More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4551 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  100 
 
 		 129 aa  263  7e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  82.95 
 
 		 129 aa  217  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0611  type IV pili biogenesis protein PilE  83.72 
 
 		 129 aa  214  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0651  type IV pili biogenesis protein PilE  82.95 
 
 		 129 aa  213  9e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.384502 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  40.31 
 
 		 133 aa  100  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  38.76 
 
 		 133 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  42.22 
 
 		 148 aa  87  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.79 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  36.5 
 
 		 140 aa  77.4  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  34.51 
 
 		 163 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  36.51 
 
 		 122 aa  75.1  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  34.75 
 
 		 138 aa  75.1  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  39.53 
 
 		 135 aa  73.9  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  34.33 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  35.94 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  29.11 
 
 		 164 aa  69.3  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  30.37 
 
 		 144 aa  68.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  30.37 
 
 		 144 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  33.55 
 
 		 162 aa  68.2  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  32.84 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  32.58 
 
 		 151 aa  66.6  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  32.58 
 
 		 151 aa  66.6  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  34.09 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  31.58 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  29.14 
 
 		 169 aa  65.5  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  33.33 
 
 		 140 aa  65.5  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5192  fimbrial protein pilin  37.59 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373526  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3102  fimbrial protein pilin  36.96 
 
 		 148 aa  63.9  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.193045  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  32.84 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  29.2 
 
 		 159 aa  63.5  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4842  hypothetical protein  35.85 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0454526  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  28.67 
 
 		 160 aa  62.8  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  32.33 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  31.34 
 
 		 145 aa  60.8  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  46.67 
 
 		 152 aa  61.2  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0771  hypothetical protein  30.28 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3901  putative Tfp pilus assembly protein PilE  34.78 
 
 		 148 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  28.89 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  32.88 
 
 		 164 aa  58.9  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  29.63 
 
 		 141 aa  58.5  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  35.71 
 
 		 130 aa  58.5  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  27.34 
 
 		 141 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  32.58 
 
 		 150 aa  58.2  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  25.74 
 
 		 138 aa  58.2  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  29.5 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  31.11 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  31.11 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  30.83 
 
 		 134 aa  57.4  0.00000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  50 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  30.88 
 
 		 141 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0617  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.78 
 
 		 158 aa  57.4  0.00000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.217435 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  60.98 
 
 		 169 aa  57  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  28.24 
 
 		 130 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0449  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.55 
 
 		 167 aa  56.2  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000146857  hitchhiker  0.0000000193676 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2575  putative Tfp pilus assembly protein PilE  32.37 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.253595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  58.54 
 
 		 168 aa  55.5  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0495  fimbrial protein EcpC precursor  26.47 
 
 		 172 aa  55.8  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.014346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  41.89 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  63.41 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  35.44 
 
 		 132 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  50.91 
 
 		 179 aa  54.7  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1661  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  33.33 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.507585  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  37.8 
 
 		 168 aa  54.7  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0520  type IV pilin  33.33 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  41.03 
 
 		 147 aa  54.7  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  50.88 
 
 		 160 aa  54.3  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  31.06 
 
 		 130 aa  54.3  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  31.01 
 
 		 164 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  28.36 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  28.36 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  31.06 
 
 		 130 aa  53.9  0.0000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  26.62 
 
 		 147 aa  53.5  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  31.06 
 
 		 130 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  53.49 
 
 		 142 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0265  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.25 
 
 		 166 aa  53.5  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.319115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  31.06 
 
 		 130 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  45.9 
 
 		 179 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  34.94 
 
 		 134 aa  52.8  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  31.47 
 
 		 155 aa  52.4  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  34.31 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  45.16 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.62 
 
 		 157 aa  52.8  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  54 
 
 		 196 aa  52.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0340  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  44.44 
 
 		 165 aa  52  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  43.33 
 
 		 147 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0706  putative Tfp pilus assembly protein PilE  32.61 
 
 		 151 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.33887  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  34.88 
 
 		 161 aa  52  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1161  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  38.1 
 
 		 157 aa  52  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  57.14 
 
 		 169 aa  52  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  31.13 
 
 		 152 aa  52  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  56.1 
 
 		 141 aa  51.6  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0571  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.98 
 
 		 163 aa  52  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  37 
 
 		 138 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0689  putative Tfp pilus assembly protein PilE  32.61 
 
 		 151 aa  51.2  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.786204  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0392  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  31 
 
 		 175 aa  51.2  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000336485  hitchhiker  0.0000000727713 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  34.09 
 
 		 132 aa  51.6  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0651  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.16 
 
 		 165 aa  51.2  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  54.17 
 
 		 166 aa  51.2  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2038  fimbrial protein pilin  42.37 
 
 		 129 aa  50.8  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>