More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0500 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0500  diguanylate cyclase  100 
 
 		 458 aa  944    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 312 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 493 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.26 
 
 		 496 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 493 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  41.92 
 
 		 493 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 172 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 307 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  37.69 
 
 		 268 aa  127  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 487 aa  125  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1042  two component signal transduction response regulator  30.97 
 
 		 465 aa  124  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.472622  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 336 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  42.2 
 
 		 502 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 477 aa  123  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 525 aa  122  9e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  39.87 
 
 		 458 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 252 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1914  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 459 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.943888  hitchhiker  0.00021307 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 566 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 359 aa  121  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 308 aa  121  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 508 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 505 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 495 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 667 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  43.04 
 
 		 400 aa  120  6e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 631 aa  120  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 427 aa  120  6e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 641 aa  120  7e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 512 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.93 
 
 		 594 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 444 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 625 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 632 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  37.36 
 
 		 712 aa  118  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 337 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.21 
 
 		 669 aa  118  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 501 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 461 aa  118  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 263 aa  118  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 259 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  39.51 
 
 		 792 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.75 
 
 		 772 aa  117  3.9999999999999997e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 634 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  41.92 
 
 		 367 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 625 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 625 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.51 
 
 		 901 aa  117  5e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.09 
 
 		 572 aa  117  5e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 387 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.52 
 
 		 334 aa  117  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 308 aa  117  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 487 aa  117  6e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  32.3 
 
 		 477 aa  116  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 522 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 		 328 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 630 aa  116  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.89 
 
 		 841 aa  116  7.999999999999999e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.67 
 
 		 557 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  38.27 
 
 		 836 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 334 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 758 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 622 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.78 
 
 		 425 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 498 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 306 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.65 
 
 		 1073 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 327 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.9 
 
 		 341 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 420 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1962  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 429 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00143037  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 483 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 357 aa  115  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  42.33 
 
 		 507 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  38.51 
 
 		 443 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 574 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 610 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3448  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.41 
 
 		 608 aa  114  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838223  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 571 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1997  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 366 aa  114  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 492 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 227 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 555 aa  114  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 561 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 661 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 532 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 578 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40 
 
 		 490 aa  114  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 517 aa  114  5e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  35.8 
 
 		 641 aa  113  5e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 516 aa  114  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  39.62 
 
 		 364 aa  113  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  41.72 
 
 		 528 aa  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  37.38 
 
 		 624 aa  113  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 334 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.22 
 
 		 1000 aa  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>