More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1189 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_1189  diguanylate cyclase  100 
 
 		 510 aa  1020    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.906384  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0621  diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 439 aa  188  2e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0853  diguanylate cyclase  27.1 
 
 		 491 aa  134  3e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0069  diguanylate cyclase  26.85 
 
 		 534 aa  130  4.0000000000000003e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.222303  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1344  diguanylate cyclase  27.12 
 
 		 465 aa  114  5e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.549291  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04010  diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 556 aa  103  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000479519  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0493  membrane associated GGDEF protein  40.14 
 
 		 260 aa  94  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  38.56 
 
 		 296 aa  91.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  37.91 
 
 		 296 aa  90.1  8e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 296 aa  90.1  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1690  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 331 aa  89.4  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 296 aa  89.4  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 490 aa  88.2  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  31.4 
 
 		 1477 aa  87  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1846  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 270 aa  86.7  9e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.726125  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0415  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 392 aa  85.9  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 259 aa  85.9  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  23.72 
 
 		 361 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  29.65 
 
 		 622 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 569 aa  85.5  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 292 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 599 aa  85.5  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 578 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1669  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 499 aa  84.7  0.000000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 402 aa  84.7  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  35 
 
 		 381 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1813  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 542 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1073  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 278 aa  84  0.000000000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 381 aa  83.6  0.000000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 345 aa  83.6  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  28.32 
 
 		 358 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 542 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00408  sensory transduction protein kinase  37.82 
 
 		 264 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0207  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 346 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  29.95 
 
 		 391 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  29.95 
 
 		 391 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  26.64 
 
 		 392 aa  82.8  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2182  diguanylate cyclase  26.88 
 
 		 345 aa  82.8  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.998339  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0693  diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 389 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 296 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 296 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 296 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 296 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 631 aa  82  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  31.98 
 
 		 628 aa  82  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2513  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0098  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.95 
 
 		 642 aa  81.6  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  26.42 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.31 
 
 		 441 aa  81.6  0.00000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 357 aa  81.6  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  28.07 
 
 		 480 aa  81.6  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2355  hypothetical protein  30.53 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 427 aa  81.3  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1514  diguanylate cyclase  30.26 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3390  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.82 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.861092 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  32.09 
 
 		 878 aa  80.9  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 443 aa  80.9  0.00000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  24.82 
 
 		 357 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1997  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 366 aa  80.5  0.00000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 464 aa  80.5  0.00000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  27.88 
 
 		 358 aa  80.5  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  30.24 
 
 		 398 aa  80.1  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0224  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2227  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 662 aa  80.1  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.115705 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.94 
 
 		 416 aa  80.1  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  30.23 
 
 		 624 aa  80.1  0.00000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.52 
 
 		 416 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.69 
 
 		 783 aa  79.7  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  30.66 
 
 		 1037 aa  79.7  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 381 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  26.04 
 
 		 359 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.14 
 
 		 314 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2328  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 347 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 382 aa  79.7  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.95 
 
 		 710 aa  79.7  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  29.24 
 
 		 629 aa  80.1  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3301  hypothetical protein  34.59 
 
 		 751 aa  79.3  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.793369  normal  0.543821 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  30.81 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0942  hypothetical protein  32.14 
 
 		 377 aa  79.3  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0912  hypothetical protein  32 
 
 		 377 aa  79  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  30 
 
 		 368 aa  79.3  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 476 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.41 
 
 		 692 aa  78.6  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.352586 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2151  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 275 aa  79  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0517711 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  29.74 
 
 		 381 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1445  putative diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 381 aa  79  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0717377  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 388 aa  79.3  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  32.91 
 
 		 482 aa  79  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 388 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  30 
 
 		 268 aa  78.6  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.51 
 
 		 557 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003400  GGDEF family protein  32.72 
 
 		 657 aa  78.6  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00535181  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 340 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  32.22 
 
 		 610 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1195  GGDEF family protein  32.03 
 
 		 429 aa  78.2  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.42 
 
 		 772 aa  78.6  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 1032 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 464 aa  78.2  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>