		 1014 aa  158  5.0000000000000005e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.797091  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0737  type IV pilus assembly protein PilY1  25.69 
 
 		 991 aa  156  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.465349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5689  type IV fimbrial biogenesis protein PilY  28.41 
 
 		 1102 aa  150  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.180745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3036  putative Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1  28.6 
 
 		 1544 aa  124  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.583565  normal  0.438129 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4843  type IV pilus-associated protein, putative  22.78 
 
 		 1014 aa  112  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.930911  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2668  Pyrrolo-quinoline quinone  24.35 
 
 		 1200 aa  111  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.66041  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0237  pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1  25.57 
 
 		 1251 aa  107  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2155  Tfp pilus assembly protein, tip-associated adhesin PilY1  25.3 
 
 		 1581 aa  104  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.197712  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2909  type IV fimbrial biogenesis protein PilY1  25.27 
 
 		 1309 aa  103  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.940828 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0719  type IV pilus-associated protein, putative  22.54 
 
 		 1069 aa  102  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0266  putative pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1  24.53 
 
 		 1324 aa  101  8e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.388087 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5194  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  28.67 
 
 		 1155 aa  99  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.948738  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0815  type IV pilus-associated protein, putative  21.79 
 
 		 1067 aa  97.4  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60310  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  29.41 
 
 		 1158 aa  95.1  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000469014 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0210  Neisseria PilC domain protein  23.42 
 
 		 1174 aa  91.3  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0317884 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0665  hypothetical protein  22.54 
 
 		 1169 aa  89.4  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2885  fimbrial assembly protein  25.3 
 
 		 1493 aa  86.3  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.694358  normal  0.827989 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0958  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  27.15 
 
 		 1227 aa  84.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.327934 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0674  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  22.83 
 
 		 1122 aa  80.5  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.920198 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1765  fimbrial assembly protein  22.9 
 
 		 1521 aa  80.1  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.143841  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2518  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  22.97 
 
 		 1245 aa  79.7  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3408  pilus tip-associated protein  24.08 
 
 		 1273 aa  79  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199627 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0717  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  22.83 
 
 		 1122 aa  78.6  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.441406  normal  0.313915 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1703  fimbrial assembly protein  22.48 
 
 		 1521 aa  78.6  0.0000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0874412  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3103  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  22.77 
 
 		 1115 aa  76.6  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0682  hypothetical protein  21.92 
 
 		 1169 aa  76.3  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0490  Pyrrolo-quinoline quinone  22.33 
 
 		 1545 aa  74.7  0.000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2274  fimbrial assembly protein  22.44 
 
 		 1470 aa  72.8  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.211915  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2913  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  24.42 
 
 		 1148 aa  71.6  0.00000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518902  normal  0.0349155 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0561  PilY1 gene product  23 
 
 		 1228 aa  68.9  0.0000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.762386  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0027  PilY1-like protein  22.96 
 
 		 1215 aa  68.6  0.0000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0023  pilus tip-associated protein  23 
 
 		 1214 aa  68.2  0.0000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.639019  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0497  pilus tip-associated protein  22.85 
 
 		 1225 aa  67.8  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2155  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  24.55 
 
 		 1686 aa  67.8  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2345  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  25.66 
 
 		 1590 aa  67  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5179  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  22.69 
 
 		 1218 aa  63.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.252708  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3225  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  22.04 
 
 		 1181 aa  61.6  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1382  PilY1 protein  25.36 
 
 		 1254 aa  61.6  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.660708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1694  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.82 
 
 		 1296 aa  59.3  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0847615  decreased coverage  0.00494316 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2679  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  25.66 
 
 		 1627 aa  58.9  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000064285 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0192  putative type-4 fimbrial biogenesis pily1-related protein  24.71 
 
 		 1127 aa  57  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.48482 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3188  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  21.22 
 
 		 1154 aa  55.5  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.444073  normal  0.594589 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01324  PilY1  22.79 
 
 		 1327 aa  53.5  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.338969  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1503  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  22.92 
 
 		 1577 aa  53.1  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0787  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  22.38 
 
 		 1223 aa  53.1  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0987  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  25.07 
 
 		 1669 aa  51.2  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1804  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  24.23 
 
 		 1482 aa  50.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05333  putative type-4 fimbrial biogenesis pily1-related protein  27.37 
 
 		 1111 aa  50.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.476781 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3551  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  21.66 
 
 		 1500 aa  50.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3425  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  27.17 
 
 		 1288 aa  48.5  0.0007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0019  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  22.11 
 
 		 1287 aa  47.8  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.582284  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2539  type 4 fimbrial biogenesis protein PilY1  21.51 
 
 		 1205 aa  47.4  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0504  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  23.98 
 
 		 1676 aa  47.4  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1073  Pyrrolo-quinoline quinone  22.14 
 
 		 1378 aa  46.6  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.321275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2569  amino acid adenylation domain-containing protein  27.74 
 
 		 2971 aa  45.8  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188555 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2574  amino acid adenylation domain-containing protein  27.74 
 
 		 6404 aa  45.4  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1700  Pyrrolo-quinoline quinone  21.55 
 
 		 1378 aa  45.1  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>