More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0852 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  100 
 
 		 131 aa  270  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  100 
 
 		 131 aa  270  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  42.52 
 
 		 134 aa  97.1  7e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  42.4 
 
 		 130 aa  96.3  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  42.75 
 
 		 144 aa  93.2  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  40.16 
 
 		 130 aa  92.8  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  42.31 
 
 		 128 aa  92.8  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  38.41 
 
 		 138 aa  90.1  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  41.73 
 
 		 140 aa  89  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  38.97 
 
 		 144 aa  87.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  38.97 
 
 		 144 aa  87  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  33.81 
 
 		 141 aa  86.3  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  57.97 
 
 		 152 aa  86.3  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  38.66 
 
 		 148 aa  85.5  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  36.88 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  37.31 
 
 		 138 aa  81.3  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  39.73 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.23 
 
 		 170 aa  80.9  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  36.42 
 
 		 163 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  39.37 
 
 		 149 aa  80.1  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  37.6 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  39.37 
 
 		 149 aa  80.1  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  34.81 
 
 		 135 aa  79.3  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.4 
 
 		 150 aa  78.2  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  40.34 
 
 		 164 aa  78.2  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  35.11 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  55.93 
 
 		 169 aa  77.8  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  36.03 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  36.36 
 
 		 143 aa  77  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  35.71 
 
 		 133 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  37.69 
 
 		 140 aa  75.5  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  35.71 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  34.59 
 
 		 141 aa  74.3  0.0000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  42.42 
 
 		 141 aa  73.6  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  34.88 
 
 		 151 aa  73.2  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  34.88 
 
 		 151 aa  72.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  38.52 
 
 		 159 aa  72.8  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 147 aa  72  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  35.07 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0830  methylation site containing protein  38.76 
 
 		 126 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0865  methylation site containing protein  38.76 
 
 		 126 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0853  methylation site containing protein  38.76 
 
 		 126 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  53.23 
 
 		 160 aa  70.9  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  38.81 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  35.2 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  33.6 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.59 
 
 		 141 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  35.2 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  35.88 
 
 		 146 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  36.64 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  33.12 
 
 		 164 aa  68.6  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  30.99 
 
 		 164 aa  67.8  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  45.54 
 
 		 168 aa  68.2  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  51.72 
 
 		 161 aa  67.4  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0710  methylation site containing protein  40 
 
 		 123 aa  67  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  32.8 
 
 		 130 aa  67  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1661  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  32.06 
 
 		 136 aa  67  0.00000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.507585  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0520  type IV pilin  32.06 
 
 		 136 aa  67  0.00000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  31.43 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  30.14 
 
 		 153 aa  65.1  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0208  putative prepilin like protein  37.59 
 
 		 139 aa  65.1  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0480818 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3424  methylation site containing protein  39.2 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0854  type IV pilin, putative  38.4 
 
 		 123 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3312  methylation site containing protein  39.2 
 
 		 123 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.794951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  32.33 
 
 		 129 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  50 
 
 		 142 aa  63.9  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  31.78 
 
 		 147 aa  63.9  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  31.11 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004288  putative fimbrial assembly protein PilE  33.85 
 
 		 163 aa  63.2  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  32.12 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0611  type IV pili biogenesis protein PilE  32.12 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3901  putative Tfp pilus assembly protein PilE  32.65 
 
 		 148 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3170  prepilin-type cleavage/methylation  43.28 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.647515  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  36.05 
 
 		 147 aa  62  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0855  pilus assembly protein  38.46 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0493  methylation  36.64 
 
 		 131 aa  60.8  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0668  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.27 
 
 		 155 aa  59.7  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136734 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0220  pilus assembly protein  33.58 
 
 		 140 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0689  putative Tfp pilus assembly protein PilE  32.33 
 
 		 151 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.786204  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0345  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  35.56 
 
 		 156 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000996245  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  52.46 
 
 		 167 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  36.51 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0606  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.77 
 
 		 156 aa  58.5  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000101189  hitchhiker  0.000000768083 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  33.75 
 
 		 147 aa  58.2  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  44.62 
 
 		 152 aa  58.5  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0933  hypothetical protein  32.98 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3289  putative type IV fimbrial pilin protein  40 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  33.09 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0960  hypothetical protein  32.98 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0392  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.76 
 
 		 175 aa  58.2  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000336485  hitchhiker  0.0000000727713 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0771  hypothetical protein  56 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0059  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.96 
 
 		 151 aa  57.8  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.230525 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.81 
 
 		 152 aa  57.8  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  31.11 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2575  putative Tfp pilus assembly protein PilE  32.8 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.253595  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  58 
 
 		 168 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0709  methylation site containing protein  33.59 
 
 		 144 aa  57  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3524  type IV pilus biogenesis protein PilE  37.4 
 
 		 130 aa  57  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  34.23 
 
 		 148 aa  57  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  54.9 
 
 		 169 aa  57  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>