More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3357 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3357  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 409 aa  819    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.748521  hitchhiker  0.00540648 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4082  RND family efflux transporter MFP subunit  63.96 
 
 		 455 aa  534  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0540  RND family efflux transporter MFP subunit  61.66 
 
 		 459 aa  530  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0555  RND family efflux transporter MFP subunit  66.42 
 
 		 433 aa  521  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0477  RND family efflux transporter MFP subunit  68.12 
 
 		 440 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3792  efflux transporter, RND family, MFP subunit  67.57 
 
 		 440 aa  481  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  60.99 
 
 		 423 aa  480  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0519  cation efflux protein, putative  58.39 
 
 		 433 aa  472  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3342  RND family efflux transporter MFP subunit  69.32 
 
 		 421 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  60.93 
 
 		 426 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3514  RND family efflux transporter MFP subunit  58.6 
 
 		 430 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3974  RND family efflux transporter MFP subunit  67.85 
 
 		 440 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3189  secretion protein HlyD  63.44 
 
 		 401 aa  464  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0575  secretion protein HlyD  60.48 
 
 		 413 aa  462  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  58.6 
 
 		 430 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3587  RND family efflux transporter MFP subunit  64.67 
 
 		 319 aa  431  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02033  Secretion protein HlyD  37.4 
 
 		 435 aa  224  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.31595  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2868  RND family efflux transporter MFP subunit  35.09 
 
 		 448 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1427  secretion protein HlyD  35.23 
 
 		 433 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.31 
 
 		 627 aa  101  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  28.36 
 
 		 546 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  29.73 
 
 		 537 aa  98.2  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.64 
 
 		 607 aa  97.1  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  27.82 
 
 		 424 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  29.36 
 
 		 397 aa  94  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 538 aa  92.8  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.67 
 
 		 537 aa  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  29.25 
 
 		 504 aa  90.9  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  25.71 
 
 		 401 aa  91.3  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  26.82 
 
 		 422 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  26.98 
 
 		 625 aa  88.6  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 460 aa  88.6  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  23.24 
 
 		 407 aa  86.3  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 404 aa  85.9  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  25.17 
 
 		 423 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  28.53 
 
 		 484 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.79 
 
 		 510 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.75 
 
 		 427 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 537 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  30.37 
 
 		 500 aa  84  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 552 aa  84  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.6 
 
 		 411 aa  83.6  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  28.53 
 
 		 484 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.59 
 
 		 406 aa  83.2  0.000000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.45 
 
 		 510 aa  83.2  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 545 aa  83.2  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  26.12 
 
 		 398 aa  82.4  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  24.46 
 
 		 410 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  27.25 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  25.87 
 
 		 545 aa  81.3  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 421 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  26.89 
 
 		 408 aa  80.9  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 683 aa  80.1  0.00000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  26.2 
 
 		 523 aa  80.1  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  24.85 
 
 		 491 aa  79.7  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11688  cation efflux system protein  23.51 
 
 		 396 aa  79  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.600271  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  22.2 
 
 		 529 aa  79.3  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  28.78 
 
 		 599 aa  79  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 500 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.11 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  27.02 
 
 		 368 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  26.39 
 
 		 384 aa  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.56 
 
 		 460 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4405  secretion protein HlyD  26.8 
 
 		 550 aa  77.8  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164815  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  25.97 
 
 		 383 aa  77  0.0000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 353 aa  77  0.0000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  27.76 
 
 		 640 aa  77  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 		 428 aa  77  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 491 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  27.54 
 
 		 488 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.21 
 
 		 454 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  25.34 
 
 		 424 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 402 aa  76.3  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  27.19 
 
 		 517 aa  75.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1766  heavy metal efflux system protein, putative  26.59 
 
 		 376 aa  75.9  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  29.04 
 
 		 472 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  32.04 
 
 		 715 aa  75.9  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  25.27 
 
 		 459 aa  75.9  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.85 
 
 		 486 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 581 aa  75.5  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.39 
 
 		 526 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  24.92 
 
 		 527 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  27.39 
 
 		 489 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  27.44 
 
 		 404 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 483 aa  75.1  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  25.94 
 
 		 505 aa  75.1  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  24.62 
 
 		 410 aa  75.1  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  27.39 
 
 		 489 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  25.72 
 
 		 577 aa  74.3  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.39 
 
 		 568 aa  74.7  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 379 aa  74.7  0.000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 472 aa  74.3  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  25.8 
 
 		 386 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  25.47 
 
 		 540 aa  74.3  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.19 
 
 		 587 aa  73.9  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  26.69 
 
 		 502 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  29.93 
 
 		 529 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 502 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  24.78 
 
 		 418 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 509 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>