More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05078 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05078  hypothetical protein  100 
 
 		 348 aa  725    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 622 aa  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2197  diguanylate cyclase  32.94 
 
 		 438 aa  89.4  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.757416  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  34.07 
 
 		 485 aa  89.4  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 485 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  33.12 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 314 aa  87  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 485 aa  86.7  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3635  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.9 
 
 		 656 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 485 aa  86.3  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 384 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 490 aa  85.5  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 680 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.81 
 
 		 594 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  31.43 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 642 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 574 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 389 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 580 aa  84.3  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4941  sensory box protein  32.93 
 
 		 633 aa  84  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.75 
 
 		 640 aa  84  0.000000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  27.92 
 
 		 430 aa  83.6  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  32.09 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  25.57 
 
 		 459 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 544 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 385 aa  83.2  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 443 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 490 aa  83.2  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  28.07 
 
 		 513 aa  82.8  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 778 aa  83.2  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 339 aa  82.8  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  30.25 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.87 
 
 		 797 aa  82  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.69 
 
 		 572 aa  82  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.3 
 
 		 994 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  30.5 
 
 		 384 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  32.14 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2046  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 438 aa  82.4  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419907  normal  0.30363 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 622 aa  82  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4205  sensor diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 642 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.952942 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 350 aa  82.4  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 398 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  31.76 
 
 		 648 aa  81.6  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 575 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 486 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  29.83 
 
 		 495 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  29.28 
 
 		 493 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 527 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 486 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3223  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 343 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 486 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 523 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 352 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.63 
 
 		 802 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.537501  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 345 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 486 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 415 aa  81.3  0.00000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 352 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 486 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1900  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.64 
 
 		 405 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.56282  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  24.68 
 
 		 422 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  34.59 
 
 		 422 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 582 aa  80.5  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.52 
 
 		 708 aa  80.5  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 437 aa  80.5  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  30.98 
 
 		 361 aa  80.5  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  31.03 
 
 		 596 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  31.52 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  31.52 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  31.52 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  27.47 
 
 		 491 aa  80.1  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  31.52 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  31.45 
 
 		 625 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  31.52 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  33.12 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5603  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.85 
 
 		 833 aa  79.7  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.748206  normal  0.248656 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0995  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.71 
 
 		 762 aa  79.7  0.00000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.304607 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3132  diguanylate cyclase with GAF sensor  34 
 
 		 493 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  29.7 
 
 		 371 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 324 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 324 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 324 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  29.7 
 
 		 371 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 371 aa  79.3  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 371 aa  79.3  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  27.17 
 
 		 402 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  29.7 
 
 		 371 aa  79.3  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  29.17 
 
 		 425 aa  79.7  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  29.7 
 
 		 371 aa  79.3  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.52 
 
 		 632 aa  79.3  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 490 aa  79.7  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  29.7 
 
 		 371 aa  79.3  0.00000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  29.7 
 
 		 366 aa  79.3  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  29.7 
 
 		 371 aa  79.3  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>