More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2173 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2173  hypothetical protein, GGDEF domain  100 
 
 		 377 aa  780    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0018  diguanylate cyclase  41.87 
 
 		 387 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000219286 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0014  diguanylate cyclase  41.87 
 
 		 387 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0018  diguanylate cyclase  41.87 
 
 		 387 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0128135 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0014  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 397 aa  261  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0629316 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0014  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 397 aa  260  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000317011 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0022  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 403 aa  257  3e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.585928  hitchhiker  0.0000000315771 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2188  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 400 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 578 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 572 aa  117  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  38.04 
 
 		 498 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 490 aa  115  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.41 
 
 		 864 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 681 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 253 aa  114  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  40.21 
 
 		 427 aa  113  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 312 aa  113  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 306 aa  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 487 aa  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 335 aa  113  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.91 
 
 		 308 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 559 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.62 
 
 		 482 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  33.47 
 
 		 641 aa  113  7.000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 504 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 314 aa  112  9e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  36.67 
 
 		 273 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  39.66 
 
 		 470 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.66 
 
 		 872 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 251 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  38.92 
 
 		 563 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.97 
 
 		 356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  38.92 
 
 		 564 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1053  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 519 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258962 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  36.11 
 
 		 565 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 591 aa  111  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 300 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  41.24 
 
 		 506 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.88 
 
 		 710 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 591 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6208  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 467 aa  110  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 492 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.3 
 
 		 769 aa  110  5e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 492 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 260 aa  110  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.22 
 
 		 664 aa  110  6e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1382  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 510 aa  110  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.85 
 
 		 550 aa  110  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  37.11 
 
 		 1034 aa  109  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 369 aa  109  7.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.11 
 
 		 704 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  40.11 
 
 		 506 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  40.68 
 
 		 499 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 499 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  40.11 
 
 		 484 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  40.68 
 
 		 489 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1404  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 390 aa  109  8.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  41.06 
 
 		 689 aa  109  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  40.68 
 
 		 499 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0563  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.95 
 
 		 846 aa  109  9.000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  40.68 
 
 		 489 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 318 aa  109  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 492 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.75 
 
 		 568 aa  109  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  39.39 
 
 		 712 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 267 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 492 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 715 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  36.36 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 492 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 492 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.34 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 353 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 680 aa  108  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  38.18 
 
 		 517 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.37 
 
 		 736 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  38.04 
 
 		 234 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 561 aa  108  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 701 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 294 aa  108  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.95 
 
 		 695 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 345 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  27.78 
 
 		 424 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 821 aa  107  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 517 aa  107  4e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>