More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1217 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  100 
 
 		 141 aa  288  2e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  49.25 
 
 		 130 aa  142  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  50.77 
 
 		 132 aa  141  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  49.23 
 
 		 130 aa  140  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  48.87 
 
 		 133 aa  140  8e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  50 
 
 		 128 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  50 
 
 		 130 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  45.74 
 
 		 130 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  49.62 
 
 		 132 aa  121  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  49.61 
 
 		 130 aa  120  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  49.61 
 
 		 130 aa  120  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  41.84 
 
 		 147 aa  120  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  48.84 
 
 		 130 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  48.84 
 
 		 130 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  44.2 
 
 		 138 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3524  type IV pilus biogenesis protein PilE  48.48 
 
 		 130 aa  110  9e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  40.46 
 
 		 145 aa  102  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  36.5 
 
 		 134 aa  99.4  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2715  methylation  44.78 
 
 		 129 aa  97.8  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0720544  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  37.88 
 
 		 146 aa  94.4  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.37 
 
 		 170 aa  93.6  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  43.94 
 
 		 150 aa  93.6  9e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  36.84 
 
 		 135 aa  91.3  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  43.18 
 
 		 167 aa  89.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  36.03 
 
 		 138 aa  87  7e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  33.81 
 
 		 131 aa  86.3  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  33.81 
 
 		 131 aa  86.3  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  40.8 
 
 		 122 aa  84  6e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  40.77 
 
 		 130 aa  84  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  34.93 
 
 		 140 aa  84  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2839  protein involved in methylation  40.29 
 
 		 136 aa  84  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273449  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  40.74 
 
 		 146 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  35.86 
 
 		 141 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  36.43 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  37.59 
 
 		 132 aa  80.9  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  34.75 
 
 		 149 aa  77.8  0.00000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  34.75 
 
 		 149 aa  77.4  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  32 
 
 		 147 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0220  pilus assembly protein  38.97 
 
 		 140 aa  76.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  30.97 
 
 		 159 aa  75.9  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  33.1 
 
 		 141 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  33.82 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  33.82 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  54.93 
 
 		 152 aa  74.7  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  33.09 
 
 		 151 aa  73.2  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  33.09 
 
 		 151 aa  73.6  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  33.58 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  33.83 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  34.33 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  36.36 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  31.68 
 
 		 162 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  29.37 
 
 		 153 aa  71.2  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  40.2 
 
 		 141 aa  70.9  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  55 
 
 		 160 aa  69.3  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0059  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.61 
 
 		 151 aa  68.6  0.00000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.230525 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  40.54 
 
 		 168 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  34.53 
 
 		 140 aa  68.2  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  42.24 
 
 		 164 aa  67.8  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  44.62 
 
 		 164 aa  67.8  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  40 
 
 		 168 aa  67.8  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  33.85 
 
 		 152 aa  67.4  0.00000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  34.23 
 
 		 155 aa  67  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  48.57 
 
 		 142 aa  67  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1661  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  30.23 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.507585  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  36.36 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0520  type IV pilin  30.23 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0020  PilE protein  34.15 
 
 		 164 aa  66.2  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  31.85 
 
 		 161 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0208  putative prepilin like protein  39.1 
 
 		 139 aa  65.1  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0480818 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.32 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11830  type IV PilE-like pilus assembly protein  35.11 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  34.27 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  32.21 
 
 		 143 aa  63.5  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3403  fimbrial biogenesis protein  40.54 
 
 		 149 aa  63.5  0.0000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00878868 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  35.51 
 
 		 138 aa  63.5  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  33.65 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  30 
 
 		 169 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  32.84 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  38.83 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  40 
 
 		 173 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004288  putative fimbrial assembly protein PilE  30.66 
 
 		 163 aa  62  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2557  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  37.3 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0530742 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  31.65 
 
 		 147 aa  61.6  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  44.93 
 
 		 164 aa  61.2  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3901  putative Tfp pilus assembly protein PilE  48.39 
 
 		 148 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0294  pilus assembly protein  33.09 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.429546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  38.85 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  48.1 
 
 		 170 aa  60.5  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  66.67 
 
 		 179 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1460  type II secretion system protein G  35.16 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52288  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  46.27 
 
 		 179 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  35.04 
 
 		 152 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  31.39 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3170  prepilin-type cleavage/methylation  33.62 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.647515  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  71.05 
 
 		 178 aa  58.2  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0210  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  31.01 
 
 		 154 aa  58.9  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103934  normal  0.61486 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  28.57 
 
 		 147 aa  58.5  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  35.23 
 
 		 149 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  60.47 
 
 		 143 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  65 
 
 		 169 aa  57.8  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>