More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_02560 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  35.78 
 
 		 1103 aa  697    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  42.48 
 
 		 1176 aa  645    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  35.78 
 
 		 1160 aa  641    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  36.33 
 
 		 1176 aa  709    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  37.86 
 
 		 1141 aa  656    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  47.28 
 
 		 1122 aa  1077    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  35.38 
 
 		 1155 aa  658    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  35.45 
 
 		 1169 aa  670    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  42.48 
 
 		 1176 aa  645    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  38.22 
 
 		 1170 aa  776    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  35.38 
 
 		 1158 aa  655    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  35.06 
 
 		 1112 aa  648    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  42.48 
 
 		 1176 aa  646    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  42.48 
 
 		 1178 aa  646    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  42.48 
 
 		 1176 aa  646    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  34.53 
 
 		 1154 aa  653    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  37.23 
 
 		 1179 aa  695    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1696  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1107 aa  711    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000188307 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  35.24 
 
 		 1147 aa  644    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  37.12 
 
 		 1157 aa  688    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  48.62 
 
 		 1178 aa  637    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  39.22 
 
 		 1165 aa  719    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  33.48 
 
 		 1158 aa  645    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  44.82 
 
 		 1197 aa  656    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  36.25 
 
 		 1161 aa  673    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  70.26 
 
 		 1121 aa  1647    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0630  transcription-repair coupling factor  38.7 
 
 		 1109 aa  719    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  34.27 
 
 		 1192 aa  637    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  38.82 
 
 		 1099 aa  752    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5514  transcription-repair coupling factor  53.22 
 
 		 1126 aa  1194    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  38.94 
 
 		 1158 aa  707    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1176 aa  734    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  34.44 
 
 		 1174 aa  655    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  42.48 
 
 		 1176 aa  646    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  33.75 
 
 		 1153 aa  641    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  35.9 
 
 		 1165 aa  674    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  35.52 
 
 		 1155 aa  664    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1183 aa  741    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  54.51 
 
 		 1115 aa  1225    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  34.81 
 
 		 1197 aa  683    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  49.96 
 
 		 1126 aa  1135    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.82 
 
 		 1153 aa  643    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  37.79 
 
 		 1103 aa  714    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  42.48 
 
 		 1176 aa  646    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  36.14 
 
 		 1182 aa  644    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  35.63 
 
 		 1157 aa  684    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1126 aa  2308    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0022  transcription-repair coupling factor  55.84 
 
 		 1113 aa  1226    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  46.35 
 
 		 1112 aa  999    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  38.43 
 
 		 1059 aa  688    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  51 
 
 		 1122 aa  1142    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  38.22 
 
 		 1162 aa  703    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  37.86 
 
 		 1162 aa  706    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  35.15 
 
 		 1180 aa  649    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  39.52 
 
 		 1116 aa  760    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  35.29 
 
 		 1158 aa  654    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  34.57 
 
 		 1166 aa  636    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  37.03 
 
 		 1157 aa  689    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  35.34 
 
 		 1073 aa  650    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1123 aa  675    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003994  transcription-repair coupling factor  36.19 
 
 		 1153 aa  655    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  37.24 
 
 		 1176 aa  719    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  36.22 
 
 		 1162 aa  676    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  38.83 
 
 		 1120 aa  726    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  35.6 
 
 		 1165 aa  671    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1176 aa  724    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  35.55 
 
 		 1168 aa  640    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  35.59 
 
 		 1153 aa  647    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1195  transcription-repair coupling factor  36.53 
 
 		 1157 aa  651    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.865219  normal  0.466133 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  34.33 
 
 		 1189 aa  653    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  36.19 
 
 		 1150 aa  684    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  46.3 
 
 		 1123 aa  1034    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  35.8 
 
 		 1177 aa  663    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  40.36 
 
 		 1127 aa  744    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  34.67 
 
 		 1168 aa  651    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  66.91 
 
 		 1109 aa  1551    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  43.34 
 
 		 1177 aa  638    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  35.62 
 
 		 1173 aa  657    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  34.36 
 
 		 1188 aa  635  1e-180  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  34.62 
 
 		 1166 aa  635  1e-180  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  35.5 
 
 		 1157 aa  630  1e-179  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  33.76 
 
 		 1153 aa  629  1e-179  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  34.82 
 
 		 1157 aa  632  1e-179  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0064  transcription-repair coupling factor  35.18 
 
 		 1201 aa  629  1e-178  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.862894  normal  0.0454923 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  46.38 
 
 		 1159 aa  629  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  34.82 
 
 		 1179 aa  628  1e-178  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  41.7 
 
 		 1157 aa  627  1e-178  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  43.53 
 
 		 1196 aa  627  1e-178  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  34.47 
 
 		 1193 aa  627  1e-178  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1706  transcription-repair coupling factor  35.05 
 
 		 1148 aa  623  1e-177  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43136  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  35.14 
 
 		 1148 aa  623  1e-177  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  42.64 
 
 		 1183 aa  623  1e-177  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  35.64 
 
 		 1176 aa  625  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  35.14 
 
 		 1148 aa  624  1e-177  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  36.01 
 
 		 1155 aa  624  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  42.99 
 
 		 1157 aa  624  1e-177  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  43.21 
 
 		 1182 aa  621  1e-176  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  39.95 
 
 		 1169 aa  620  1e-176  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04745  transcription-repair coupling factor  33.78 
 
 		 1154 aa  619  1e-176  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.982613  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  41.4 
 
 		 1265 aa  620  1e-176  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>