More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0853 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0853  diguanylate cyclase  100 
 
 		 491 aa  965    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0069  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 534 aa  310  4e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.222303  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1344  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 465 aa  272  1e-71  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.549291  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1189  diguanylate cyclase  27.1 
 
 		 510 aa  139  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.906384  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0621  diguanylate cyclase  29.52 
 
 		 439 aa  106  9e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0740  diguanylate cyclase  34 
 
 		 706 aa  106  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0441478  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 385 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  38.56 
 
 		 611 aa  100  8e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 443 aa  98.6  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 385 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 285 aa  96.7  9e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5454  RNase II stability modulator  32.31 
 
 		 689 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  29.03 
 
 		 409 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  36.05 
 
 		 351 aa  95.9  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1152  RNase II stability modulator  32.31 
 
 		 667 aa  94.7  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.584939 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1586  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 491 aa  94.7  4e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 369 aa  94.7  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1736  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.71 
 
 		 663 aa  93.2  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1035  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 313 aa  92.8  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 354 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 431 aa  92  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.18 
 
 		 557 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.250965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 285 aa  92.4  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.3 
 
 		 820 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.01 
 
 		 860 aa  91.7  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1602  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.36 
 
 		 418 aa  91.3  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.01 
 
 		 880 aa  91.7  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 376 aa  91.7  3e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 304 aa  91.3  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 432 aa  91.3  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 308 aa  91.3  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 308 aa  91.3  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 615 aa  90.9  4e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 308 aa  91.3  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  26.7 
 
 		 476 aa  90.9  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0530  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 558 aa  91.3  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000155935  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 490 aa  90.9  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  26.09 
 
 		 387 aa  90.5  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.56 
 
 		 818 aa  90.5  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 368 aa  90.5  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 354 aa  90.5  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 492 aa  90.1  7e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 361 aa  90.1  8e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 409 aa  90.1  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 426 aa  90.1  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 536 aa  89.4  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  30.58 
 
 		 578 aa  89.4  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0332  DNA polymerase III delta prime subunit HolB  36.18 
 
 		 349 aa  89.7  1e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1716  diguanylate cyclase  32.1 
 
 		 515 aa  89.7  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.013816  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 427 aa  89.7  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 414 aa  89.7  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33 
 
 		 912 aa  89.7  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  32.56 
 
 		 973 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 388 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.43 
 
 		 818 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 506 aa  89  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0392  putative signaling protein  34.29 
 
 		 558 aa  89  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 372 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 227 aa  89  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 491 aa  88.2  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  27.09 
 
 		 340 aa  88.2  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 456 aa  88.2  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.56 
 
 		 818 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  28.42 
 
 		 433 aa  87.8  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  34.97 
 
 		 458 aa  87.8  4e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  28.42 
 
 		 419 aa  87.8  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1834  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.48 
 
 		 571 aa  87.8  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000228382  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1445  putative diguanylate cyclase  26.64 
 
 		 381 aa  87.4  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0717377  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0440  hypothetical protein  37.42 
 
 		 356 aa  87.4  5e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 516 aa  87.4  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  30.27 
 
 		 346 aa  87.4  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.47 
 
 		 757 aa  87.4  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  28.3 
 
 		 457 aa  87  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2092  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.55 
 
 		 545 aa  87  7e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403433  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  37.5 
 
 		 564 aa  87  7e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.36 
 
 		 954 aa  87  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.837397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  30.49 
 
 		 457 aa  86.7  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  27.89 
 
 		 388 aa  86.7  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 532 aa  86.7  9e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  26.7 
 
 		 379 aa  86.7  9e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 371 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  29.09 
 
 		 345 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 532 aa  85.9  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  29.09 
 
 		 345 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0416  hypothetical protein  35.93 
 
 		 356 aa  85.9  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1776  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.6 
 
 		 547 aa  86.7  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  36.48 
 
 		 458 aa  86.3  0.000000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 577 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.82 
 
 		 908 aa  86.3  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 323 aa  86.7  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1685  diguanylate cyclase  28.64 
 
 		 385 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  37.5 
 
 		 563 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 350 aa  86.3  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 249 aa  86.3  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0626  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.82 
 
 		 856 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3234  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 738 aa  85.5  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3237  diguanylate cyclase  27.52 
 
 		 286 aa  85.5  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>