256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_1708 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007335  PMN2A_1708  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 286 aa  569  1e-161  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0335669  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04231  LysM domain-containing protein  92.31 
 
 		 286 aa  530  1e-150  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03671  hypothetical protein  29.97 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.651012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1839  peptidoglycan-binding LysM  25.16 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.955288  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  23.42 
 
 		 337 aa  111  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  26.03 
 
 		 499 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  26.59 
 
 		 470 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  36.79 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2256  glycoside hydrolase family protein  35.45 
 
 		 430 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00349057  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0014  glycoside hydrolase family 18  33.33 
 
 		 428 aa  72.4  0.000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0336  peptidoglycan-binding LysM  27.94 
 
 		 256 aa  71.6  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.230507  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3627  glycosy hydrolase family protein  34.55 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.266855  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3402  glycosy hydrolase family protein  34.55 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0158491  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3364  glycosyl hydrolase  34.55 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000727099  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3314  glycosyl hydrolase  34.55 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000190011  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3668  glycosy hydrolase family protein  34.55 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0200729  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3618  glycosyl hydrolase, family 18  34.55 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000703851 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3715  glycosyl hydrolase, family 18  34.55 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00419568  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3294  glycoside hydrolase family protein  34.55 
 
 		 430 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1600  glycosyl hydrolase, family 18  34.55 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000035031  hitchhiker  0.0000741808 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  29.75 
 
 		 423 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3633  glycosyl hydrolase, family 18  33.64 
 
 		 342 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00032654  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  25.28 
 
 		 620 aa  68.9  0.00000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  25.28 
 
 		 1001 aa  67.8  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3522  SCP-like extracellular  38.83 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.490521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  28.72 
 
 		 515 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  24.59 
 
 		 409 aa  67.4  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  29.77 
 
 		 405 aa  66.6  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  31.51 
 
 		 509 aa  66.2  0.0000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  28.19 
 
 		 515 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  30.19 
 
 		 539 aa  66.2  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  28.57 
 
 		 544 aa  65.9  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  34.31 
 
 		 1021 aa  65.9  0.0000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03561  LysM domain-containing protein  26.21 
 
 		 253 aa  65.9  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  28.14 
 
 		 307 aa  65.5  0.0000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  28.57 
 
 		 515 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  27.81 
 
 		 514 aa  65.1  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  33.02 
 
 		 1079 aa  64.3  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  26.75 
 
 		 495 aa  63.9  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  33.67 
 
 		 518 aa  63.2  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  26.38 
 
 		 587 aa  63.2  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  27.66 
 
 		 515 aa  62.8  0.000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  24.14 
 
 		 547 aa  62  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.74 
 
 		 327 aa  62  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2008  Peptidase M23  29.94 
 
 		 602 aa  61.6  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0017  glycoside hydrolase family 18  29.73 
 
 		 428 aa  61.2  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350058  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  31.82 
 
 		 515 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2634  peptidoglycan-binding LysM  25 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258799 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  31.82 
 
 		 515 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  31.82 
 
 		 519 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  31.82 
 
 		 515 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3922  cell wall hydrolase/autolysin  32.74 
 
 		 542 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00766484  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3724  cell wall hydrolase/autolysin  32.46 
 
 		 557 aa  60.1  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0816524  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  29.82 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  23.43 
 
 		 617 aa  59.7  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4147  peptidoglycan-binding LysM  30.39 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0392634 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0054  cell wall hydrolase, SleB  29.93 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000771521 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.98 
 
 		 554 aa  58.9  0.00000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  27.2 
 
 		 849 aa  58.9  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2378  peptidoglycan-binding LysM  26.44 
 
 		 634 aa  58.9  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.903959  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1626  cell wall hydrolase SleB  34.65 
 
 		 253 aa  58.5  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.193546  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3231  Peptidoglycan-binding LysM  25 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0309569 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1840  cell wall hydrolase SleB  28.86 
 
 		 264 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645557  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  30 
 
 		 543 aa  58.2  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04840  peptidase M23B  28.8 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000479397  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03621  LysM domain-containing protein  23.53 
 
 		 253 aa  57  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.624755  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4066  Peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 390 aa  56.6  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  30.3 
 
 		 173 aa  56.2  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0625  NLP/P60 protein  30.58 
 
 		 466 aa  56.2  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00171515  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  32.35 
 
 		 517 aa  56.2  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03571  LysM domain-containing protein  25 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08381  hypothetical protein  28.95 
 
 		 141 aa  55.8  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.275743  hitchhiker  0.00161407 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1800  peptidoglycan-binding LysM  29.75 
 
 		 503 aa  55.8  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.199953  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2063  Lytic transglycosylase catalytic  20.71 
 
 		 445 aa  55.8  0.0000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  27.69 
 
 		 301 aa  55.1  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  33.64 
 
 		 442 aa  55.1  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0060  Peptidase M23  31.62 
 
 		 320 aa  55.1  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00481353  hitchhiker  0.00293385 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3560  Peptidoglycan-binding LysM  27.91 
 
 		 446 aa  55.1  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1111  glycoside hydrolase family 18  26.47 
 
 		 426 aa  55.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  25.62 
 
 		 596 aa  54.3  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  24.53 
 
 		 303 aa  54.7  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  30.43 
 
 		 519 aa  53.9  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1429  cell wall hydrolase, SleB  33.33 
 
 		 267 aa  53.5  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000499844  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2039  Peptidase M23  30.39 
 
 		 414 aa  53.5  0.000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0205491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2064  polysaccharide deacetylase  26.26 
 
 		 368 aa  53.1  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000028992  hitchhiker  0.000502846 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002256  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiB precursor  29.3 
 
 		 571 aa  53.1  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000111797  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3452  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  32.65 
 
 		 335 aa  53.1  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  22.91 
 
 		 612 aa  53.1  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0644  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30 
 
 		 679 aa  53.1  0.000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.165193  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  35.29 
 
 		 733 aa  53.1  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  22.91 
 
 		 612 aa  53.1  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  28.49 
 
 		 519 aa  52.8  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0551  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.57 
 
 		 377 aa  52.8  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  31.62 
 
 		 650 aa  52.8  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  28.57 
 
 		 553 aa  52.4  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3365  NLP/P60 protein  30.5 
 
 		 342 aa  52.4  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2994  peptidoglycan-binding protein  28.57 
 
 		 467 aa  52  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00261839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  37.37 
 
 		 797 aa  52  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  31.63 
 
 		 511 aa  52  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.35 
 
 		 532 aa  52  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>