More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1962 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_1962  diguanylate cyclase  100 
 
 		 429 aa  879    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00143037  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 411 aa  172  6.999999999999999e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 426 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 696 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 498 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 381 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 471 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  32.27 
 
 		 470 aa  124  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0332  DNA polymerase III delta prime subunit HolB  40.49 
 
 		 349 aa  124  4e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 614 aa  124  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 427 aa  123  5e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  36.65 
 
 		 690 aa  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 403 aa  123  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  36.69 
 
 		 671 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  35.81 
 
 		 427 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  36.53 
 
 		 668 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 495 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 		 610 aa  121  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 267 aa  121  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 1037 aa  120  3.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 642 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 569 aa  120  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 525 aa  120  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 426 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 559 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 419 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 357 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  37.06 
 
 		 565 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 631 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  37.65 
 
 		 721 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.26 
 
 		 772 aa  117  3.9999999999999997e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 414 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.24 
 
 		 550 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  44.88 
 
 		 371 aa  117  6e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  35 
 
 		 362 aa  116  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 495 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 758 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.98 
 
 		 797 aa  116  6.9999999999999995e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  35.47 
 
 		 328 aa  116  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 360 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 563 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0401  hypothetical protein  30.45 
 
 		 296 aa  116  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0500  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 458 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 516 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 493 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 347 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  30.23 
 
 		 347 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 610 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 319 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 357 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.78 
 
 		 459 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 409 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 575 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 472 aa  114  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  34.34 
 
 		 712 aa  114  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 540 aa  114  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  34.91 
 
 		 322 aa  114  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 575 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  30 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.65 
 
 		 751 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 555 aa  114  4.0000000000000004e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.92 
 
 		 686 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36 
 
 		 308 aa  114  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 530 aa  113  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 227 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  35.33 
 
 		 351 aa  113  6e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  39.39 
 
 		 358 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 294 aa  113  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  32.29 
 
 		 306 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 575 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  34.56 
 
 		 358 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 645 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 577 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  36.53 
 
 		 645 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  39.63 
 
 		 428 aa  112  9e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 482 aa  112  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  28.41 
 
 		 493 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 917 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 675 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 614 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  36.97 
 
 		 375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  37.8 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  37.42 
 
 		 596 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 681 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 794 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>