More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4084 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  100 
 
 		 308 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  69.16 
 
 		 308 aa  408  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  62.54 
 
 		 308 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  61.56 
 
 		 308 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  62.9 
 
 		 307 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  62.46 
 
 		 306 aa  361  8e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  42.28 
 
 		 325 aa  233  4.0000000000000004e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  44.37 
 
 		 306 aa  226  4e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 291 aa  162  9e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  35.52 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 680 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 696 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 681 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  48.1 
 
 		 425 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.79 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.56 
 
 		 710 aa  143  3e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.31 
 
 		 675 aa  143  3e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  42.23 
 
 		 642 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  42.23 
 
 		 653 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 381 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.49 
 
 		 772 aa  141  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  45.09 
 
 		 430 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  46.58 
 
 		 638 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.54 
 
 		 791 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 492 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 608 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  46.84 
 
 		 418 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 438 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 753 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.15 
 
 		 424 aa  139  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 485 aa  139  6e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.47 
 
 		 469 aa  139  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 460 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 355 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  40.39 
 
 		 668 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 401 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.37 
 
 		 316 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 355 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  43.46 
 
 		 466 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 524 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 354 aa  137  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 361 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 532 aa  137  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  39.91 
 
 		 355 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.41 
 
 		 797 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.92 
 
 		 586 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 237 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 645 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  45.56 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  44.97 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.79 
 
 		 730 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  43.87 
 
 		 381 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 485 aa  136  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  45.16 
 
 		 417 aa  136  5e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  44.97 
 
 		 457 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0825  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 594 aa  136  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  41.26 
 
 		 645 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 342 aa  135  9e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  44.31 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44.59 
 
 		 422 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  45.73 
 
 		 624 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 382 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.09 
 
 		 416 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 381 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  47.93 
 
 		 437 aa  134  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  48.05 
 
 		 491 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  43.29 
 
 		 466 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 172 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 427 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.61 
 
 		 792 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 227 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.9 
 
 		 563 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 517 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 385 aa  133  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 487 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 525 aa  133  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 611 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 519 aa  133  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 417 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 		 671 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 505 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 659 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  44.58 
 
 		 457 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 267 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 237 aa  132  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 650 aa  132  6e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.98 
 
 		 901 aa  132  6e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 610 aa  132  6.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 381 aa  132  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>