153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1714 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  84.27 
 
 		 789 aa  1346    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2275  RND superfamily transporter  83.08 
 
 		 797 aa  1316    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.857443  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1720  RND superfamily transporter  87.03 
 
 		 788 aa  1358    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362573  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1714  RND superfamily transporter  100 
 
 		 789 aa  1567    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0904131 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3579  RND superfamily transporter  86.55 
 
 		 788 aa  1365    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2688  RND superfamily transporter  85.02 
 
 		 787 aa  1276    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0528  RND superfamily transporter  64.61 
 
 		 789 aa  932    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2963  putative membrane transporter  83.01 
 
 		 785 aa  1302    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.581109 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0077  putative membrane transporter  68.5 
 
 		 797 aa  1038    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.273508 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2061  putative membrane transporter  70.57 
 
 		 796 aa  1078    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  19.84 
 
 		 806 aa  135  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2562  RND efflux transporter  23.18 
 
 		 697 aa  130  8.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.143404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  18.8 
 
 		 808 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  23.21 
 
 		 764 aa  122  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  18.71 
 
 		 831 aa  113  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  22.99 
 
 		 835 aa  112  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  22.24 
 
 		 755 aa  112  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  19.26 
 
 		 773 aa  111  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0392  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.28 
 
 		 837 aa  110  8.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1279  hypothetical protein  20.91 
 
 		 821 aa  108  3e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  21.27 
 
 		 807 aa  106  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  22.67 
 
 		 821 aa  104  6e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  22.76 
 
 		 792 aa  103  9e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  22.31 
 
 		 815 aa  101  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0321  putative integral membrane protein  21.65 
 
 		 813 aa  101  7e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.322021  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  20.29 
 
 		 789 aa  99.8  2e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1281  resistance-nodulation-cell division family transporter  21.09 
 
 		 828 aa  99.8  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338562  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1021  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.49 
 
 		 762 aa  98.6  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.119734  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3357  putative integral membrane protein  19.51 
 
 		 872 aa  96.3  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.42147  normal  0.0868518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  21.43 
 
 		 825 aa  95.9  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3300  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.88 
 
 		 967 aa  94.4  7e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107727  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  21.31 
 
 		 752 aa  92.4  3e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  21.42 
 
 		 779 aa  89.4  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  18.29 
 
 		 788 aa  87.4  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  21.42 
 
 		 816 aa  87  0.000000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  20.51 
 
 		 824 aa  85.5  0.000000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  24.31 
 
 		 811 aa  85.1  0.000000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  22.06 
 
 		 752 aa  85.5  0.000000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  21.6 
 
 		 864 aa  85.1  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1117  hypothetical protein  23.95 
 
 		 765 aa  83.6  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  21.57 
 
 		 756 aa  82  0.00000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  23.1 
 
 		 1051 aa  81.6  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  23.84 
 
 		 800 aa  80.5  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  22.14 
 
 		 815 aa  79.7  0.0000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  20.33 
 
 		 778 aa  77.8  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0562  hypothetical protein  24.48 
 
 		 800 aa  75.5  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593707  normal  0.20774 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0958  hypothetical protein  22.19 
 
 		 779 aa  75.9  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764454  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  18.68 
 
 		 803 aa  75.5  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0154  RND efflux transporter  25 
 
 		 751 aa  75.5  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1056  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  18.61 
 
 		 756 aa  73.9  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0557741  normal  0.21545 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1376  hypothetical protein  22.09 
 
 		 823 aa  73.2  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  20.03 
 
 		 804 aa  72  0.00000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0277  hypothetical protein  22.09 
 
 		 823 aa  71.6  0.00000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  22.3 
 
 		 796 aa  69.7  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1565  hypothetical protein  22.01 
 
 		 823 aa  69.3  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  21.32 
 
 		 799 aa  68.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  19.41 
 
 		 746 aa  68.9  0.0000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  22 
 
 		 764 aa  68.2  0.0000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  22.16 
 
 		 795 aa  68.2  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1525  hypothetical protein  22.63 
 
 		 694 aa  65.9  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  19.22 
 
 		 747 aa  65.5  0.000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4325  transporter, putative  23.12 
 
 		 786 aa  65.1  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0993317 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4435  transporter, putative  23.12 
 
 		 786 aa  65.1  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.565976 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  19.82 
 
 		 727 aa  64.7  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2744  RND efflux transporter  21.03 
 
 		 860 aa  64.3  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4359  RND efflux transporter  21.58 
 
 		 786 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0048  integral membrane protein  20.69 
 
 		 788 aa  63.9  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1486  RND efflux transporter  22.44 
 
 		 694 aa  63.9  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0030427  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1152  RND efflux transporter  21.46 
 
 		 692 aa  63.9  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0148359  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  20.59 
 
 		 820 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5040  RND efflux transporter  21.58 
 
 		 786 aa  63.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.981854  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5820  RND efflux transporter  21.58 
 
 		 786 aa  63.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  21.46 
 
 		 786 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  21.33 
 
 		 767 aa  62.8  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1519  putative integral membrane protein  28.01 
 
 		 859 aa  61.6  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  21.09 
 
 		 787 aa  61.6  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  20 
 
 		 748 aa  60.1  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  21.92 
 
 		 385 aa  59.7  0.0000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  21.73 
 
 		 786 aa  58.9  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  25.56 
 
 		 797 aa  58.9  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6781  RND efflux transporter  26.45 
 
 		 799 aa  58.5  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1961  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  18.71 
 
 		 758 aa  58.5  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.06 
 
 		 807 aa  58.2  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  21.43 
 
 		 794 aa  58.2  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1422  RND efflux transporter  22.38 
 
 		 865 aa  58.2  0.0000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0501757  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  21.92 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3202  transporter, putative  23.02 
 
 		 826 aa  57.4  0.0000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.320198  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1180  hypothetical protein  20.9 
 
 		 801 aa  57  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6840  RND efflux transporter  21.75 
 
 		 786 aa  57.4  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172281  normal  0.135262 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  25.94 
 
 		 388 aa  57  0.000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3150  RND superfamily protein  18.58 
 
 		 755 aa  56.6  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0817693  normal  0.0240782 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2749  transporter, putative  26.8 
 
 		 804 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00176897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  20.7 
 
 		 771 aa  56.2  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  22.22 
 
 		 772 aa  56.2  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  23.67 
 
 		 898 aa  54.7  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  22.5 
 
 		 790 aa  54.7  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  25.79 
 
 		 794 aa  54.3  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  21.72 
 
 		 793 aa  54.3  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2812  transporter, putative  26.8 
 
 		 804 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  19.45 
 
 		 778 aa  53.9  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>