More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0540 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0540  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 459 aa  929    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0555  RND family efflux transporter MFP subunit  65.25 
 
 		 433 aa  570  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4082  RND family efflux transporter MFP subunit  66.88 
 
 		 455 aa  567  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3357  RND family efflux transporter MFP subunit  62.58 
 
 		 409 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.748521  hitchhiker  0.00540648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0477  RND family efflux transporter MFP subunit  65.57 
 
 		 440 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3792  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.3 
 
 		 440 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  63.61 
 
 		 423 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  54.32 
 
 		 426 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0519  cation efflux protein, putative  54.95 
 
 		 433 aa  448  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3974  RND family efflux transporter MFP subunit  65.03 
 
 		 440 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3514  RND family efflux transporter MFP subunit  61.26 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3342  RND family efflux transporter MFP subunit  66.95 
 
 		 421 aa  437  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3189  secretion protein HlyD  62.32 
 
 		 401 aa  432  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0575  secretion protein HlyD  54.3 
 
 		 413 aa  433  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  61.26 
 
 		 430 aa  434  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3587  RND family efflux transporter MFP subunit  64.38 
 
 		 319 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02033  Secretion protein HlyD  37.37 
 
 		 435 aa  226  4e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.31595  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2868  RND family efflux transporter MFP subunit  32.9 
 
 		 448 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1427  secretion protein HlyD  33.57 
 
 		 433 aa  197  5.000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  29.88 
 
 		 546 aa  99  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  29.38 
 
 		 422 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  27.53 
 
 		 424 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.98 
 
 		 538 aa  94  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  26.3 
 
 		 399 aa  93.6  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  26.7 
 
 		 398 aa  90.9  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.24 
 
 		 627 aa  90.5  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.69 
 
 		 537 aa  90.5  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  28.42 
 
 		 397 aa  87  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.1 
 
 		 607 aa  87  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  31.01 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  25.06 
 
 		 459 aa  83.6  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  26.53 
 
 		 488 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  27.76 
 
 		 537 aa  82  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 454 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 		 421 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 489 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  26.15 
 
 		 489 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  25.32 
 
 		 410 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  25.64 
 
 		 491 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.74 
 
 		 406 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.74 
 
 		 406 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.09 
 
 		 427 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  25.45 
 
 		 401 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  25.79 
 
 		 489 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  25.19 
 
 		 404 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  29.29 
 
 		 504 aa  77  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.03 
 
 		 627 aa  75.9  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  23.66 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11688  cation efflux system protein  23.88 
 
 		 396 aa  75.5  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.600271  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  26.09 
 
 		 423 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 404 aa  74.3  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  26.54 
 
 		 399 aa  74.3  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  25.71 
 
 		 404 aa  73.6  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  26.04 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.25 
 
 		 510 aa  73.2  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 		 587 aa  73.2  0.000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.81 
 
 		 409 aa  73.2  0.000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.605498  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3399  RND family efflux transporter MFP subunit  25.17 
 
 		 582 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 		 457 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.4 
 
 		 406 aa  72.8  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.76 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2147  secretion protein HlyD  31.84 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.52 
 
 		 510 aa  72  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  26.57 
 
 		 451 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 		 428 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.19 
 
 		 457 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  27.15 
 
 		 577 aa  70.5  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  25.41 
 
 		 424 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 683 aa  70.1  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  26.32 
 
 		 418 aa  69.7  0.00000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  25.3 
 
 		 379 aa  69.7  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  26.05 
 
 		 386 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.75 
 
 		 353 aa  69.3  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  25.64 
 
 		 383 aa  69.7  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 460 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  24.49 
 
 		 404 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  24.17 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  24.91 
 
 		 410 aa  68.6  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  28.04 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  27.21 
 
 		 484 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  23.98 
 
 		 472 aa  67.4  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  25.06 
 
 		 456 aa  67  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  25.19 
 
 		 527 aa  67  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  27.69 
 
 		 473 aa  67.4  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 411 aa  67  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  27.31 
 
 		 472 aa  67  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  23.97 
 
 		 505 aa  66.6  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  24.92 
 
 		 382 aa  66.2  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  26.42 
 
 		 500 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.43 
 
 		 400 aa  66.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  25.71 
 
 		 390 aa  66.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  23.46 
 
 		 432 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  29.11 
 
 		 489 aa  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  26.28 
 
 		 384 aa  66.2  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 530 aa  66.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  25.56 
 
 		 407 aa  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  32.09 
 
 		 510 aa  65.1  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  24.93 
 
 		 413 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.06 
 
 		 433 aa  65.1  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  26.51 
 
 		 513 aa  65.1  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>