More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2715 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2715  methylation  100 
 
 		 129 aa  263  5e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0720544  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  57.36 
 
 		 133 aa  168  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  55.04 
 
 		 128 aa  161  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  53.79 
 
 		 132 aa  159  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  57.03 
 
 		 132 aa  155  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  50.77 
 
 		 130 aa  155  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  53.12 
 
 		 138 aa  155  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  52.31 
 
 		 130 aa  154  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  48.8 
 
 		 130 aa  140  8e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  45.21 
 
 		 147 aa  131  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  46.4 
 
 		 130 aa  130  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  46.4 
 
 		 130 aa  130  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  46.4 
 
 		 130 aa  129  9e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  46.4 
 
 		 130 aa  129  9e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  44.78 
 
 		 141 aa  123  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  43.2 
 
 		 130 aa  123  8.000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3524  type IV pilus biogenesis protein PilE  45.31 
 
 		 130 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  38.64 
 
 		 145 aa  99  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  40.91 
 
 		 146 aa  96.3  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  39.26 
 
 		 146 aa  92  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  31.78 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  36.36 
 
 		 167 aa  81.3  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.4 
 
 		 150 aa  79.7  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  37.23 
 
 		 132 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  32.64 
 
 		 141 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.12 
 
 		 170 aa  74.3  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11830  type IV PilE-like pilus assembly protein  37.14 
 
 		 131 aa  73.2  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  31.01 
 
 		 130 aa  73.2  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  31.3 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  31.3 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  34.65 
 
 		 140 aa  72.4  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  33.57 
 
 		 151 aa  71.2  0.000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0020  PilE protein  29.68 
 
 		 164 aa  71.2  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  35.21 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2839  protein involved in methylation  37.78 
 
 		 136 aa  71.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273449  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  33.57 
 
 		 151 aa  71.2  0.000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  36.96 
 
 		 149 aa  70.5  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  36.96 
 
 		 149 aa  70.5  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  28.99 
 
 		 147 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0220  pilus assembly protein  33.33 
 
 		 140 aa  67.4  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  29.41 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  33.08 
 
 		 159 aa  65.9  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0208  putative prepilin like protein  33.83 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0480818 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  30.6 
 
 		 135 aa  64.7  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0493  methylation  32.14 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  47.62 
 
 		 162 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  27.82 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  26.81 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  32.59 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  32.06 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  29.13 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2575  putative Tfp pilus assembly protein PilE  35.2 
 
 		 143 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.253595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  35.04 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  33.09 
 
 		 141 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  34.33 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1661  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  27.21 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.507585  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  33.58 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  27.14 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0520  type IV pilin  27.21 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  37.66 
 
 		 142 aa  58.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.14 
 
 		 141 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004288  putative fimbrial assembly protein PilE  28.57 
 
 		 163 aa  57.8  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  27.54 
 
 		 164 aa  57.8  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  30.28 
 
 		 161 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  27.82 
 
 		 138 aa  57.4  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  37.5 
 
 		 168 aa  56.2  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  29.5 
 
 		 163 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  27.67 
 
 		 164 aa  55.5  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0855  pilus assembly protein  30.71 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0689  putative Tfp pilus assembly protein PilE  32.56 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.786204  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  25.34 
 
 		 155 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  26.96 
 
 		 164 aa  54.7  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  39.22 
 
 		 160 aa  54.7  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3424  methylation site containing protein  34.09 
 
 		 123 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3170  prepilin-type cleavage/methylation  31.07 
 
 		 155 aa  53.5  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.647515  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  31.25 
 
 		 152 aa  53.9  0.0000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  29.1 
 
 		 138 aa  53.5  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  27.33 
 
 		 169 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0710  methylation site containing protein  34.09 
 
 		 123 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0706  putative Tfp pilus assembly protein PilE  33.33 
 
 		 151 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.33887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0960  hypothetical protein  31.51 
 
 		 186 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3403  fimbrial biogenesis protein  41.54 
 
 		 149 aa  52.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00878868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0933  hypothetical protein  31.51 
 
 		 186 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  29.17 
 
 		 147 aa  52.4  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0059  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  30 
 
 		 151 aa  52  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.230525 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3312  methylation site containing protein  34.09 
 
 		 123 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.794951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0294  pilus assembly protein  28.06 
 
 		 133 aa  52.8  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.429546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  31.13 
 
 		 138 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  33.33 
 
 		 152 aa  51.2  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  29.01 
 
 		 129 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1007  general secretion pathway protein G  36.92 
 
 		 145 aa  50.8  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  25.5 
 
 		 153 aa  50.8  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0956  general secretion pathway protein G  36.92 
 
 		 145 aa  50.8  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.194745  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3266  general secretion pathway protein G  36.92 
 
 		 145 aa  50.8  0.000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000062887  hitchhiker  0.00000000000000294917 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  30.95 
 
 		 140 aa  50.4  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3584  fimbrial protein PilA  28.77 
 
 		 176 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.194411  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0854  type IV pilin, putative  30.95 
 
 		 123 aa  50.1  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  32.26 
 
 		 148 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4842  hypothetical protein  30.94 
 
 		 133 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0454526  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2522  pilin  28.77 
 
 		 176 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>