More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5813 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5813  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 243 aa  503  9.999999999999999e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.393234  hitchhiker  0.00386056 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2516  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 188 aa  75.1  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 256 aa  63.5  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0940  transcriptional regulator  31.87 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00130273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 233 aa  62.8  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 231 aa  62.4  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5392  transcriptional regulator, TetR family protein  32.98 
 
 		 190 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3360  transcriptional regulator, TetR family  39.36 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.372466  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2704  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2995  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.428403  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  27.95 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0987  regulatory protein TetR  31.91 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.383045  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1240  TetR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2959  transcriptional regulator, TetR family  36.25 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177797 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4628  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000955982  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 226 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  36.25 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1071  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  44.23 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0686  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.863349  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0059  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.227701 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0612  transcriptional regulator, TetR family  25.73 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0699  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.682068  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0679  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.192454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 231 aa  57  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0972  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.93446  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0855  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 196 aa  57  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.179371  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1416  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 197 aa  57  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.305494  hitchhiker  0.0000141576 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2242  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.640782  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2176  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000096918  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2423  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2406  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2468  TetR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2373  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2846  regulatory protein, TetR  24.38 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2162  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.116975  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  24.63 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2411  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  27.34 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3263  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.392887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2017  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 236 aa  55.5  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  23.27 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  24.49 
 
 		 222 aa  55.5  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2219  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.23135  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2213  putative transcription regulator transcription regulator protein  29.41 
 
 		 236 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 238 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  30.59 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 193 aa  55.1  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 244 aa  54.7  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1052  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 215 aa  55.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.857726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 182 aa  54.7  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.32 
 
 		 216 aa  55.1  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 207 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0424  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 201 aa  54.7  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.315635  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 226 aa  55.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 211 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 202 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 217 aa  54.3  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2506  transcriptional regulator, TetR family  33.75 
 
 		 205 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.733789  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 194 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42 
 
 		 213 aa  54.3  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 		 219 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.051486 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  25 
 
 		 191 aa  53.9  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  27.75 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  25.7 
 
 		 205 aa  54.3  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 223 aa  54.3  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 204 aa  54.3  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4104  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 438 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 231 aa  53.9  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  22.6 
 
 		 204 aa  53.5  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5507  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 219 aa  53.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 228 aa  53.5  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1290  AcrR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 199 aa  53.5  0.000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 204 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>