More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3021 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  100 
 
 		 680 aa  1398    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  47.89 
 
 		 698 aa  648    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  48.37 
 
 		 689 aa  650    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  45.86 
 
 		 735 aa  629  1e-179  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  46.86 
 
 		 698 aa  616  1e-175  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  41.91 
 
 		 735 aa  514  1e-144  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  26.1 
 
 		 666 aa  189  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  27.94 
 
 		 680 aa  167  5e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  28.94 
 
 		 670 aa  159  2e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  26.68 
 
 		 671 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  26.09 
 
 		 676 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  26.04 
 
 		 674 aa  137  5e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  29.62 
 
 		 683 aa  135  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  24.72 
 
 		 671 aa  134  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  28.39 
 
 		 676 aa  133  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  24.56 
 
 		 671 aa  132  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  23.85 
 
 		 617 aa  126  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  27.45 
 
 		 686 aa  120  7e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  28.14 
 
 		 674 aa  120  7e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08961  ribonuclease II  25.19 
 
 		 427 aa  111  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000321128 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  28.19 
 
 		 645 aa  108  3e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  30 
 
 		 646 aa  106  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  25.6 
 
 		 685 aa  106  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3792  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  30.5 
 
 		 660 aa  105  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  26.04 
 
 		 683 aa  105  3e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  27.19 
 
 		 671 aa  105  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl209  virulence associated protein, ribonuclease R  26.73 
 
 		 704 aa  103  1e-20  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000726605  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  25.55 
 
 		 777 aa  103  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1089  ribonuclease II  24.87 
 
 		 691 aa  102  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  27.25 
 
 		 659 aa  101  4e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  25.3 
 
 		 707 aa  101  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  29.57 
 
 		 657 aa  99.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  25.93 
 
 		 763 aa  98.6  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  23.48 
 
 		 619 aa  99  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  29.28 
 
 		 469 aa  99  3e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3678  ribonuclease II  25.62 
 
 		 635 aa  98.6  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  28.88 
 
 		 646 aa  98.2  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  29.82 
 
 		 644 aa  97.1  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  25.85 
 
 		 752 aa  96.7  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  24.7 
 
 		 637 aa  95.9  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  27.83 
 
 		 720 aa  95.9  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  24.3 
 
 		 645 aa  96.3  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3411  ribonuclease II  28.16 
 
 		 695 aa  95.9  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  26.89 
 
 		 759 aa  95.5  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  27.11 
 
 		 667 aa  95.5  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf396  VacB-like exoribonuclease II  23.71 
 
 		 718 aa  95.5  3e-18  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09921  ribonuclease II  26.67 
 
 		 394 aa  95.1  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  26.09 
 
 		 749 aa  94.7  5e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09941  ribonuclease II  26.46 
 
 		 394 aa  94.4  6e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  28.03 
 
 		 656 aa  94  8e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3980  ribonuclease II  25.2 
 
 		 705 aa  94  8e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000301096 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0937  ribonuclease II  26.07 
 
 		 686 aa  94  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.371224  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  27.76 
 
 		 643 aa  94  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0843  ribonuclease II  24.2 
 
 		 693 aa  93.2  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16653 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  27.08 
 
 		 706 aa  93.2  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  28.87 
 
 		 644 aa  93.6  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0915  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  25.12 
 
 		 756 aa  92.4  2e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  27.41 
 
 		 776 aa  92.8  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  24.56 
 
 		 709 aa  92.8  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  27.84 
 
 		 678 aa  92  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  29.11 
 
 		 644 aa  90.5  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  25.94 
 
 		 818 aa  89.7  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0933  putative ribonuclease II  25.7 
 
 		 394 aa  89.7  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0603579  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  28.36 
 
 		 644 aa  90.5  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  24.83 
 
 		 788 aa  89  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1520  exoribonuclease II  28.74 
 
 		 644 aa  89.4  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  28.05 
 
 		 644 aa  89.7  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  26.36 
 
 		 781 aa  89  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  28.05 
 
 		 644 aa  89  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2195  ribonuclease II  23.27 
 
 		 702 aa  89  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  28.45 
 
 		 644 aa  88.6  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  27.91 
 
 		 762 aa  89  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  28.21 
 
 		 754 aa  88.6  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4448  ribonuclease II  27.25 
 
 		 617 aa  88.6  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0215  ribonuclease II  26.42 
 
 		 676 aa  88.6  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  25.07 
 
 		 757 aa  88.2  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  25.34 
 
 		 790 aa  88.2  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1604  RNAse R  26.89 
 
 		 535 aa  88.2  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0268007  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1095  ribonuclease R  25.57 
 
 		 701 aa  88.2  5e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3056  ribonuclease II  24.28 
 
 		 712 aa  87.8  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.235713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0773  ribonuclease R  25.55 
 
 		 695 aa  87.8  6e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000896455  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2339  exoribonuclease II  28.45 
 
 		 644 aa  87.4  7e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185583 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  28.45 
 
 		 644 aa  87.4  7e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  28.45 
 
 		 644 aa  87.4  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1399  exoribonuclease II  28.45 
 
 		 644 aa  87.4  7e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0060132  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  22.66 
 
 		 710 aa  87.4  7e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  24.48 
 
 		 694 aa  87.4  7e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1841  exoribonuclease II  28.45 
 
 		 644 aa  87.4  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.816503  hitchhiker  0.00000000000000293222 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  23.84 
 
 		 795 aa  87.8  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  24.28 
 
 		 762 aa  87.4  8e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  22.66 
 
 		 710 aa  87  9e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3367  hypothetical protein  27.68 
 
 		 602 aa  87  9e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.140616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  26.7 
 
 		 783 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3160  ribonuclease R  27.94 
 
 		 701 aa  86.7  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  26.76 
 
 		 801 aa  86.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  27.74 
 
 		 644 aa  85.9  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1448  exoribonuclease II  27.7 
 
 		 644 aa  85.9  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0894921  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2857  ribonuclease II  23.56 
 
 		 714 aa  85.9  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236401  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  24.59 
 
 		 815 aa  86.3  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1234  ribonuclease II  24.74 
 
 		 622 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.334774 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>