More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1073 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_1073  diguanylate cyclase  100 
 
 		 278 aa  559  1e-158  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1846  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.726125  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1834  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.13 
 
 		 571 aa  100  3e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000228382  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 675 aa  99.8  5e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 490 aa  99  8e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1586  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 491 aa  98.6  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.39 
 
 		 643 aa  95.5  9e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.39 
 
 		 643 aa  95.5  9e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 388 aa  94.4  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  31.79 
 
 		 375 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 388 aa  94.4  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  33.11 
 
 		 375 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1404  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 390 aa  93.2  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.34 
 
 		 323 aa  92  8e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1602  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.85 
 
 		 418 aa  91.7  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 778 aa  90.9  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0069  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 534 aa  90.1  3e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.222303  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 605 aa  89.7  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 490 aa  89.7  4e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1251  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 240 aa  89.7  5e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  29.3 
 
 		 342 aa  89.4  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1078  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 283 aa  89.4  6e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.239628  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  34.42 
 
 		 314 aa  89  8e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 431 aa  89  8e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1204  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 181 aa  88.6  9e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000220024  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 370 aa  88.2  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  29.3 
 
 		 382 aa  88.2  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 432 aa  87.8  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0627  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 1052 aa  87.8  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.256226  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.92 
 
 		 323 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 459 aa  87.8  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1034  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 283 aa  87.4  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  27.89 
 
 		 328 aa  86.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 323 aa  86.7  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.2 
 
 		 765 aa  86.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2188  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 362 aa  86.3  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0476  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 383 aa  86.3  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.49 
 
 		 781 aa  86.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3862  diguanylate cyclase  30.71 
 
 		 318 aa  85.9  6e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.561764  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  33.13 
 
 		 748 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0740  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 706 aa  85.9  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0441478  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.67 
 
 		 323 aa  85.9  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 432 aa  85.9  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  30.36 
 
 		 366 aa  85.9  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 371 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 371 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  30.36 
 
 		 371 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  30.36 
 
 		 371 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  30.36 
 
 		 371 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  30.36 
 
 		 371 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.81 
 
 		 305 aa  85.5  8e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 323 aa  85.5  8e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  30.36 
 
 		 371 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  30.36 
 
 		 371 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0645  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 330 aa  85.5  9e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.669847  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.09 
 
 		 322 aa  85.5  9e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  27.27 
 
 		 763 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 450 aa  85.1  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.02 
 
 		 557 aa  85.1  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.26 
 
 		 393 aa  85.1  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  29.03 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 491 aa  85.1  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3861  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.44 
 
 		 499 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.94141 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 285 aa  85.1  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1776  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.91 
 
 		 547 aa  85.1  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.39 
 
 		 796 aa  84  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  30.82 
 
 		 1076 aa  84.3  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1344  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 465 aa  84  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.549291  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.18 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 381 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 351 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.71 
 
 		 619 aa  84  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.5 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1189  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 510 aa  84  0.000000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.906384  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2355  hypothetical protein  31.9 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.25 
 
 		 707 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.864356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2555  diguanylate cyclase  27.78 
 
 		 345 aa  84  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 753 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0267  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 1320 aa  84  0.000000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.71 
 
 		 416 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 428 aa  84  0.000000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.09 
 
 		 1073 aa  84  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 715 aa  83.6  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 476 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.39 
 
 		 772 aa  83.2  0.000000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2447  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.74 
 
 		 409 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.24 
 
 		 772 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  28.36 
 
 		 640 aa  83.2  0.000000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 443 aa  82.8  0.000000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1153  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00439515  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0098  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.61 
 
 		 642 aa  82.4  0.000000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 507 aa  82.4  0.000000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 507 aa  82.4  0.000000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  30.97 
 
 		 487 aa  82.4  0.000000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2173  hypothetical protein, GGDEF domain  35.14 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.07 
 
 		 916 aa  81.6  0.00000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0806  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 442 aa  82  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>