More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3514 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0519  cation efflux protein, putative  86.41 
 
 		 433 aa  717    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  91.63 
 
 		 426 aa  761    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  99.3 
 
 		 430 aa  860    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3514  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 430 aa  867    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3792  efflux transporter, RND family, MFP subunit  76.77 
 
 		 440 aa  589  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0477  RND family efflux transporter MFP subunit  76.77 
 
 		 440 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  73.15 
 
 		 423 aa  585  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3974  RND family efflux transporter MFP subunit  77.02 
 
 		 440 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3342  RND family efflux transporter MFP subunit  77.56 
 
 		 421 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4082  RND family efflux transporter MFP subunit  58.7 
 
 		 455 aa  500  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0555  RND family efflux transporter MFP subunit  57.57 
 
 		 433 aa  481  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3357  RND family efflux transporter MFP subunit  59.08 
 
 		 409 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.748521  hitchhiker  0.00540648 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0575  secretion protein HlyD  58.89 
 
 		 413 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0540  RND family efflux transporter MFP subunit  55.08 
 
 		 459 aa  449  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3189  secretion protein HlyD  57.44 
 
 		 401 aa  437  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3587  RND family efflux transporter MFP subunit  61.03 
 
 		 319 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02033  Secretion protein HlyD  36.41 
 
 		 435 aa  206  8e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.31595  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1427  secretion protein HlyD  33.94 
 
 		 433 aa  186  9e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2868  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 		 448 aa  185  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  28.06 
 
 		 546 aa  94.7  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 538 aa  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 		 537 aa  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  25.94 
 
 		 504 aa  91.3  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 537 aa  90.9  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  25.77 
 
 		 398 aa  87.4  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  25.92 
 
 		 424 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  26.23 
 
 		 399 aa  84.3  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  26.65 
 
 		 537 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  27.43 
 
 		 368 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  26.02 
 
 		 540 aa  83.2  0.000000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  25.85 
 
 		 459 aa  82.8  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  24.25 
 
 		 407 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 552 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.85 
 
 		 454 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  28.67 
 
 		 683 aa  82  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.48 
 
 		 486 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  25.14 
 
 		 629 aa  81.3  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.25 
 
 		 627 aa  80.1  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.92 
 
 		 406 aa  79  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.38 
 
 		 607 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 404 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  26.02 
 
 		 432 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  26.95 
 
 		 344 aa  77.4  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  26.65 
 
 		 397 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  25.61 
 
 		 422 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 468 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  26.24 
 
 		 401 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.84 
 
 		 512 aa  75.1  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  29.06 
 
 		 530 aa  75.1  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.34 
 
 		 427 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  26.96 
 
 		 379 aa  74.3  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.67 
 
 		 406 aa  73.2  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.67 
 
 		 406 aa  73.2  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  25.87 
 
 		 423 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  25.57 
 
 		 451 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  24.8 
 
 		 404 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.13 
 
 		 424 aa  72.8  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  25.9 
 
 		 382 aa  72.8  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.78 
 
 		 509 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  26.6 
 
 		 625 aa  71.6  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  25.2 
 
 		 413 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  25.24 
 
 		 491 aa  72  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.23 
 
 		 494 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 421 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.39 
 
 		 428 aa  70.5  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.61 
 
 		 432 aa  70.5  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  25.89 
 
 		 402 aa  69.7  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 		 404 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.83 
 
 		 516 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 580 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.491967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.12 
 
 		 457 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.83 
 
 		 516 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.74 
 
 		 457 aa  68.6  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.77 
 
 		 508 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  24.35 
 
 		 410 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  25 
 
 		 545 aa  68.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  24.14 
 
 		 416 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  23.31 
 
 		 410 aa  68.9  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4405  secretion protein HlyD  26.57 
 
 		 550 aa  67.8  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164815  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.99 
 
 		 460 aa  67.8  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 523 aa  67.4  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.2 
 
 		 412 aa  67.4  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  25.78 
 
 		 373 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.14 
 
 		 671 aa  67.4  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 504 aa  67  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  27.36 
 
 		 500 aa  67  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  25.53 
 
 		 386 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  24.73 
 
 		 466 aa  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1019  secretion protein HlyD  23.08 
 
 		 456 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.194662  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  24.74 
 
 		 460 aa  66.2  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  27.13 
 
 		 489 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  27.13 
 
 		 489 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  26.33 
 
 		 488 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  23.38 
 
 		 424 aa  65.5  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.97 
 
 		 587 aa  65.5  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  25 
 
 		 384 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  24.78 
 
 		 418 aa  64.7  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 483 aa  64.7  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 715 aa  64.7  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.95 
 
 		 497 aa  65.1  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>