More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2114 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_2114  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 569 aa  1170    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.955657 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.32 
 
 		 624 aa  199  9e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.47 
 
 		 603 aa  196  1e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.69 
 
 		 599 aa  195  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.47 
 
 		 1309 aa  188  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 		 1001 aa  163  8.000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  33.24 
 
 		 512 aa  151  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  36.24 
 
 		 934 aa  150  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 		 897 aa  146  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  34.58 
 
 		 497 aa  146  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  46.01 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.66 
 
 		 319 aa  144  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  41.76 
 
 		 238 aa  143  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  37.42 
 
 		 930 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  35.21 
 
 		 1041 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  41.76 
 
 		 249 aa  143  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  46.5 
 
 		 321 aa  143  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  35.5 
 
 		 1016 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  43.72 
 
 		 542 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  37.09 
 
 		 930 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.02 
 
 		 326 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0219  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.78 
 
 		 489 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  40 
 
 		 249 aa  137  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3803  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 489 aa  136  8e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0126112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.98 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 		 1002 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  39.41 
 
 		 249 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.02 
 
 		 321 aa  135  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5316  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.46 
 
 		 1069 aa  134  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.72275  normal  0.481403 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1566  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.11 
 
 		 483 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  42.21 
 
 		 276 aa  134  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  42.21 
 
 		 267 aa  134  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  31.99 
 
 		 1125 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.95 
 
 		 345 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  32.25 
 
 		 874 aa  133  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.68 
 
 		 837 aa  131  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.14 
 
 		 348 aa  131  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.14 
 
 		 348 aa  131  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.06 
 
 		 681 aa  131  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 		 635 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.31 
 
 		 1550 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.68 
 
 		 1125 aa  130  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  43.1 
 
 		 251 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  42.33 
 
 		 442 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  45.68 
 
 		 1317 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  25 
 
 		 659 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  44 
 
 		 345 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 		 677 aa  128  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2107  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  25.71 
 
 		 617 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00105125  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  34.01 
 
 		 500 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  44 
 
 		 345 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 1428 aa  127  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.37 
 
 		 878 aa  127  6e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.59 
 
 		 640 aa  127  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  45.86 
 
 		 327 aa  127  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  45.16 
 
 		 245 aa  126  8.000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  43.12 
 
 		 422 aa  126  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 864 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.87 
 
 		 1965 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3654  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.14 
 
 		 652 aa  125  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  39.49 
 
 		 438 aa  125  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  45.58 
 
 		 669 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.31 
 
 		 791 aa  124  5e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 500 aa  124  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.5 
 
 		 717 aa  124  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.23 
 
 		 506 aa  124  6e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 321 aa  124  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  40.8 
 
 		 341 aa  123  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.35 
 
 		 1224 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  43.71 
 
 		 316 aa  123  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.25 
 
 		 367 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  35.03 
 
 		 794 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5573  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.31 
 
 		 1203 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.805596  normal  0.315829 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.49 
 
 		 728 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.63 
 
 		 327 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  45.21 
 
 		 323 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  44.9 
 
 		 323 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  42.21 
 
 		 253 aa  121  3e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  41.42 
 
 		 240 aa  121  3e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  42.21 
 
 		 253 aa  122  3e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3828  putative GAF sensor protein  41.94 
 
 		 226 aa  121  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.673739 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.21 
 
 		 323 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  25.98 
 
 		 1179 aa  121  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  47.29 
 
 		 732 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 		 465 aa  120  6e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.45 
 
 		 737 aa  119  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 		 514 aa  119  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  36.7 
 
 		 607 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.17 
 
 		 625 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2664  cyclic diguanylate phosphodiesterase/diguanylate cyclase  40 
 
 		 600 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  39.09 
 
 		 743 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  39.57 
 
 		 929 aa  118  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4928  sensory box protein  24.23 
 
 		 868 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.56 
 
 		 743 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2343  putative GAF sensor protein  42 
 
 		 165 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  39.04 
 
 		 694 aa  117  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.71 
 
 		 946 aa  117  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  41.29 
 
 		 401 aa  117  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4954  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.79 
 
 		 1016 aa  117  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0561599 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 		 662 aa  116  8.999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>