More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3550 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  100 
 
 		 559 aa  1132    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  50.09 
 
 		 591 aa  489  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  37.52 
 
 		 556 aa  343  5e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 583 aa  287  2.9999999999999996e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  33.57 
 
 		 574 aa  256  6e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2868  diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 555 aa  211  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2192  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 535 aa  202  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.531458  normal  0.618886 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 532 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 487 aa  167  5e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.22 
 
 		 820 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 339 aa  160  8e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.9 
 
 		 505 aa  158  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  31.57 
 
 		 569 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.38 
 
 		 301 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.77 
 
 		 772 aa  154  2.9999999999999998e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.99 
 
 		 686 aa  154  5e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  48.88 
 
 		 432 aa  152  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.37 
 
 		 730 aa  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  45.54 
 
 		 628 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 547 aa  150  8e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 591 aa  150  9e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  45.54 
 
 		 621 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1382  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.95 
 
 		 510 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  45.07 
 
 		 628 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  45.54 
 
 		 628 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  39.42 
 
 		 410 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  50 
 
 		 510 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  50 
 
 		 510 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  50 
 
 		 510 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 307 aa  146  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  44.27 
 
 		 536 aa  146  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 659 aa  145  1e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  27.46 
 
 		 574 aa  146  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  33.97 
 
 		 480 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  43.28 
 
 		 374 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  45.92 
 
 		 612 aa  145  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 432 aa  145  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  44.34 
 
 		 624 aa  144  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  44.04 
 
 		 346 aa  144  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  41.74 
 
 		 446 aa  144  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  30.14 
 
 		 545 aa  144  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  47.37 
 
 		 689 aa  144  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.65 
 
 		 367 aa  143  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  48.54 
 
 		 516 aa  143  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 343 aa  143  8e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 340 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 821 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  36.84 
 
 		 609 aa  142  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.13 
 
 		 457 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  49.41 
 
 		 532 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  46.74 
 
 		 487 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 354 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 736 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 457 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 362 aa  141  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 680 aa  141  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  36.3 
 
 		 729 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.09 
 
 		 419 aa  141  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.03 
 
 		 901 aa  140  6e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 753 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  48.1 
 
 		 735 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 353 aa  140  7e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  49.72 
 
 		 508 aa  140  7e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 340 aa  140  7e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 610 aa  140  7e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 726 aa  140  7e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 726 aa  140  7e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.81 
 
 		 769 aa  140  7e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  46.58 
 
 		 369 aa  140  7.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 464 aa  140  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 294 aa  139  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  50.28 
 
 		 474 aa  139  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  27.11 
 
 		 536 aa  139  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 347 aa  139  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 610 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  44.08 
 
 		 625 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  44.08 
 
 		 625 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 340 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 726 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4051  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.67 
 
 		 360 aa  138  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  normal  0.825864 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  44.08 
 
 		 625 aa  139  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  37.45 
 
 		 354 aa  138  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.83 
 
 		 323 aa  139  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2661  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 644 aa  139  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.646845  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 347 aa  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 483 aa  139  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  47.22 
 
 		 506 aa  139  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  49.7 
 
 		 385 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 314 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 467 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 631 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 625 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 343 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  44.61 
 
 		 630 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 313 aa  137  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  44.86 
 
 		 1637 aa  137  5e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  43 
 
 		 565 aa  137  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 346 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.56 
 
 		 325 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.43 
 
 		 698 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>