More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02711 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 605 aa  1234    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 555 aa  132  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 715 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 325 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 495 aa  120  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 507 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 507 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 491 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 325 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  37.91 
 
 		 325 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 325 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3603  GGDEF domain-containing protein  31.16 
 
 		 641 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  37.58 
 
 		 551 aa  115  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 267 aa  115  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 492 aa  115  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 401 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 386 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 490 aa  114  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  34.05 
 
 		 532 aa  114  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 556 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 381 aa  114  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 540 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 536 aa  113  8.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 493 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  36.13 
 
 		 477 aa  113  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 532 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 554 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 382 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 370 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  36.81 
 
 		 585 aa  112  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 659 aa  111  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 539 aa  111  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 381 aa  112  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 580 aa  111  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 448 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 448 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 385 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 411 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  28.85 
 
 		 625 aa  110  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 536 aa  111  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 634 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  28.22 
 
 		 490 aa  111  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 		 901 aa  110  6e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 521 aa  110  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0333  GGDEF domain-containing protein  37.65 
 
 		 364 aa  110  7.000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 386 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 317 aa  110  8.000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 516 aa  110  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 532 aa  110  9.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.01 
 
 		 452 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  36.13 
 
 		 493 aa  110  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  36.53 
 
 		 412 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 459 aa  109  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 451 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  34.39 
 
 		 551 aa  109  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 422 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.42 
 
 		 499 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 493 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 437 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 307 aa  108  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 		 496 aa  108  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 508 aa  108  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 342 aa  108  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2119  response regulatory protein  38.24 
 
 		 371 aa  108  4e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 512 aa  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 570 aa  107  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 502 aa  108  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.51 
 
 		 550 aa  107  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 451 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3223  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 343 aa  107  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 389 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 382 aa  107  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 403 aa  107  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 614 aa  107  6e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 389 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 345 aa  107  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 389 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 387 aa  107  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 701 aa  107  8e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  38.27 
 
 		 435 aa  107  9e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  33.12 
 
 		 542 aa  107  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 564 aa  107  9e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  38.99 
 
 		 301 aa  106  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 520 aa  106  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0689  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 413 aa  106  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.427043  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 382 aa  106  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  33.12 
 
 		 542 aa  106  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 459 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 220 aa  106  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  29.34 
 
 		 581 aa  106  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  35.2 
 
 		 489 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  35.2 
 
 		 499 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 393 aa  106  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  35.2 
 
 		 499 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 499 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 391 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 726 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 726 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 490 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>