More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6577 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 205 aa  425  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  99.51 
 
 		 205 aa  424  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  93.17 
 
 		 205 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  93.17 
 
 		 205 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  93.17 
 
 		 205 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  87.11 
 
 		 207 aa  355  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  79.38 
 
 		 205 aa  323  9e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
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NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  78.01 
 
 		 204 aa  313  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  72.92 
 
 		 205 aa  300  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  73.71 
 
 		 205 aa  299  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  69.76 
 
 		 205 aa  298  3e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  67.8 
 
 		 205 aa  295  4e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  70.98 
 
 		 205 aa  292  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  64.88 
 
 		 205 aa  272  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  62.94 
 
 		 204 aa  266  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  63 
 
 		 204 aa  265  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  61.69 
 
 		 204 aa  264  7e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  63.41 
 
 		 204 aa  262  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 206 aa  260  8e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  66.29 
 
 		 204 aa  250  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  65.46 
 
 		 204 aa  246  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  65.56 
 
 		 204 aa  246  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
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NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  65.46 
 
 		 205 aa  236  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  54.63 
 
 		 205 aa  226  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  48.45 
 
 		 202 aa  201  9e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  43.59 
 
 		 204 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 211 aa  95.9  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 204 aa  95.1  7e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 203 aa  92  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
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NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 204 aa  88.6  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
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NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 201 aa  87  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
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NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  26.56 
 
 		 205 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  31.32 
 
 		 207 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  31.32 
 
 		 207 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 196 aa  84.7  8e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 208 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 204 aa  82  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 200 aa  81.6  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 203 aa  80.9  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 202 aa  80.1  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 202 aa  79.7  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 204 aa  78.2  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 201 aa  71.6  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  26.29 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
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NC_008825  Mpe_A3361  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 238 aa  61.6  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.752589  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  28.26 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 199 aa  59.3  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2636  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2704  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4517  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000667757  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20320  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  26.6 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1290  AcrR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 199 aa  55.5  0.0000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  28.17 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 220 aa  55.1  0.0000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5813  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 243 aa  55.1  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.393234  hitchhiker  0.00386056 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  24.39 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0452  regulatory protein TetR  29.45 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1590  TetR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 192 aa  54.3  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1211  transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 		 227 aa  54.3  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  24.53 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2236  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.226682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 224 aa  53.1  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 197 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  44.44 
 
 		 191 aa  53.9  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  23.78 
 
 		 200 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
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NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
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NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  26.57 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 194 aa  53.1  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
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NC_010552  BamMC406_5122  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 240 aa  53.1  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243003  normal  1 
 
 
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NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  40.62 
 
 		 222 aa  52.4  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 242 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
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NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 210 aa  52.4  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
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NC_008061  Bcen_3126  TetR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 248 aa  52.4  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.068587  n/a   
 
 
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NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 228 aa  52.4  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
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NC_008391  Bamb_4589  TetR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 248 aa  52.4  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.954889 
 
 
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NC_008543  Bcen2424_5241  TetR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 248 aa  52.4  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.927318 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 211 aa  52  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
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NC_010524  Lcho_2402  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 205 aa  52  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.584484 
 
 
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NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 211 aa  52  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 211 aa  52  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 211 aa  52  0.000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 209 aa  52  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
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