More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4082 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0555  RND family efflux transporter MFP subunit  73.77 
 
 		 433 aa  639    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4082  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 455 aa  919    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0540  RND family efflux transporter MFP subunit  66.88 
 
 		 459 aa  586  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3357  RND family efflux transporter MFP subunit  64.62 
 
 		 409 aa  534  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.748521  hitchhiker  0.00540648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0477  RND family efflux transporter MFP subunit  69.03 
 
 		 440 aa  508  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3514  RND family efflux transporter MFP subunit  58.49 
 
 		 430 aa  511  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3792  efflux transporter, RND family, MFP subunit  68.77 
 
 		 440 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  67.09 
 
 		 426 aa  500  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  58.28 
 
 		 430 aa  498  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0519  cation efflux protein, putative  57.14 
 
 		 433 aa  497  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  66.92 
 
 		 423 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3974  RND family efflux transporter MFP subunit  68.77 
 
 		 440 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3342  RND family efflux transporter MFP subunit  71.79 
 
 		 421 aa  475  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0575  secretion protein HlyD  64.47 
 
 		 413 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3189  secretion protein HlyD  63.29 
 
 		 401 aa  462  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3587  RND family efflux transporter MFP subunit  65 
 
 		 319 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2868  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 448 aa  224  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02033  Secretion protein HlyD  35.04 
 
 		 435 aa  216  8e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.31595  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1427  secretion protein HlyD  32.65 
 
 		 433 aa  204  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  30.16 
 
 		 546 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.76 
 
 		 538 aa  114  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  29.16 
 
 		 424 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.76 
 
 		 537 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  30.34 
 
 		 537 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.2 
 
 		 627 aa  109  8.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  29.91 
 
 		 422 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  28.3 
 
 		 504 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 537 aa  104  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  31.06 
 
 		 397 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 		 607 aa  100  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.43 
 
 		 406 aa  98.6  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  27.59 
 
 		 401 aa  96.3  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  26.01 
 
 		 398 aa  94.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  27.45 
 
 		 410 aa  93.2  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  25.14 
 
 		 399 aa  92  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  28.16 
 
 		 404 aa  92  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 		 427 aa  91.3  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  27.22 
 
 		 625 aa  90.5  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  28.86 
 
 		 500 aa  89.4  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 		 552 aa  89.7  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.65 
 
 		 460 aa  88.2  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.39 
 
 		 494 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 683 aa  88.2  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.63 
 
 		 486 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  24.69 
 
 		 407 aa  87.8  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.83 
 
 		 512 aa  86.3  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  26.12 
 
 		 404 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  27.95 
 
 		 368 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  25.14 
 
 		 472 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.63 
 
 		 424 aa  84.3  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  29.54 
 
 		 530 aa  84  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.85 
 
 		 454 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  25.48 
 
 		 517 aa  83.6  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  28.04 
 
 		 460 aa  83.6  0.000000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  26.78 
 
 		 581 aa  83.2  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  26.07 
 
 		 418 aa  83.2  0.000000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  26.68 
 
 		 423 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  26.04 
 
 		 404 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  25.85 
 
 		 545 aa  82.8  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  26.55 
 
 		 484 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  25.88 
 
 		 488 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  24.94 
 
 		 424 aa  82  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  26.55 
 
 		 484 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  23.84 
 
 		 629 aa  82.4  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 		 421 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  24.45 
 
 		 540 aa  80.9  0.00000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 		 489 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.66 
 
 		 428 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  25.74 
 
 		 489 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 459 aa  80.5  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  26.69 
 
 		 399 aa  80.5  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.27 
 
 		 412 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  25.38 
 
 		 491 aa  80.1  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  25.44 
 
 		 491 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 523 aa  79.7  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  25.46 
 
 		 404 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 		 509 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  24.01 
 
 		 456 aa  78.6  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  24 
 
 		 527 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  25.44 
 
 		 489 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  23.94 
 
 		 410 aa  79  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.99 
 
 		 457 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  25.87 
 
 		 382 aa  78.2  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  25.91 
 
 		 520 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  26.59 
 
 		 483 aa  78.2  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  25.91 
 
 		 520 aa  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 715 aa  77.8  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 432 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11688  cation efflux system protein  25.07 
 
 		 396 aa  77  0.0000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.600271  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  24.83 
 
 		 525 aa  77  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  24.71 
 
 		 459 aa  76.6  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  23.66 
 
 		 498 aa  77  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  26.94 
 
 		 640 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  27.97 
 
 		 373 aa  76.6  0.0000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.07 
 
 		 454 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  25.23 
 
 		 545 aa  76.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  25.66 
 
 		 484 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  25.81 
 
 		 432 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>