More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0072 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0072  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
354 aa  704    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5271  peptidase M20  45.48 
 
 
368 aa  274  1.0000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0594  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.51 
 
 
356 aa  272  7e-72  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3969  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.4 
 
 
368 aa  256  4e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3891  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.11 
 
 
368 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.909274  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3828  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.98 
 
 
368 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3942  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.82 
 
 
361 aa  249  7e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0243581 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1172  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.06 
 
 
353 aa  222  7e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.258754  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.42 
 
 
378 aa  220  3.9999999999999997e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000873561 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.59 
 
 
374 aa  215  9.999999999999999e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4301  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.44 
 
 
367 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.673976  normal  0.667956 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1160  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.44 
 
 
369 aa  211  1e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25960  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.06 
 
 
359 aa  210  4e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129356  normal  0.963419 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15460  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.25 
 
 
378 aa  209  5e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.213876  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3899  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.71 
 
 
354 aa  209  6e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0558004  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1143  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.98 
 
 
378 aa  209  7e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.575079  decreased coverage  0.00167008 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.86 
 
 
371 aa  208  1e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.390833 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0495  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.68 
 
 
354 aa  206  5e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0998  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.94 
 
 
371 aa  203  4e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5500  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.9 
 
 
358 aa  202  8e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230023  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1200  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.43 
 
 
354 aa  202  8e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0874  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.57 
 
 
376 aa  202  9e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.254055  normal  0.247532 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3022  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.89 
 
 
351 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.654756  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.88 
 
 
375 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230632  normal  0.0555085 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2929  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.75 
 
 
394 aa  200  3e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000511731 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11226  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.16 
 
 
354 aa  199  7.999999999999999e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.41 
 
 
356 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.1255  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0773  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.08 
 
 
359 aa  196  6e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.743362  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8429  dipeptidase  38.84 
 
 
353 aa  193  4e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.628473  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3855  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.94 
 
 
359 aa  193  5e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.149878 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.66 
 
 
401 aa  191  2e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11210  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.46 
 
 
370 aa  190  4e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.331267  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7949  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.33 
 
 
371 aa  189  5e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3752  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.16 
 
 
357 aa  187  2e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0165343  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2180  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.18 
 
 
354 aa  187  3e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136819  normal  0.30884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4515  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.86 
 
 
354 aa  187  3e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113007  normal  0.287636 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4242  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.6 
 
 
366 aa  186  5e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.156168 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.6 
 
 
366 aa  186  5e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.75558  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4086  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.6 
 
 
366 aa  186  5e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.24 
 
 
397 aa  183  5.0000000000000004e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4134  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.24 
 
 
357 aa  178  1e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.100674  normal  0.0650172 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3315  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.04 
 
 
364 aa  176  4e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.621792  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06290  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.48 
 
 
358 aa  169  6e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0661  peptidase M20  37.28 
 
 
344 aa  155  1e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.55 
 
 
387 aa  91.3  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4616  peptidase M20  28.05 
 
 
378 aa  89.7  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1704  peptidase M20  28.48 
 
 
369 aa  89  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.87 
 
 
395 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1025  peptidase M20  26.32 
 
 
362 aa  87.8  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0171  peptidase M20  25.29 
 
 
341 aa  86.3  7e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1548  acetylornithine deacetylase  32.59 
 
 
410 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00376814 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3363  acetylornithine deacetylase  35.55 
 
 
375 aa  84  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.288283  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4203  peptidase M20  26.52 
 
 
360 aa  83.6  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0267175  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1394  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  28.81 
 
 
335 aa  83.2  0.000000000000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.79 
 
 
374 aa  83.2  0.000000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.79 
 
 
374 aa  82.8  0.000000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  29.14 
 
 
364 aa  82.4  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.37 
 
 
413 aa  82.4  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  28.1 
 
 
368 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  26.79 
 
 
437 aa  80.9  0.00000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  28.16 
 
 
376 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2473  peptidase M20  29.7 
 
 
356 aa  81.3  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  30.23 
 
 
374 aa  81.3  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1861  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  28.15 
 
 
335 aa  80.1  0.00000000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.798793 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  26.47 
 
 
365 aa  79.7  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1172  acetylornithine deacetylase  27.81 
 
 
384 aa  79.7  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4005  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.81 
 
 
400 aa  79.3  0.00000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.360154  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1671  acetylornithine deacetylase  30.96 
 
 
367 aa  79.7  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.09506  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1296  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  26.04 
 
 
375 aa  79.3  0.00000000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00178496 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1166  acetylornithine deacetylase  27.19 
 
 
384 aa  78.2  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0867  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  29.29 
 
 
338 aa  77.4  0.0000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2918  peptidase M20  28.85 
 
 
389 aa  77.8  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.579726  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4508  acetylornithine deacetylase  29.62 
 
 
374 aa  77.4  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01583  acetylornithine deacetylase, hypothetical (Eurofung)  27.96 
 
 
393 aa  77  0.0000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0352078 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0233  peptidase M20  25.53 
 
 
420 aa  77  0.0000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.571831  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  27.19 
 
 
753 aa  76.6  0.0000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.46 
 
 
382 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.84 
 
 
388 aa  76.6  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0287  peptidase M20  29.94 
 
 
373 aa  76.6  0.0000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0445  acetylornithine deacetylase  24.28 
 
 
390 aa  76.3  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1676  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  27.76 
 
 
349 aa  76.3  0.0000000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.791756  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2470  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.79 
 
 
380 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00847211  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1326  acetylornithine deacetylase  28.53 
 
 
406 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000000659455  hitchhiker  0.00151978 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6134  acetylornithine deacetylase  27.55 
 
 
406 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.131137  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6551  peptidase M20  26.33 
 
 
354 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1945  acetylornithine deacetylase  27.55 
 
 
406 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2123  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.59 
 
 
379 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2045  acetylornithine deacetylase  28.57 
 
 
389 aa  75.5  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.536708  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1969  acetylornithine deacetylase  27.47 
 
 
406 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.850845  normal  0.0303442 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1933  acetylornithine deacetylase  28.31 
 
 
406 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0058469  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1541  peptidase M20  25.15 
 
 
380 aa  74.7  0.000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1860  acetylornithine deacetylase  28.31 
 
 
406 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000219748  hitchhiker  0.0000660568 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  28.75 
 
 
380 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2367  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.79 
 
 
380 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0319493  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.41 
 
 
383 aa  74.3  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1857  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.79 
 
 
381 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2121  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.79 
 
 
381 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1854  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.2 
 
 
396 aa  74.3  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000102296  normal  0.0130262 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3458  acetylornithine deacetylase  28.09 
 
 
385 aa  74.3  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.79 
 
 
380 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.473063  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>