More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0513 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 193 aa  384  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  58.12 
 
 		 210 aa  222  3e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 195 aa  182  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  49.41 
 
 		 196 aa  160  9e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  44.79 
 
 		 195 aa  157  6e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 194 aa  149  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  44.97 
 
 		 195 aa  130  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  26.7 
 
 		 197 aa  103  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 243 aa  78.6  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  32.52 
 
 		 243 aa  78.6  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 243 aa  78.6  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
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NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 205 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 191 aa  72  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
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NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  27.61 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
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NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  27.61 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 196 aa  68.9  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
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NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 201 aa  67.8  0.00000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 242 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
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NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
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NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 203 aa  67  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  26.28 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 242 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 202 aa  65.1  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  26.99 
 
 		 208 aa  65.1  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
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NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 208 aa  61.2  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
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NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  27.04 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0578  TetR family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1416  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.305494  hitchhiker  0.0000141576 
 
 
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NC_008527  LACR_0144  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
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NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
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NC_013743  Htur_1935  transcriptional regulator, TetR family  30.38 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
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NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_6365  putative transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
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NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
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NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
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NC_013739  Cwoe_5414  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 192 aa  54.3  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0653448  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  27.84 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 204 aa  53.5  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008528  OEOE_0045  transcriptional regulator  25.62 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0375278  n/a   
 
 
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NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
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NC_013947  Snas_0570  transcriptional regulator, TetR family  34.71 
 
 		 188 aa  53.5  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  27.97 
 
 		 204 aa  53.5  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 204 aa  52.8  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  26.99 
 
 		 222 aa  52.4  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  23.68 
 
 		 205 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1156  transcriptional regulator, TetR family  28.67 
 
 		 227 aa  51.6  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3905  transcriptional regulator, TetR family  40.79 
 
 		 194 aa  51.6  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 206 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  27.46 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5605  transcriptional regulator, TetR family  37.08 
 
 		 184 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0612  transcriptional regulator, TetR family  27.74 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  22.73 
 
 		 310 aa  49.7  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 196 aa  49.7  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 220 aa  48.9  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 238 aa  48.9  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 217 aa  48.9  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
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NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  28.92 
 
 		 205 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
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NC_014210  Ndas_2105  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 202 aa  48.5  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.143952  normal  1 
 
 
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NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 212 aa  48.5  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 216 aa  48.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
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NC_008699  Noca_2846  regulatory protein, TetR  23.84 
 
 		 227 aa  48.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 212 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
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NC_013501  Rmar_2200  transcriptional regulator, TetR family  32.19 
 
 		 203 aa  48.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B5392  transcriptional regulator, TetR family protein  33.33 
 
 		 190 aa  48.1  0.00009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013061  Phep_3704  regulatory protein TetR  21.31 
 
 		 202 aa  47.8  0.00009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.974133 
 
 
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NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 201 aa  48.1  0.00009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
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NC_009901  Spea_0359  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 203 aa  47.8  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009784  VIBHAR_07011  transcriptional regulator  23.57 
 
 		 189 aa  47.4  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  28.57 
 
 		 191 aa  47.4  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009338  Mflv_2460  TetR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.315446  normal  0.37249 
 
 
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NC_013595  Sros_6827  putative transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0995041 
 
 
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NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 211 aa  46.6  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007434  BURPS1710b_2056  TetR family regulatory protein  43.1 
 
 		 223 aa  47  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.273802  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.74 
 
 		 211 aa  46.6  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_0842  regulator AmrR  43.1 
 
 		 223 aa  47  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.063166  n/a   
 
 
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