More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1107 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1107  methylation site containing protein  100 
 
 
130 aa  268  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.963603 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1067  methylation site containing protein  76.92 
 
 
130 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3128  methylation site containing protein  76.74 
 
 
132 aa  215  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.932633 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3031  methylation site containing protein  71.54 
 
 
133 aa  201  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.161431 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1202  type IV pilus biogenesis protein PilE  70.77 
 
 
130 aa  199  8e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0932  type IV pilus biogenesis protein PilE  76 
 
 
132 aa  189  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0340511  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1164  type IV pilus biogenesis protein PilE  65.62 
 
 
130 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.536283 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1129  type IV pilus biogenesis protein PilE  65.62 
 
 
130 aa  176  7e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1062  type IV pilus biogenesis protein PilE  65.62 
 
 
130 aa  176  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3227  type IV pilus biogenesis protein PilE  65.62 
 
 
130 aa  176  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2949  methylation site containing protein  62.5 
 
 
147 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0811797  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1299  Type IV pilus biogenesis protein PilE  55.04 
 
 
128 aa  158  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.799661 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3524  type IV pilus biogenesis protein PilE  62.5 
 
 
130 aa  152  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1091  methylation site containing protein  53.44 
 
 
130 aa  143  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  49.25 
 
 
141 aa  142  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2882  methylation site containing protein  54.26 
 
 
138 aa  137  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2715  methylation  50.77 
 
 
129 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0720544  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  47.73 
 
 
145 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2680  type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  44.36 
 
 
146 aa  112  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0086  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  40.46 
 
 
150 aa  100  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0399  general secretion pathway protein H  48.15 
 
 
146 aa  99.8  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2886  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  43.57 
 
 
170 aa  93.6  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308484  normal  0.94282 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  46.09 
 
 
132 aa  93.2  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5684  pilus assembly protein PilE  47.37 
 
 
167 aa  92.8  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148368  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  40.31 
 
 
134 aa  92  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60320  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  39.04 
 
 
141 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000362369 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  37.86 
 
 
141 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01325  type IV pilin  42.86 
 
 
122 aa  83.6  9e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113469  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0208  putative prepilin like protein  41.09 
 
 
139 aa  82.4  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0480818 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  36.84 
 
 
141 aa  82  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5198  fimbrial protein pilin  37.96 
 
 
148 aa  77.8  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1764  type IV pilin  35.71 
 
 
151 aa  77  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.940075  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1702  type IV pilin  35.71 
 
 
151 aa  77  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135824  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0681  type-IV pilin  36.5 
 
 
149 aa  75.9  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0664  type-IV pilin  36.5 
 
 
149 aa  75.9  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1383  type IV pilin PilE  37.88 
 
 
135 aa  75.1  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.140998  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0220  pilus assembly protein  39.57 
 
 
140 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.168362 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  37.31 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  35.66 
 
 
140 aa  72.4  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2664  methylation  60.34 
 
 
160 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  45.57 
 
 
142 aa  72.4  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3168  prepilin-type cleavage/methylation  32.26 
 
 
130 aa  72.4  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0852  methylation site containing protein  35.07 
 
 
131 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3170  methylation site containing protein  35.07 
 
 
131 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  61.02 
 
 
152 aa  72  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  35.07 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2839  protein involved in methylation  41.35 
 
 
136 aa  71.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273449  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  38.46 
 
 
161 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  39.85 
 
 
144 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  39.85 
 
 
144 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  32.24 
 
 
169 aa  70.5  0.000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1287  type 4 fimbrial biogenesis signal peptide protein  37.59 
 
 
155 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.54364 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  36.76 
 
 
168 aa  69.7  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0384  putative pilin  33.08 
 
 
147 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0957  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  35.66 
 
 
141 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.296711 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2154  Tfp pilus assembly protein PilE  33.58 
 
 
138 aa  68.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  31.21 
 
 
164 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  46.58 
 
 
138 aa  67.8  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004288  putative fimbrial assembly protein PilE  31.58 
 
 
163 aa  67  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11830  type IV PilE-like pilus assembly protein  39.53 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0020  PilE protein  36.94 
 
 
164 aa  65.5  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4551  type IV pili biogenesis protein PilE  31.58 
 
 
129 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402137  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0505  fimbrial protein pilin  33.83 
 
 
159 aa  65.1  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  31.25 
 
 
162 aa  64.7  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  34.82 
 
 
153 aa  64.7  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1822  type IV pilin  30.08 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0523524  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  36.36 
 
 
162 aa  63.5  0.0000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3224  type IV pilin  38.24 
 
 
141 aa  63.5  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0345  general secretion pathway protein H  38.78 
 
 
176 aa  63.5  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0177644  normal  0.0749297 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  32.12 
 
 
140 aa  63.2  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0657  type IV pili biogenesis protein PilE  31.3 
 
 
129 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.96879 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0493  methylation  38.52 
 
 
131 aa  61.6  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0617  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.08 
 
 
158 aa  60.8  0.000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.217435 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  46.03 
 
 
152 aa  60.8  0.000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0204  type IV pilus assembly protein PilE  33.6 
 
 
155 aa  60.5  0.000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0567  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  33.1 
 
 
147 aa  60.5  0.000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2575  putative Tfp pilus assembly protein PilE  31.08 
 
 
143 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.253595  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0210  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  32.8 
 
 
154 aa  60.5  0.000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103934  normal  0.61486 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  34.78 
 
 
164 aa  60.1  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0015  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  47.06 
 
 
193 aa  59.7  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.170754  normal  0.192574 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  46.05 
 
 
137 aa  60.1  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.29 
 
 
152 aa  59.7  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  42.67 
 
 
141 aa  59.7  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  36.75 
 
 
179 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  70 
 
 
174 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0482  general secretion pathway protein G  36.17 
 
 
171 aa  58.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00144077  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0788  fimbrial protein pilin  30.56 
 
 
163 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.684386  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1018  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40 
 
 
161 aa  58.5  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0606  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.03 
 
 
156 aa  58.2  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000101189  hitchhiker  0.000000768083 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2914  type IV pilin PilE  51.92 
 
 
144 aa  57.8  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  43.1 
 
 
164 aa  57  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0682  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  50.82 
 
 
165 aa  57  0.00000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0723462  hitchhiker  0.000000000174273 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3170  prepilin-type cleavage/methylation  34.78 
 
 
155 aa  57  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.647515  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  61.7 
 
 
148 aa  57  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  34.95 
 
 
140 aa  57  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0800  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  43.84 
 
 
167 aa  56.6  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.346386  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  60.47 
 
 
179 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.03 
 
 
157 aa  56.6  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  40.26 
 
 
153 aa  55.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0265  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.03 
 
 
166 aa  55.8  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.319115  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>