More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0493 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0493  membrane associated GGDEF protein  100 
 
 		 260 aa  517  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1189  diguanylate cyclase  40.14 
 
 		 510 aa  94  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.906384  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.81 
 
 		 437 aa  91.3  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.82 
 
 		 314 aa  89.4  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.22 
 
 		 771 aa  88.2  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0069  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 534 aa  88.2  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.222303  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1344  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 465 aa  86.7  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.549291  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 392 aa  84.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1694  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.49 
 
 		 579 aa  84  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  36 
 
 		 803 aa  80.5  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2110  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.16 
 
 		 814 aa  80.9  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.406671  normal  0.904687 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1840  metal dependent phosphohydrolase  36.99 
 
 		 540 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  36.3 
 
 		 420 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2450  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.95 
 
 		 617 aa  79.7  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  28.49 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 423 aa  79.3  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 401 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1690  diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 331 aa  77.8  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3445  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 556 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.358514 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2173  hypothetical protein, GGDEF domain  30.95 
 
 		 377 aa  77.4  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.56 
 
 		 593 aa  77.8  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.49 
 
 		 465 aa  77.4  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0996  sensory box protein  35.1 
 
 		 599 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.133788  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  35.62 
 
 		 619 aa  77.8  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3853  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 482 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0518051 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00408  sensory transduction protein kinase  32.45 
 
 		 264 aa  77  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.86 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2264  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.62 
 
 		 719 aa  77  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000689674  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.68 
 
 		 743 aa  76.3  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  34.64 
 
 		 323 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 527 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  36.36 
 
 		 443 aa  76.3  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2114  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.03 
 
 		 569 aa  75.9  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.955657 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01755  predicted diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 496 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1856  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 496 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.26898  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2010  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 496 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446069  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1405  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 496 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.856707  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01743  hypothetical protein  35.2 
 
 		 496 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1872  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 496 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.320559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1846  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 496 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0897436 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0796  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 361 aa  75.9  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.121691  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1545  hypothetical protein  33.51 
 
 		 776 aa  75.5  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.150564 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2934  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.67 
 
 		 683 aa  75.1  0.0000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1222  GGDEF domain-containing protein  32.12 
 
 		 410 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1164  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  34 
 
 		 599 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0260621  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0452  putative GGDEF protein  31.36 
 
 		 528 aa  74.3  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  30.51 
 
 		 285 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2408  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.24 
 
 		 623 aa  73.6  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  26.52 
 
 		 400 aa  73.6  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0664  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416303 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1523  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.71 
 
 		 472 aa  73.6  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 577 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  29.38 
 
 		 565 aa  73.2  0.000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  37.41 
 
 		 419 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1332  GGDEF domain-containing protein  32.62 
 
 		 412 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.228796 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2370  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 336 aa  73.2  0.000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  29.21 
 
 		 634 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1078  diguanylate cyclase  33.57 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4493  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 404 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.605021  normal  0.0319626 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.52 
 
 		 537 aa  73.2  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0853  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 491 aa  73.2  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.48 
 
 		 356 aa  72.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 607 aa  72.4  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1898  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 300 aa  72.4  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.693267 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2510  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  34.64 
 
 		 496 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.291593  normal  0.751069 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0142  metal dependent phosphohydrolase  25.28 
 
 		 545 aa  72.4  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000694732  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.52 
 
 		 474 aa  72.4  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0783  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.54 
 
 		 483 aa  72  0.000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00290712 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 384 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  26.55 
 
 		 409 aa  72.4  0.000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1396  diguanylate cyclase  27.23 
 
 		 356 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.75781 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  30.57 
 
 		 533 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  32.45 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3556  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  32.17 
 
 		 420 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.88 
 
 		 1072 aa  71.6  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  31.21 
 
 		 703 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2535  GGDEF  31.61 
 
 		 350 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.388449  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1017  GGDEF family protein  30.52 
 
 		 1051 aa  71.6  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0627  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 1052 aa  71.6  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.256226  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 490 aa  71.6  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06931  hypothetical protein  31.09 
 
 		 363 aa  72  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.78 
 
 		 710 aa  72  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2092  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.52 
 
 		 545 aa  71.6  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403433  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2587  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.54 
 
 		 797 aa  71.6  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  29.49 
 
 		 736 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2261  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 430 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00439148  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.74 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.85 
 
 		 685 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  30.54 
 
 		 685 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3157  diguanylate cyclase with GAF sensor  34 
 
 		 420 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00178016  normal  0.867021 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.43 
 
 		 667 aa  71.6  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  26.91 
 
 		 405 aa  71.6  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.26 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>