More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4283 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  100 
 
 		 480 aa  964    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  84.07 
 
 		 489 aa  804    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 489 aa  305  8.000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 489 aa  303  6.000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 454 aa  140  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 532 aa  140  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 532 aa  139  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.91 
 
 		 461 aa  139  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  42.01 
 
 		 485 aa  138  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 357 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 523 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 486 aa  134  5e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 372 aa  134  5e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  40.35 
 
 		 489 aa  133  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 493 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 485 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 544 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  27.9 
 
 		 402 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  44.65 
 
 		 458 aa  131  3e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 486 aa  131  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 485 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.15 
 
 		 638 aa  130  6e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 532 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  34.12 
 
 		 493 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 459 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 564 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  39.44 
 
 		 476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  24.27 
 
 		 469 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 493 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  42.77 
 
 		 458 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 464 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 349 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40.46 
 
 		 457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  26.67 
 
 		 342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 485 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 490 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  39.31 
 
 		 457 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  40.62 
 
 		 466 aa  128  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 363 aa  128  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  39.88 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 482 aa  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 403 aa  127  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 396 aa  127  5e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  40 
 
 		 460 aa  127  7e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 386 aa  126  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 523 aa  127  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.64 
 
 		 407 aa  126  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 571 aa  126  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  27.69 
 
 		 460 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  41.38 
 
 		 454 aa  126  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 360 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4161  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 490 aa  126  8.000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.704055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 317 aa  126  9e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 513 aa  126  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 395 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 532 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 527 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 559 aa  126  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  34.26 
 
 		 395 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.31 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 314 aa  125  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 373 aa  124  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0770  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 356 aa  124  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000555933  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0787  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 356 aa  124  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0010071  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 466 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 466 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 457 aa  124  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 466 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 454 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 454 aa  124  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 466 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 466 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 382 aa  124  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 457 aa  124  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  38.51 
 
 		 461 aa  124  5e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 467 aa  124  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 490 aa  124  5e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  38.51 
 
 		 456 aa  123  6e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.26 
 
 		 457 aa  123  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  40.74 
 
 		 457 aa  123  7e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 220 aa  123  9e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  38.15 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.99 
 
 		 801 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 310 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  39.43 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 536 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 405 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2135  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  25.05 
 
 		 472 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 526 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.76 
 
 		 586 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 472 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>