More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2882 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  100 
 
 		 138 aa  284  2.9999999999999996e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  48.48 
 
 		 128 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  52.24 
 
 		 133 aa  140  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  54.26 
 
 		 130 aa  137  7e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  53.49 
 
 		 132 aa  136  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  51.16 
 
 		 130 aa  131  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  49.22 
 
 		 130 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2715  methylation  53.12 
 
 		 129 aa  130  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0720544  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  49.61 
 
 		 130 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  49.61 
 
 		 130 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  49.61 
 
 		 130 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  49.61 
 
 		 130 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  49.61 
 
 		 130 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  51.94 
 
 		 132 aa  123  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  44.2 
 
 		 141 aa  119  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  46.21 
 
 		 147 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3524  type IV pilus biogenesis protein PilE  48.84 
 
 		 130 aa  104  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  46.21 
 
 		 134 aa  102  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  40.54 
 
 		 150 aa  96.3  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  38.41 
 
 		 131 aa  90.1  8e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  38.41 
 
 		 131 aa  90.1  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  41.22 
 
 		 132 aa  89.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  36.03 
 
 		 145 aa  88.6  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.52 
 
 		 170 aa  84.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  34.09 
 
 		 146 aa  84.3  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  33.08 
 
 		 130 aa  83.6  8e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  41.35 
 
 		 146 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  39.57 
 
 		 149 aa  77  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  39.57 
 
 		 149 aa  76.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  56.45 
 
 		 160 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  39.55 
 
 		 167 aa  76.3  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  37.96 
 
 		 144 aa  76.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  37.23 
 
 		 144 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  34.97 
 
 		 141 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  34.25 
 
 		 141 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  34.01 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  36.5 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  35.66 
 
 		 140 aa  70.5  0.000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  40 
 
 		 162 aa  70.1  0.000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0855  pilus assembly protein  42.75 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  34.75 
 
 		 147 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.97 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  33.58 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  27.81 
 
 		 164 aa  66.6  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  47.46 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11830  type IV PilE-like pilus assembly protein  35.38 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  30.82 
 
 		 153 aa  66.6  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2839  protein involved in methylation  33.33 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273449  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  34.27 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  50 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  31.39 
 
 		 148 aa  64.3  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0220  pilus assembly protein  34.09 
 
 		 140 aa  63.5  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0617  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.62 
 
 		 158 aa  63.9  0.0000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.217435 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004288  putative fimbrial assembly protein PilE  32.61 
 
 		 163 aa  63.9  0.0000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  43.66 
 
 		 161 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  31.58 
 
 		 159 aa  63.5  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0093  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.67 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0563183 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  50 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  39.74 
 
 		 152 aa  62  0.000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  44.83 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  35.11 
 
 		 122 aa  60.1  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  41.54 
 
 		 164 aa  59.7  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.33 
 
 		 157 aa  59.7  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  35.14 
 
 		 164 aa  59.3  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0210  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.33 
 
 		 154 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103934  normal  0.61486 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0020  PilE protein  33.12 
 
 		 164 aa  58.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.51 
 
 		 152 aa  58.5  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1442  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  34.69 
 
 		 155 aa  58.5  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.102563  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  31.41 
 
 		 169 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.33 
 
 		 147 aa  58.2  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0059  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  35.56 
 
 		 151 aa  58.2  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.230525 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0571  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.99 
 
 		 163 aa  58.2  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  25.74 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0682  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.43 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0723462  hitchhiker  0.000000000174273 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0015  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.43 
 
 		 193 aa  57.8  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.170754  normal  0.192574 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1387  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  33.33 
 
 		 175 aa  57.8  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  30.28 
 
 		 155 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0392  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.28 
 
 		 175 aa  57.8  0.00000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000336485  hitchhiker  0.0000000727713 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0208  putative prepilin like protein  32.61 
 
 		 139 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0480818 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  28.36 
 
 		 151 aa  57  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  28.36 
 
 		 151 aa  57  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  37.68 
 
 		 141 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0345  general secretion pathway protein H  40 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0177644  normal  0.0749297 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  30.28 
 
 		 138 aa  56.2  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0482  general secretion pathway protein G  36.11 
 
 		 171 aa  56.2  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00144077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1097  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.282151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0331  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.44 
 
 		 172 aa  56.2  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  35.62 
 
 		 147 aa  55.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0204  type IV pilus assembly protein PilE  35.06 
 
 		 155 aa  55.5  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0345  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  30.84 
 
 		 156 aa  56.2  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000996245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2941  fimbrial biogenesis protein  33.33 
 
 		 142 aa  55.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.639478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0611  type IV pili biogenesis protein PilE  25.36 
 
 		 129 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  34.21 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  25.36 
 
 		 129 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0606  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.24 
 
 		 156 aa  54.7  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000101189  hitchhiker  0.000000768083 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  36.76 
 
 		 162 aa  54.3  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0475  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  29.9 
 
 		 171 aa  53.9  0.0000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  33.06 
 
 		 148 aa  53.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1161  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  29.03 
 
 		 157 aa  53.9  0.0000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0651  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  47.17 
 
 		 165 aa  53.5  0.0000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>