More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2680 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  100 
 
 		 146 aa  293  8e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  76.03 
 
 		 145 aa  228  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  60.58 
 
 		 146 aa  155  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  55.88 
 
 		 167 aa  137  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  43.38 
 
 		 130 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  44.36 
 
 		 130 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  42.86 
 
 		 132 aa  110  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  41.79 
 
 		 130 aa  105  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  41.35 
 
 		 130 aa  102  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  41.35 
 
 		 130 aa  102  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  40.6 
 
 		 130 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  40.6 
 
 		 130 aa  100  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  41.13 
 
 		 150 aa  100  8e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  38.81 
 
 		 130 aa  98.2  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.95 
 
 		 170 aa  98.2  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  39.85 
 
 		 133 aa  97.4  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  44.7 
 
 		 132 aa  96.3  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  41.67 
 
 		 169 aa  95.5  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  40.28 
 
 		 141 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  37.12 
 
 		 128 aa  94.7  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  37.88 
 
 		 141 aa  94.4  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2839  protein involved in methylation  45.8 
 
 		 136 aa  93.2  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273449  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  38.85 
 
 		 133 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0020  PilE protein  42.58 
 
 		 164 aa  90.1  8e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  36.55 
 
 		 147 aa  90.1  9e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  38.57 
 
 		 134 aa  88.6  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  38.13 
 
 		 133 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  38.35 
 
 		 132 aa  86.3  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  43.97 
 
 		 144 aa  85.5  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  36.05 
 
 		 135 aa  85.5  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  39.86 
 
 		 151 aa  85.1  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  39.86 
 
 		 151 aa  85.1  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  43.97 
 
 		 144 aa  85.1  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  40.29 
 
 		 140 aa  84.7  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3524  type IV pilus biogenesis protein PilE  42.11 
 
 		 130 aa  84.3  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  34.09 
 
 		 138 aa  84.3  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11830  type IV PilE-like pilus assembly protein  45.53 
 
 		 131 aa  84  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  35.77 
 
 		 138 aa  84  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  35.53 
 
 		 163 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  35.86 
 
 		 141 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0520  type IV pilin  35.34 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  36.54 
 
 		 155 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  32.45 
 
 		 159 aa  74.3  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1661  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  35.34 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.507585  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2715  methylation  40.71 
 
 		 129 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0720544  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0208  putative prepilin like protein  40.6 
 
 		 139 aa  73.9  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0480818 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  36.64 
 
 		 152 aa  73.6  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  37.01 
 
 		 164 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  34.29 
 
 		 148 aa  73.2  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  33.75 
 
 		 164 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  36.17 
 
 		 138 aa  73.2  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.41 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  34.59 
 
 		 162 aa  72.4  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  37.4 
 
 		 161 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  40 
 
 		 148 aa  70.9  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  40 
 
 		 122 aa  69.3  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  47.89 
 
 		 142 aa  68.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  29.77 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  35.88 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  35.88 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  29.93 
 
 		 153 aa  67.4  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  38.52 
 
 		 141 aa  67  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  36.76 
 
 		 143 aa  65.9  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  35 
 
 		 168 aa  65.5  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004288  putative fimbrial assembly protein PilE  32.06 
 
 		 163 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0220  pilus assembly protein  36.57 
 
 		 140 aa  65.1  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3901  putative Tfp pilus assembly protein PilE  37.06 
 
 		 148 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  32.24 
 
 		 160 aa  64.3  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0345  general secretion pathway protein H  31.91 
 
 		 176 aa  63.9  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0177644  normal  0.0749297 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  33.1 
 
 		 144 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.25 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  37.41 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  34.78 
 
 		 141 aa  62  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0268  putative pilin protein PilE  33.8 
 
 		 157 aa  62  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.405094  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  31.39 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  63.04 
 
 		 173 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  31.82 
 
 		 147 aa  59.7  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3041  general secretion pathway protein H  40.37 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.391226  normal  0.137984 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  30.07 
 
 		 140 aa  60.1  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0606  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.5 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000101189  hitchhiker  0.000000768083 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0689  putative Tfp pilus assembly protein PilE  35.14 
 
 		 151 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.786204  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  28.89 
 
 		 129 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  32.59 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  32.59 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  29.37 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0771  hypothetical protein  34.04 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3170  prepilin-type cleavage/methylation  34.86 
 
 		 155 aa  58.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.647515  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0878  N-terminal methylation motif domain protein  33.03 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.28 
 
 		 152 aa  58.5  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3584  fimbrial protein PilA  34.09 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.194411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0138  putative pilus assembly protein  32 
 
 		 149 aa  57.8  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2522  pilin  34.09 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1018  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  43.94 
 
 		 161 aa  58.2  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0877  N-terminal methylation motif domain protein  34.74 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0853  methylation site containing protein  36.5 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  28.92 
 
 		 164 aa  57.8  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0830  methylation site containing protein  36.5 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0865  methylation site containing protein  36.5 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0706  putative Tfp pilus assembly protein PilE  34.25 
 
 		 151 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.33887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  48.33 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>