More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2949 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  100 
 
 
147 aa  305  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  72.11 
 
 
132 aa  204  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  62.5 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  61.7 
 
 
130 aa  170  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  58.5 
 
 
133 aa  168  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  61.22 
 
 
132 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  56.25 
 
 
130 aa  160  6e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  47.59 
 
 
130 aa  135  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  47.59 
 
 
130 aa  135  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  47.59 
 
 
130 aa  134  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  47.59 
 
 
130 aa  134  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  45 
 
 
130 aa  124  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  41.84 
 
 
141 aa  120  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  40.71 
 
 
128 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  46.21 
 
 
138 aa  118  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3524  type IV pilus biogenesis protein PilE  48.94 
 
 
130 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2715  methylation  45.21 
 
 
129 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0720544  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  39.58 
 
 
145 aa  97.8  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  36.55 
 
 
146 aa  90.1  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  36.3 
 
 
150 aa  89.4  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  43.45 
 
 
146 aa  88.2  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  33.33 
 
 
134 aa  83.6  8e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  34.16 
 
 
141 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  34.87 
 
 
170 aa  81.3  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  33.97 
 
 
149 aa  79.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  33.97 
 
 
149 aa  79  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  41.89 
 
 
167 aa  77  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.87 
 
 
141 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  33.14 
 
 
162 aa  73.9  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  33.33 
 
 
131 aa  72  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  33.33 
 
 
131 aa  72  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  29.38 
 
 
141 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  48.48 
 
 
132 aa  72  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  30.41 
 
 
151 aa  70.9  0.000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  30.41 
 
 
151 aa  70.9  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  30.86 
 
 
169 aa  70.9  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  32.09 
 
 
161 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  33.57 
 
 
130 aa  69.3  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  34.48 
 
 
135 aa  68.6  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  55.93 
 
 
152 aa  67.8  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  34.62 
 
 
140 aa  67.4  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  31.54 
 
 
138 aa  67.4  0.00000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  46.48 
 
 
142 aa  66.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  46.48 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  33.33 
 
 
122 aa  66.6  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  34.03 
 
 
147 aa  65.5  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2839  protein involved in methylation  38.82 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273449  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  50 
 
 
160 aa  65.9  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  29.61 
 
 
148 aa  65.9  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  32.26 
 
 
153 aa  65.1  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  33.33 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  32.68 
 
 
144 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  29.53 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0220  pilus assembly protein  30.07 
 
 
140 aa  62.4  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0210  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.5 
 
 
154 aa  62.4  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103934  normal  0.61486 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  45.16 
 
 
141 aa  62  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004288  putative fimbrial assembly protein PilE  33.55 
 
 
163 aa  61.6  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0015  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  43.48 
 
 
193 aa  61.6  0.000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.170754  normal  0.192574 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11830  type IV PilE-like pilus assembly protein  36.49 
 
 
131 aa  60.8  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  29.29 
 
 
159 aa  60.5  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0475  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  26.38 
 
 
171 aa  60.5  0.000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  39.47 
 
 
164 aa  60.5  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  38.89 
 
 
137 aa  59.7  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  40 
 
 
152 aa  59.7  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0617  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  43.48 
 
 
158 aa  59.7  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.217435 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0682  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.86 
 
 
165 aa  59.3  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0723462  hitchhiker  0.000000000174273 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.43 
 
 
152 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0800  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  44.12 
 
 
167 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.346386  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3170  prepilin-type cleavage/methylation  50.85 
 
 
155 aa  59.3  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.647515  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  29.05 
 
 
133 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0204  type IV pilus assembly protein PilE  29.33 
 
 
155 aa  58.5  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  40.62 
 
 
164 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0345  general secretion pathway protein H  41.67 
 
 
176 aa  58.2  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0177644  normal  0.0749297 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  34.29 
 
 
138 aa  57.8  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1018  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.13 
 
 
161 aa  57.8  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  46.67 
 
 
133 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  38.71 
 
 
173 aa  57  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  32.43 
 
 
155 aa  57  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1442  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  33.6 
 
 
155 aa  56.6  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.102563  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  42.86 
 
 
164 aa  56.6  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0059  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.91 
 
 
151 aa  56.2  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.230525 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.14 
 
 
147 aa  55.5  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  57.45 
 
 
178 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  55.56 
 
 
170 aa  55.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1387  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40 
 
 
175 aa  55.8  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  30.91 
 
 
141 aa  55.8  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  55.56 
 
 
196 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0606  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.42 
 
 
156 aa  55.8  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000101189  hitchhiker  0.000000768083 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  52.17 
 
 
163 aa  55.1  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  65 
 
 
174 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0124  general secretion pathway protein G  42.42 
 
 
144 aa  55.1  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  54.35 
 
 
169 aa  55.1  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  30.25 
 
 
140 aa  55.5  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2522  pilin  41.67 
 
 
176 aa  54.7  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3584  fimbrial protein PilA  41.67 
 
 
176 aa  54.7  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.194411  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2557  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  36.18 
 
 
145 aa  54.7  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0530742 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0651  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.18 
 
 
165 aa  54.7  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  45.9 
 
 
199 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0612  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.58 
 
 
161 aa  54.7  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0186796 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00604  general secretion pathway protein G  38.46 
 
 
146 aa  54.7  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>