More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1602 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_1602  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
418 aa  866    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3861  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.52 
 
 
499 aa  121  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.94141 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0530  diguanylate cyclase  39.35 
 
 
558 aa  105  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000155935  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  38.41 
 
 
450 aa  105  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3263  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.33 
 
 
368 aa  104  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.33 
 
 
368 aa  104  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.76 
 
 
979 aa  102  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.55 
 
 
431 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  33.91 
 
 
422 aa  102  2e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1137  diguanylate cyclase  27.48 
 
 
721 aa  100  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0306516  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.97 
 
 
958 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  33.99 
 
 
450 aa  100  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  35.71 
 
 
323 aa  100  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3369  diguanylate cyclase  32.9 
 
 
459 aa  100  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2447  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.55 
 
 
409 aa  100  6e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.81 
 
 
557 aa  100  6e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.24 
 
 
1238 aa  100  7e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  35.54 
 
 
320 aa  99.8  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.84 
 
 
319 aa  99  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1509  diguanylate cyclase  33.77 
 
 
835 aa  99  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0192657  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.85 
 
 
769 aa  99.4  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  38.18 
 
 
324 aa  99  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  34.07 
 
 
431 aa  99  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  34.42 
 
 
323 aa  98.6  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1003  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.48 
 
 
538 aa  98.2  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2555  diguanylate cyclase  34.16 
 
 
345 aa  98.6  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  39.76 
 
 
323 aa  97.8  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.63 
 
 
715 aa  98.2  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  34.42 
 
 
323 aa  97.4  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.42 
 
 
323 aa  97.4  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.25 
 
 
635 aa  97.4  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.76 
 
 
789 aa  97.1  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.58 
 
 
722 aa  97.1  5e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  37.09 
 
 
498 aa  97.1  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.87 
 
 
928 aa  96.7  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.24 
 
 
715 aa  96.3  8e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.62 
 
 
575 aa  96.7  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.76071  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  27.74 
 
 
526 aa  96.3  8e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1404  diguanylate cyclase  31.46 
 
 
390 aa  96.3  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  37.35 
 
 
353 aa  95.9  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02671  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  30 
 
 
531 aa  95.9  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  34.44 
 
 
461 aa  95.5  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  28.67 
 
 
465 aa  95.5  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1365  diguanylate cyclase  33.94 
 
 
276 aa  95.9  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.134313  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.37 
 
 
732 aa  95.9  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0169  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  25.43 
 
 
681 aa  95.1  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  32.35 
 
 
702 aa  95.5  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1226  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.28 
 
 
807 aa  95.5  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0558955 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  34.34 
 
 
370 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  33.13 
 
 
388 aa  95.1  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.72 
 
 
755 aa  95.1  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  34.42 
 
 
323 aa  95.5  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  34.34 
 
 
370 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.68 
 
 
880 aa  95.1  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3057  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  30.54 
 
 
841 aa  95.1  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  34.34 
 
 
370 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  33.13 
 
 
388 aa  95.1  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.78 
 
 
861 aa  95.1  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.1 
 
 
836 aa  95.1  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  34.34 
 
 
370 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.23 
 
 
810 aa  94.7  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  34.34 
 
 
370 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.54 
 
 
874 aa  94.7  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.68 
 
 
860 aa  95.1  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0281  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.83 
 
 
836 aa  94.4  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0813035  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 
643 aa  94.7  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  35.23 
 
 
490 aa  94.7  3e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 
643 aa  94.7  3e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1618  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.52 
 
 
315 aa  94.4  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.465864  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.97 
 
 
327 aa  94.7  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.01 
 
 
638 aa  94  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  36.31 
 
 
937 aa  94.4  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.85 
 
 
686 aa  94.4  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  31.13 
 
 
568 aa  94.4  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  25.9 
 
 
811 aa  94  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01100  sensory box/GGDEF family protein  28.79 
 
 
798 aa  94  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.09 
 
 
419 aa  93.6  6e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  32.89 
 
 
353 aa  93.6  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.85 
 
 
819 aa  93.6  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0216119  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  33.97 
 
 
583 aa  93.6  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1539  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.44 
 
 
681 aa  93.2  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0594257 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  27.78 
 
 
318 aa  93.2  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0294  diguanylate cyclase  29.65 
 
 
504 aa  93.6  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166805  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2363  diguanylate cyclase  32.93 
 
 
214 aa  93.2  7e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.630601  normal  0.137832 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
471 aa  93.2  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  33.53 
 
 
459 aa  93.2  8e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.24 
 
 
503 aa  93.2  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  33.75 
 
 
371 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0267  diguanylate cyclase  37.04 
 
 
1320 aa  92.8  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  33.75 
 
 
371 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  36.13 
 
 
448 aa  92.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1834  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.22 
 
 
571 aa  92.8  1e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000228382  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  36.13 
 
 
448 aa  92.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0327  diguanylate cyclase  34.48 
 
 
295 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  33.75 
 
 
371 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  43.8 
 
 
568 aa  92.8  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  34.48 
 
 
608 aa  92.4  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0627  diguanylate cyclase  37.34 
 
 
1052 aa  92.4  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.256226  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  33.75 
 
 
371 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  33.76 
 
 
513 aa  92.4  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>