150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2919 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  100 
 
 		 604 aa  1232    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  34.74 
 
 		 525 aa  68.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  30 
 
 		 521 aa  67  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  29.3 
 
 		 425 aa  65.1  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2661  transcriptional regulator, CadC  27.27 
 
 		 541 aa  64.7  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000865937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  28.79 
 
 		 521 aa  64.3  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  35.35 
 
 		 382 aa  63.5  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3629  putative transcriptional regulator, CadC  32.79 
 
 		 501 aa  63.5  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.375084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 518 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  27.7 
 
 		 729 aa  60.5  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  22.36 
 
 		 712 aa  58.9  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  29.2 
 
 		 522 aa  58.2  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  29.29 
 
 		 522 aa  57  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  22.18 
 
 		 678 aa  56.6  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  30.93 
 
 		 543 aa  55.8  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  33.33 
 
 		 292 aa  53.9  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0871  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.89 
 
 		 214 aa  54.3  0.000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143126  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  31.52 
 
 		 1020 aa  53.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  25.62 
 
 		 945 aa  53.5  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  33.03 
 
 		 290 aa  53.5  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  29.41 
 
 		 1014 aa  53.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  28.69 
 
 		 956 aa  53.1  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0437  putative response regulator  25.3 
 
 		 247 aa  52.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0722106  hitchhiker  0.00000510078 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  30 
 
 		 1092 aa  52.8  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  32.81 
 
 		 1092 aa  52.4  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0384  putative response regulator  25.3 
 
 		 247 aa  52.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00164652  hitchhiker  0.00364689 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0375  putative response regulator  25.3 
 
 		 247 aa  52.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.99344  normal  0.0181378 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0377  putative response regulator  25.3 
 
 		 247 aa  52.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000572902  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0840  transcriptional activator protein CopR  32.94 
 
 		 222 aa  52  0.00003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.048163  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  28.38 
 
 		 277 aa  52  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02470  hypothetical protein  28.17 
 
 		 250 aa  52  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0701  transcriptional regulator, CadC  35.16 
 
 		 308 aa  52  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0397  putative response regulator  25.3 
 
 		 247 aa  52  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00385918  hitchhiker  0.0000663843 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  30 
 
 		 468 aa  51.6  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 493 aa  51.2  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 493 aa  51.2  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  37.25 
 
 		 294 aa  51.2  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 493 aa  51.2  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1512  two component transcriptional regulator  32.95 
 
 		 226 aa  50.8  0.00006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1561  two component transcriptional regulator  32.95 
 
 		 226 aa  50.8  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0329  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.29 
 
 		 231 aa  50.8  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  28.44 
 
 		 510 aa  50.8  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.94 
 
 		 514 aa  50.4  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  29.21 
 
 		 250 aa  50.4  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.94 
 
 		 514 aa  50.4  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0836  transcriptional regulator, CadC  31.82 
 
 		 458 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  31.18 
 
 		 1131 aa  50.1  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  31.96 
 
 		 901 aa  50.1  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  27.96 
 
 		 1102 aa  50.1  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  24.77 
 
 		 531 aa  50.1  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.94 
 
 		 514 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  27.96 
 
 		 219 aa  50.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3000  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 458 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000507386  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3173  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 458 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0862  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 458 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.657213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.94 
 
 		 514 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  26.61 
 
 		 618 aa  49.3  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2680  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 214 aa  49.3  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00609621  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1268  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.21 
 
 		 229 aa  49.7  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0722  response regulator receiver domain-containing protein  28.24 
 
 		 227 aa  49.3  0.0002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0554017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  24.64 
 
 		 1089 aa  49.7  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1527  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 214 aa  49.3  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000285155  normal  0.0354846 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2761  transcriptional regulator, CadC  31.76 
 
 		 214 aa  49.3  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  32.38 
 
 		 395 aa  48.9  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.65 
 
 		 323 aa  48.5  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  31.9 
 
 		 1075 aa  48.5  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  31.62 
 
 		 1089 aa  48.9  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  27.47 
 
 		 481 aa  48.9  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4123  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 458 aa  48.9  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000465407 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  29.17 
 
 		 499 aa  48.1  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1324  extracellular solute-binding protein  32.95 
 
 		 220 aa  48.1  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.273971  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  28.42 
 
 		 413 aa  48.1  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0474  hypothetical protein  32.26 
 
 		 373 aa  48.1  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  31.9 
 
 		 1080 aa  47.8  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.28 
 
 		 245 aa  48.1  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  25.52 
 
 		 188 aa  47.4  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.79 
 
 		 518 aa  47.4  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 427 aa  47.4  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  35.48 
 
 		 427 aa  47.4  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  34.57 
 
 		 1075 aa  47  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  30 
 
 		 515 aa  46.6  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  27.48 
 
 		 584 aa  47  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.57 
 
 		 1063 aa  47  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.57 
 
 		 1075 aa  47  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0358  transcriptional regulator, CadC  31.78 
 
 		 426 aa  47  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0590  transcriptional regulatory protein, C  29.9 
 
 		 177 aa  47  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  32.61 
 
 		 725 aa  46.6  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  35.87 
 
 		 427 aa  47  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  27.91 
 
 		 512 aa  45.8  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  27.91 
 
 		 512 aa  45.8  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1712  transcriptional regulator, putative  26.21 
 
 		 507 aa  45.8  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0840  two component transcriptional regulator, winged helix family  31 
 
 		 241 aa  45.8  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.214337  normal  0.533835 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  30.11 
 
 		 413 aa  45.8  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  30.11 
 
 		 413 aa  45.8  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.91 
 
 		 512 aa  45.8  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  30.95 
 
 		 1067 aa  46.2  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  30.11 
 
 		 413 aa  45.8  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  29.89 
 
 		 972 aa  46.2  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.91 
 
 		 512 aa  45.8  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.91 
 
 		 512 aa  45.8  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>