More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5180 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  100 
 
 		 169 aa  348  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  38.56 
 
 		 148 aa  108  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  45.75 
 
 		 148 aa  102  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  38.22 
 
 		 159 aa  102  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  37.84 
 
 		 143 aa  102  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  40.4 
 
 		 140 aa  100  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  34.38 
 
 		 151 aa  100  1e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  34.38 
 
 		 151 aa  100  1e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40 
 
 		 170 aa  99.4  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  37.25 
 
 		 133 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  38.32 
 
 		 162 aa  98.2  5e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  38.71 
 
 		 145 aa  98.2  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  39.75 
 
 		 164 aa  97.1  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  36.49 
 
 		 144 aa  96.7  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  41.67 
 
 		 146 aa  95.5  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  36.6 
 
 		 141 aa  95.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  40.65 
 
 		 135 aa  94.4  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  35.29 
 
 		 133 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  37.11 
 
 		 163 aa  92.8  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0771  hypothetical protein  39.61 
 
 		 142 aa  92  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  34.64 
 
 		 152 aa  90.1  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.75 
 
 		 150 aa  85.1  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  32.92 
 
 		 144 aa  84.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  40.51 
 
 		 146 aa  84.7  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  32.3 
 
 		 144 aa  84.3  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  39.44 
 
 		 122 aa  84.3  7e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  32 
 
 		 138 aa  83.2  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3901  putative Tfp pilus assembly protein PilE  37.01 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4842  hypothetical protein  40 
 
 		 133 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0454526  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  36.54 
 
 		 167 aa  79  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  35.67 
 
 		 161 aa  78.6  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  55.93 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  55.93 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  40 
 
 		 141 aa  75.9  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0493  methylation  36.36 
 
 		 131 aa  76.3  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0020  PilE protein  41.25 
 
 		 164 aa  74.7  0.0000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0706  putative Tfp pilus assembly protein PilE  32.69 
 
 		 151 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.33887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.67 
 
 		 141 aa  73.9  0.0000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  34.07 
 
 		 164 aa  73.6  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0689  putative Tfp pilus assembly protein PilE  32.05 
 
 		 151 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.786204  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.5 
 
 		 141 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  32.43 
 
 		 147 aa  71.2  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  30.86 
 
 		 147 aa  70.9  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  32.89 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  32.24 
 
 		 130 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  33.12 
 
 		 140 aa  69.3  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  50.77 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1384  type IV pilus biogenesis protein, putative  32.28 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2443  hypothetical protein  31.33 
 
 		 139 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2575  putative Tfp pilus assembly protein PilE  32.14 
 
 		 143 aa  67  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.253595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  39.42 
 
 		 132 aa  67.4  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  29.14 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3909  hypothetical protein  32.12 
 
 		 154 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0873326 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  47.22 
 
 		 160 aa  64.7  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0611  type IV pili biogenesis protein PilE  31.13 
 
 		 129 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0853  methylation site containing protein  33.55 
 
 		 126 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0865  methylation site containing protein  33.55 
 
 		 126 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0830  methylation site containing protein  33.55 
 
 		 126 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  47.62 
 
 		 168 aa  63.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  30 
 
 		 133 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0392  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  48.33 
 
 		 175 aa  63.5  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000336485  hitchhiker  0.0000000727713 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  30 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2839  protein involved in methylation  38.57 
 
 		 136 aa  62  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273449  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  29.41 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  33.11 
 
 		 130 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  27.5 
 
 		 164 aa  62  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  46.97 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  30.46 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  32.89 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  27.1 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  28.19 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  29.61 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  31.95 
 
 		 155 aa  60.8  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  38.89 
 
 		 149 aa  60.8  0.000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  44.83 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  38.89 
 
 		 149 aa  60.8  0.000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  30.92 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  30.92 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  34.59 
 
 		 132 aa  60.5  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0840  putative type IV pilus biogenesis protein  30.63 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2070  type IV pilus biogenesis protein, putative  30.63 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  55.17 
 
 		 179 aa  58.9  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3228  type IV pilus protein  30.63 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.61962  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3243  fimbrial protein pilin  30.63 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3190  type IV pilus protein  30.63 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2673  putative type IV pilus biogenesis protein  30.63 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.822471  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  56 
 
 		 173 aa  58.5  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11830  type IV PilE-like pilus assembly protein  38.31 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  53.06 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  31.41 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  28.67 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1524  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.24 
 
 		 159 aa  58.2  0.00000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000584644  unclonable  2.6975300000000003e-19 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0617  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.16 
 
 		 158 aa  57.8  0.00000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.217435 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  41.94 
 
 		 152 aa  58.2  0.00000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  27.1 
 
 		 153 aa  57.8  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  60.98 
 
 		 182 aa  57.8  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0015  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45 
 
 		 193 aa  57.8  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.170754  normal  0.192574 
 
 
-
 
NC_003296  RS00348  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  37.33 
 
 		 128 aa  57  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0613  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  47.37 
 
 		 165 aa  57  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0934015 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>