More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2275 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  100 
 
 
164 aa  336  7e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  56.46 
 
 
152 aa  155  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3170  prepilin-type cleavage/methylation  44.81 
 
 
155 aa  121  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.647515  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03022  general secretion pathway protein H  51.37 
 
 
154 aa  118  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  37.33 
 
 
144 aa  84  9e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  37.33 
 
 
144 aa  83.6  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  36.62 
 
 
148 aa  80.5  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  53.62 
 
 
161 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  40.34 
 
 
131 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  40.34 
 
 
131 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  35.94 
 
 
138 aa  75.9  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  38.17 
 
 
140 aa  75.9  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  40.52 
 
 
159 aa  75.1  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  48.65 
 
 
160 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  40.6 
 
 
141 aa  74.7  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  34.48 
 
 
135 aa  74.3  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  39.71 
 
 
145 aa  73.9  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  37.01 
 
 
146 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  34.07 
 
 
169 aa  73.6  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  39.83 
 
 
134 aa  72  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  53.23 
 
 
141 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  38.98 
 
 
122 aa  72  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  50 
 
 
164 aa  72  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  48 
 
 
164 aa  71.6  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  34.45 
 
 
151 aa  70.5  0.000000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40.58 
 
 
170 aa  70.5  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  34.45 
 
 
151 aa  70.5  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  38.28 
 
 
150 aa  69.3  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0493  methylation  41.79 
 
 
131 aa  69.3  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  42.24 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  46.05 
 
 
153 aa  67.8  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  37.93 
 
 
144 aa  67.8  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  35.94 
 
 
133 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  35.71 
 
 
130 aa  66.6  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  47.06 
 
 
162 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  35.16 
 
 
133 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0193  pilus assembly protein PilE  46.22 
 
 
147 aa  65.5  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1495  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  44.05 
 
 
167 aa  65.5  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.70798  normal  0.112729 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  38.21 
 
 
168 aa  65.1  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  38.93 
 
 
143 aa  64.3  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  36.07 
 
 
140 aa  63.2  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  32.17 
 
 
149 aa  62.8  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  32.17 
 
 
149 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  44.44 
 
 
141 aa  62.8  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  34.25 
 
 
129 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0020  PilE protein  42.86 
 
 
164 aa  62  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  36.94 
 
 
130 aa  61.6  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  34 
 
 
167 aa  62  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  40.51 
 
 
152 aa  61.6  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  36.15 
 
 
132 aa  61.6  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0606  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.36 
 
 
156 aa  61.6  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000101189  hitchhiker  0.000000768083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  35.82 
 
 
141 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.67 
 
 
152 aa  61.2  0.000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0345  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.54 
 
 
156 aa  60.8  0.000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000996245  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0015  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.03 
 
 
193 aa  60.8  0.000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.170754  normal  0.192574 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  34.78 
 
 
130 aa  60.1  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  33.04 
 
 
133 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  35.14 
 
 
138 aa  59.3  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0383  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.33 
 
 
168 aa  59.3  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000492385 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  40 
 
 
153 aa  59.3  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1018  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  48.33 
 
 
161 aa  59.7  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  35.85 
 
 
130 aa  58.5  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  32.88 
 
 
129 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0682  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.03 
 
 
165 aa  58.9  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0723462  hitchhiker  0.000000000174273 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  42.42 
 
 
142 aa  58.9  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  33.08 
 
 
163 aa  58.5  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0878  N-terminal methylation motif domain protein  38.1 
 
 
142 aa  58.2  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3498  putative major pilin subunit  40.91 
 
 
154 aa  58.2  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1041  putative major pilin subunit  40.91 
 
 
154 aa  58.2  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.131052 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3370  putative major pilin subunit  40.91 
 
 
154 aa  58.2  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.981789  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0877  N-terminal methylation motif domain protein  38.1 
 
 
142 aa  57.8  0.00000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2686  pilus assembly protein PilE  31.25 
 
 
158 aa  57.8  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.516424  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00107  predicted major pilin subunit  40.54 
 
 
146 aa  57.4  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686894  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3494  putative major pilin subunit  40.54 
 
 
146 aa  57.4  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  33.64 
 
 
147 aa  57.4  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0110  putative major pilin subunit  40.54 
 
 
146 aa  57.4  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000976692  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3575  putative major pilin subunit  30.66 
 
 
148 aa  57.4  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3551  putative major pilin subunit  40.54 
 
 
146 aa  57.4  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  54 
 
 
111 aa  57.4  0.00000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0204  type IV pilus assembly protein PilE  46.67 
 
 
155 aa  57.4  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00106  hypothetical protein  40.54 
 
 
146 aa  57.4  0.00000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0114  putative major pilin subunit  40.54 
 
 
146 aa  57.4  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00878541  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1524  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  49.06 
 
 
159 aa  57.4  0.00000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000584644  unclonable  2.6975300000000003e-19 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0778  putative Tfp pilus assembly protein PilE  33.59 
 
 
155 aa  57.4  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.32654  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0611  type IV pili biogenesis protein PilE  33.9 
 
 
129 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0613  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  47.17 
 
 
165 aa  56.6  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0934015 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0830  methylation site containing protein  43.33 
 
 
126 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  33.9 
 
 
129 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.54 
 
 
147 aa  56.6  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1096  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  33.03 
 
 
157 aa  57  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.292656  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0111  putative major pilin subunit  40 
 
 
146 aa  57  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.273778  normal  0.482641 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0208  putative prepilin like protein  40.71 
 
 
139 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0480818 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0853  methylation site containing protein  43.33 
 
 
126 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  70.27 
 
 
174 aa  57  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1097  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  46.67 
 
 
151 aa  57  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.282151  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  31.71 
 
 
138 aa  56.6  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  42.86 
 
 
147 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  37.07 
 
 
132 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0164  putative major pilin subunit  36.05 
 
 
145 aa  57  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.268979  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0865  methylation site containing protein  43.33 
 
 
126 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>