More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0069 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_0069  diguanylate cyclase  100 
 
 		 534 aa  1070    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.222303  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0853  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 491 aa  296  5e-79  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1344  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 465 aa  286  9e-76  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.549291  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1189  diguanylate cyclase  26.85 
 
 		 510 aa  130  5.0000000000000004e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.906384  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04010  diguanylate cyclase  25.16 
 
 		 556 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000479519  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0621  diguanylate cyclase  24.31 
 
 		 439 aa  102  2e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0911  sensory box histidine kinase  32.29 
 
 		 581 aa  95.1  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 388 aa  94  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 605 aa  94  7e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 443 aa  94  7e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1675  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.83 
 
 		 528 aa  92.8  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  30.38 
 
 		 388 aa  92.8  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000284  putative two-component response regulator and GGDEF family protein YeaJ  33.7 
 
 		 453 aa  92.8  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46829  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.3 
 
 		 818 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 385 aa  91.3  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  32.92 
 
 		 818 aa  91.3  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 385 aa  90.9  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 379 aa  90.9  5e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 580 aa  90.5  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  32.92 
 
 		 823 aa  90.5  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3837  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 452 aa  90.5  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0314898  normal  0.0363493 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1073  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 278 aa  90.1  8e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0416  hypothetical protein  33.93 
 
 		 356 aa  89.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.5 
 
 		 958 aa  89.4  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0493  membrane associated GGDEF protein  38.73 
 
 		 260 aa  88.6  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0332  DNA polymerase III delta prime subunit HolB  33.56 
 
 		 349 aa  88.6  2e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  31.92 
 
 		 560 aa  89  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 557 aa  89  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 452 aa  89.4  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0541  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 285 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.750858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 532 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 317 aa  87.8  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 376 aa  87.8  4e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 317 aa  87.8  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 473 aa  87.8  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 611 aa  87.8  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1061  membrane associated GGDEF protein  38.51 
 
 		 413 aa  87.8  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.648754  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  33.73 
 
 		 288 aa  87.8  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.36 
 
 		 640 aa  86.7  9e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.22 
 
 		 732 aa  86.7  9e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.24 
 
 		 643 aa  86.3  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 555 aa  86.3  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1602  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.21 
 
 		 418 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.24 
 
 		 643 aa  86.3  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 625 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 625 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 469 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.11 
 
 		 449 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.19 
 
 		 554 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1365  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 276 aa  85.5  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.134313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 381 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 625 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  27.75 
 
 		 392 aa  85.5  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0985  GGDEF family protein  29.52 
 
 		 392 aa  85.9  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0440  hypothetical protein  33.33 
 
 		 356 aa  85.1  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  33.73 
 
 		 811 aa  85.1  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2866  diguanylate cyclase  25.94 
 
 		 401 aa  85.1  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.692442 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 357 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 532 aa  85.1  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 466 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  35.37 
 
 		 466 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2788  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.81 
 
 		 572 aa  84.7  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  35.37 
 
 		 466 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  35.37 
 
 		 454 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 466 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.59 
 
 		 616 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 361 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  35.37 
 
 		 466 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  35.37 
 
 		 454 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0740  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 706 aa  84.3  0.000000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0441478  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  32.1 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 351 aa  84.3  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0498  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 410 aa  84.3  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.195529  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 387 aa  84.3  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1985  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.04 
 
 		 639 aa  84  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267533  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 555 aa  84  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 469 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  28.19 
 
 		 362 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  29.81 
 
 		 973 aa  83.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 506 aa  83.6  0.000000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2758  GGDEF family protein  39.82 
 
 		 467 aa  83.6  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.09 
 
 		 968 aa  83.6  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.62 
 
 		 469 aa  83.6  0.000000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1509  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 835 aa  83.6  0.000000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0192657  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  30.86 
 
 		 668 aa  83.6  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 371 aa  83.6  0.000000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 370 aa  83.6  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  29.28 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 357 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  39.83 
 
 		 626 aa  82.8  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  34.16 
 
 		 358 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.39 
 
 		 638 aa  82.8  0.00000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.07 
 
 		 715 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  30.73 
 
 		 476 aa  82.8  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 377 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>